원심판결 이유에 의하면, 원심은 피고가 서울 구로세무서로부터 1988. 초경에 그 관내에서 영업하는 소외 국제통신공업주식회사(이하 소외회사라고 부른다)가 전화기 등의 도·소매업을 경영하는 원고에게 1984.8.경 합계금 26,728,950원 상당의 전화기 등을 매출하였다는 세무신고를 접수한 바 있다는 통보를 받고 원고에 대하여 그 조사를 한 결과 위 매입누락을 확인하게 되어 그때까지도 매입세금계산서가 제출되지 아니한 상태에서 원고의 위 매입누락액을 매출액으로 환산한 다음 매입누락액에 해당하는 매입세액을 공제하고 1988.3.15. 원고에게 금 717,050원의 부가가치세를 경정부과하는 처분을 하여 고지하였는데 원고는 별 이의 없이 그달 26.에 전액을 납부한 사실, 그 뒤에 광주지방국세청에서 위 경정처분시 원고가 그 매입세금계산서를 제출하지도 아니하였는데도 매입세액을 공제한 것은 잘못이라는 지적을 받게 되자 피고는 기공제된 매입세액을 공제하지 아니하기로 결정하고 다시 원고에게 이 사건 부가가치세 금 2,635,410원을 부과하는 처분을 한 사실을 인정한 다음,피고가 주장하는 전화기 등의 매입사실이 전혀 없어 이 사건 과세처분이 위법하다는 원고의 주장을 배척하고 이 사건 과세처분은 그 과세대상을 정확히 확인하고서 한 적법한 처분이라고 판시하였다.

그러나 기록에 의하여 원심이 거시한 증거들을 살펴보아도 피고가 원고를 조사하여 위 과세대상거래인 이 사건 전화기 등을 원고가 매입하고서도 그 신고를 누락한 사실이 확인되었다는 원심의 인정사실을 뒷받침할 만한 자료를 찾아볼 수 없다. 다만 갑제1호증, 같은 2호증의2 기재 중에 원고가 위 매입누락사실을 시인하고 당초 결정고지액 717,050원을 납부하였다는 대목이 있으나 이는 원고가 고지세액을 납부한 것을 가리켜 매입누락을 시인한 것처럼표현한 것으로 보여질 뿐 아니라, 원고가 당초의 부과세액이 소액에 불과하였기 때문에 그 부과처분에 대하여 이의하지 아니하고 세금을 납부하였다 하더라도 이것만으로 원고가 그 과세원인이 되는 거래사실을 시인한 것으로 볼 수 없는 것이고 또 이제와서 그 거래의 존재를 부인하는 것이 신의칙위반이라고 할 수도 없는 것이므로 (원고는 위 당초 부과세액이 소액이었고 세무신고를 허위로 한 위 소외회사가 책임을 느껴 그 세액을 지급하여 주었기 때문에 이를 납부하고 분쟁을 종결지으려 한 것일 뿐이라고 주장하고 이에 부합하는 증거들도 제시하고 있다), 원고의 위 세금납부 사실을 들어 위와 같은 과세거래의 존재를 입증할 자료로 삼을 수는 없다 할 것이다.

결국 원심은 증거없이 사실을 인정한 위법을 저지른 것으로서 이를 지적하는 논지는 이유있으므로 원심판결을 파기환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.