청구인은 83.6.8 서울특별시 성동구 OO동 OOOOOO 대지 190.7㎡ 및 단독주택 208.16㎡(이하 “구주택”이라 한다)를 취득하여 거주하던 중 92.7.27 구주택을 멸실하고 92.11.3 다가구주택 297.63㎡(지층 99.21㎡, 1층 -99.21㎡, 2층 -99.21㎡의 3가구로서 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하여 그 중 2층에서 거주하다가 94.4.12 양도하였다.

처분청은 쟁점주택중 청구인이 3년이상 거주한 부분을 제외한 나머지 부분에 대하여는 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하고, 쟁점주택의 토지취득시기를 당초 취득시기인 83.6.8로 보아 95.3.2 청구인에게 94년귀속 양도소득세 20,425,150원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 95.3.10 심사청구를 거쳐 95.4.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점주택소재지에서 10년이상 거주했음에도 쟁점주택을 1세대1주택을 볼 수 없다고 하여 과세한 것은 잘못이며, 그리고 당초 92.7.27 구주택을 멸실하기까지는 1세대1주택으로 거주하였으므로 쟁점주택의 토지취득시기를 쟁점주택의 보존등기시점인 92.11.3로 보아야 하며, 쟁점주택의 토지분 장기보유특별공제시 공제분은 쟁점주택 신축년도의 공시지가 전액을 적용공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견

쟁점주택의 토지는 청구인이 83.6.8 취득한 것으로 등기부등본상 등기접수일로 되어 있고, 쟁점주택의 양도시까지 쟁점주택의 토지는 소유권이 변동된 사실이 없으므로 청구인이 쟁점주택의 토지를 취득한 날은 83.6.8로서 이 날을 취득시기로 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

1) 구주택취득후 쟁점주택을 신축하여 거주하다가 양도한 경우의 과세여부

2) 쟁점주택의 토지의 취득시기가 언제인지

3) 쟁점주택의 토지분 장기보유특별공제시 공제분은 쟁점주택 신축년도의 공시지가 전액을 적용하여 공제할 수 있는지

나. 쟁점1)에 대하여

(1) 관련법령

소득세법 제5조 제6호 (자)목에서 『대통령령이 정하는 1세대1주택과 이에 부수되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 비과세한다』라고 규정하고, 같은법 시행령 제15조 제1항에서 『“1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다. 단서생략』라고 규정하고, 소득세법시행령 제15조 제5항 제2호의 규정에 의하면 고급주택 해당여부에 관하여 “공동주택(재무부령이 정하는 다가구주택을 포함한다)으로 주택의 전용면적이 165㎡ 이상이고 그 양도가액이 5억원 이상일 것이어야 한다”고 되어 있고,

같은법 시행령 제121조의3의 규정에 의하면 국민주택규모 이하의 주택을 양도한 경우에 적용되는 낮은 세율(양도소득 과세표준의 100분의30) 규정을 적용하는 재무부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 하여 국민주택규모 이하의 주택에 해당하는지 여부를 판정한다고 되어 있으며,

같은법 시행규칙 제6조의2(94.4.19 신설된 것)에서 『“재무부령이 정하는 다가구주택”이라 함은 여러가구가 한 건물에 거주할 수 있도록 건설부장관이 정하는 다가구용 단독주택의 건축기준에 의하여 건축허가를 받아 건축된 주택을 말한다. 이 경우 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다』라고 되어 있다.

(2) 사실 및 적용·판단

첫째, 청구인은 84.8.24 구주택을 취득한 이후 거주하던중 90.8.22 구주택을 멸실하고 90.9.17 동일장소에 쟁점주택을 신축하여 그 중 2층에서 거주하다 94.7.8 양도할 때까지 통산 9년 11개월을 거주하였으며, 94.7.8 양도당시 가구별로 구분하여 양도하지 아니하고 쟁점주택을 청구외 OOO 1인에게 양도한 사실이 등기부등본, 토지대장, 건축물관리대장 및 처분청의 1세대1주택 확인서 등에 의하여 확인된다.

둘째, 전시한 관계법령에서 살펴본 바와 같이 94.1.1 이후 양도하는 다가구주택에 대해서는 이들 공동주택으로 보도록 되어 있고 이는 다가구주택과 다세대주택간의 과세취득상의 차이를 나지 않게 하고 대법원 판례(93누7075, 93.8.24)를 수용하여 다가구주택을 세법적용시 공동주택으로 보도록 한 것이라는 입법취지를 종합하여 볼 때, 이 건의 경우 쟁점주택중 주택부분은 청구인이 거주한 부분에 대해서는 1세대1주택의 양도로 보아 비과세하고 거주하지 않은 나머지 부분에 대하여는 과세함이 타당하고, 토지부분은 전체토지 면적에서 청구인이 거주한 면적이 쟁점주택의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 산정된 면적만 비과세한 당초 부과처분은 정당하다고 판단된다.

다. 쟁점2)에 대하여

(1) 관련법령

소득세법 제27조의 규정에 의하면 “자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제53조 제1항 제1호에서는 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다”라고 규정하고 있다.

(2) 사실 및 적용·판단

첫째, 청구인은 83.6.8 쟁점주택의 토지를 취득한 사실이 등기부등본상 확인되고 있으며,

둘째, 94.4.12 쟁점주택을 청구외 OOO에게 양도할 때까지 쟁점주택의 토지소유권이 변동된 사실이 없는 점 등으로 보아 청구인이 쟁점주택의 토지를 취득한 날은 83.6.8로 봄이 정당하다.

라. 쟁점3)에 대하여

(1) 관련법령

소득세법 제23조 제2항 제2호의 규정에 의하면 제1항 제1호에 규정하는 자산으로서 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것으로, 당해 자산의 보유기간이 5년이상 10년미만일 경우 양도차익의 100분의10을, 당해자산의 보유기간이 10년이상일 경우 양도차익의 100분의30을 계산하여 공제한다라고 규정되어 있다.

(2) 사실 및 적용·판단

청구인은 쟁점주택의 토지를 83.6.8 취득하여 10년10개월간 보유한 후 94.4.12 양도하였으므로 전시한 관련법령에 의하여 자산양도차익의 100분의30을 장기보유특별공제한 후 결정고지한 처분은 달리 잘못이 없다.