가. 청구인은 OOOOO OOO OOO OOOOOOOO OOOOOOO’(이하 ‘쟁점사업장’ 이라 한다)라는 상호로 부동산 임대·매매·신축판매업(이하 “OO시장 재건축 신축공사”라고도 한다)을 영위하다가2007.2.28. 폐업한 사업자로서, OOO OOO OOO OOO OOO OOOOOO(OOOOOOOOOOOO, OOO OOO, 이하 ‘쟁점법인’ 이라 한다)로부터 2004년 제2기 1매 공급가액 18억 8,750만원, 2005년 제1기 2매 공급가액 8억 8,187만원, 2005년 제2기 2매 공급가액 23억 3,084만원의 매입세금계산서를 수취하여 각 과세기간에 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고·납부 하였다.

OOOOOOOOOOOO OOOOOOO O OOOOOOOO

(OO O OO)

나. 처분청은 2007.11.7. ～ 2007.11.27. 기간에 청구인에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점법인으로부터 수취한 매입세금계산서로서 2004.12.31. 18억 8,750만원(1매, 이하 “쟁점1세금계산서”라 한다)중 13억 8,583만원을, 2005.6.30. 3억 3,187만원(1매, 이하 “쟁점2세금계산서”라 한다)중 2억 8,400만원을 사실과 다른 세금계산서의 공급가액으로 보아 당해 매입세액을 불공제하고, 2005.9.30. 10억 8,149만원(1매, 이하 “쟁점3세금계산서”라 하고, 쟁점1, 2세금계산서를 포함하여 “쟁점세금계산서”라고 한다)중 9억 8,700만원의 공급가액에 대한 매입세액은 공급시기가 확정분인데도 예정신고시 공제받았다는 이유로 관련 가산세를 적용하여 2008.1.22. 청구인에게 부가가치세 2004년 제2기 217,131,982원, 2005년 제1기 41,926,921원 및 2005년 제2기 9,870,000원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.22. 이의신청을 거쳐 2008.6.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점세금계산서와 관련된 OO시장 재건축 신축공사는 청구인이 2004.3.12. 주식회사 OOOOOO(OO OOOOOOO”이라 한다)과 공사계약을 체결하여 공사를 진행하다가 OO종합건설의 자금부족으로 더 이상 공사를 진행할 수 없게 되자 2004년 10월경 쟁점법인과 공사계약을 다시 체결하여 공사를 진행하였으나, 쟁점법인도 2005년 1월경 부도가 발생하여 시공권이 다른 시공사에게 넘어가는 등으로 자주 계약이 변경되었음에도 처분청은 변경된 계약내용에 대한 사실확인도 없이 당초 계약서만을 근거로 이 건 과세하였다.

쟁점법인은 당초 건물 분양금으로 공사비가 충당될 것으로 보고 청구인과 최초 계약(약정)을 하였으나, 미분양에 따른 자금압박으로 공사중단을 하게 되자, 청구인이 쟁점법인과 재협의를 거쳐 공사대금의 일부는 현금으로 지급하고 일부는 분양대금을 대물로 지급하기로 계약내용을 변경하였으며, 이 과정에서 청구인과 쟁점법인은 공사 진척도에 따라 기성을 확인한 후 공사대금을 지급하기로 하였고, 이를 근거로 쟁점세금계산서를 수수하게 된 것이다.

청구인이 2004년 2월부터 간염으로 투병하다가 2008년 9월 간이식수술을 받는 등 와병·치료중이서서 제반 서류를 제대로 정리하지 못한 점은 있다고 하더라도, 처분청은 당초 조사시에 청구인이 가공세금계산서를 수취한 혐의로 조사를 진행하다가 가공세금계산서를 수취한 사실이 없음이 확인되자 조사 중에는 자료제시나 소명요구를 하지 않았던 공사계약서의 내용이나 쟁점세금계산서의 공급시기 등을 이유로 무리하게 과세처분하였는 바, 당초계약서에 ‘공사비는 분양금으로만 지급한다’고 기재되어 있고 현금으로 12억 8,063만원(처분청이 현금결제액으로 본 12억 7,500만원은 집계착오이다)을 지급한 사실을 보면, 당초 공사계약은 이미 변경되었음을 알 수 있음에도 불구하고 처분청이 당초 계약서만을 근거로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 당초 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

2004.11.22. 청구인과 쟁점법인간에 체결된 건축공사 표준계약서 제22조 제1항에 대가지급은 사용승인검사에 합격한 후에 시공사(을)가 시행사(갑)에게 청구할 수 있도록 기재되어 있고, 제2항에 갑은 특약이 없는 한 계약의 목적물을 인도받음과 동시에 공사대금을 지급하도록 기재되어 있으며, 특약조건 제4조(도급금액) 및 제5조(지급방법 및 조건)에 분양이 순조롭지 못할 경우 목적물 완성시 대물지급을 원칙으로 하도록 기재되어 있다.

청구인은 위 표준계약서 및 특약조건에 따라 2005.2.2.부터 분양대금을 공사대금으로 지급한 사실이 있고, 분양이 원활이 이루어지지 않자 2005.10.4.부터 쟁점법인과 분양계약서를 체결하여 상가 101호를 포함한 27개 상가를 공사대금으로 지급하기로 약정하였으며, 2005.12.22. OO법무법인이 공증한 계약서를 보면, 59억 7,600만원으로 공사대금을 정산하였음이 확인되므로 2005년 제2기에 사실상의 계약이 해지되어 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정된 것으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

또한, 청구인은 OOO 청구에 따라 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하나,

표준계약서 제19조(OOOOO) 제1항에 ‘계약서에 OO 부분금에 관하여 명시한 때’에 을은 OO부분에 대한 검사를 요청할 수 있고, 이때 갑은 지체없이 검사를 하여야 한다고 명시되어 있음에도 건축공사 표준계약서에 OO 부분금에 대한 명시가 없고 조사종결일까지 OOO를 검사한 사실이 확인되지 않는다.

그리고, 계약기간이 단기이며 실지로 턴키방식(공사완료 후 인도하는 조건)으로 공사를 하였음이 확인되고, 청구인이 제시한 기성청구서 관련자료에는 OOO에 대한 검사 후에 대표자 등이 확인한 내용이 없으며, 현장소장의 공사일지는 통상의 작업일지로서 OOO 검사를 위한 제반서류에 해당하지 않는데도 OOO 청구에 따라 쟁점세금계산서를 수취하였다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

나.관련법령

(1) 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것)

제9조【거래시기】② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (개정 2003.12.30.)

제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.(개정 1993.12.31.)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성년월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제22조【가산세】② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

2. 삭제 <1993.12.31.>

3. 제32조의2 제3항의 규정에 의한 신용카드매출전표 등을 교부받아 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조제1항의 규정에 의하여 신고를 하는 때에 정부에 제출하여 매입세액을 공제받지 아니하고 대통령령이 정하는 사유로 매입세액을 공제받는 때

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

(2) 부가가치세법 시행령((2006.4.28. 대통령령 제19463호로 개정되기 전의 것)

제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

제53조【세금계산서】① 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의하여 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각호와 같다.

1. 공급하는 자의 주소

2. 공급받는 자의 상호·성명·주소

2의2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

3. 공급품목

4. 단가와 수량

5. 공급연월일

6. 거래의 종류

제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (개정 1994.12.31., 1999.12.31.)

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세기분별 과세내역 등은 아래 (가) ～ (다)와 같다.

(가) 처분청은 청구인이 2004년 제2기 및 2005년 제1기에 각각 쟁점법인으로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다는 이유로, 또한, 2005년 제2기에 공급시기가 확정분인 것을 예정신고시 공제받았다는 이유로 2008.1.22. 이 건 과세처분을 한 사실이 청구인에 대한 과세기분별 부가가치세 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

OOOOOOOOO OOOOOOOO

(나) OO시장 재건축 신축공사와 관련하여 청구인과 쟁점법인간에 체결한 당초 계약서를 보면, 2004.11.22. 당초계약 공급가액 100억 5,000만원, 부가가치세 10억 500만원, 합계 110억 5,500만으로 하여 도급계약이 체결되었고, 건축공사 표준계약서를 보면, 2004.11.30. 변경계약 공급가액 100억 5,000만원, 부가가치세 7억 5,500만원, 합계 108억 500만원으로 하여 도급계약이 체결된 것으로 기재되어 있다.

(다) 위 건축공사 표준계약서상 대금지급 등 관련 주요 사항은 아래와 같은 바, 건축공사 표준계약서 제6항(OO부분급의 시기 및 방법)은 기재되어 있지 아니하고, 특약조건 제5조(지급방법 및 조건)는 도급금액 대금을 청구인은 쟁점법인에게 분양금으로 지급한다고 약정하였으며, 분양이 순조롭지 못할 경우 목적물 완성시 대물지급을 원칙으로 한다고 약정하고 있다.

(2) 처분청의 과세근거는 아래 (가) ～ (마)와 같다.

(가) OO시장 재건축 신축공사와 관련하여 청구인(시행사)이 쟁점법인(시공사)으로부터 수취한 세금계산서 및 계산서 내역 등은 아래 <표1>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOOO O OOO OO O

(OOO OOO)

(나)처분청 조사 내용 등을 보면,

1) 쟁점1세금계산서는 처분청이 공급시기(합의 정산시점인 2005년 제2기)가 도래하기 전에 대가를 전혀 지급하지 않고 수취한 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구인이 매입세액 공제한 공급가액 13억 8,500만원에 대하여 매입세액 공제를 부인하였다.

2) 쟁점2세금계산서는 처분청이 공급시기가 도래하기 전에 건설용역 대가로 지급된 부분 6,200만원(과세분 4,700만원과 면세분 1,500만원으로 안분계산)을 제외한 2억 8,400만원에 대하여 공급시기가 도래하기 전에 대가를 지급하지 않고 수취한 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 부인하였다.

3) 쟁점3세금계산서는 처분청이 공급시기가 도래하기 전에 건설용역 대가로 지급된 부분 9,400만원을 정상세금계산서로 인정하였으며, 이를 제외한 잔액 9억 8,700만원에 대하여는 당해 공급시기가 속하는 과세기간에 교부받은 것으로 보아 매입세액 공제는 인정하였으나, 공급시기가 확정분인 것을 예정신고시 공제받았다는 사유로 가산세를 적용하였다.

(다) 청구인과 쟁점법인은 2005.12.20. ‘합의정산서’를 작성하였고, 2005.12.22. 청구인, 쟁점법인, 주식회사 OO이 합의서를 작성하여 공증인가 OOOOOO OO OOOOO OOOOOO로 인증하였음이 인증서에 의해 확인되며, 합의정산서의 주요내용은 아래 합의정산서 내용과 같은 바, 합의정산서상의 ‘별첨 OOO 현장 정산 내역서’에는 청구인과 쟁점법인 간의 도급공사계약과 관련한 건설용역의 정산을 공급가액 6억 6,303만원으로 한 것으로 나타난다.

(라) 처분청의 청구인에 대한 세무조사시 청구인이 제출한 ‘주식회사 OO 공사비지급내역’ 및 ‘별첨 OOO 현장 정산 내역서’를 보면, 2005.2.2.부터 지급된 현금과 2005년 10월 ～ 12월 대물변제로 부가가치세 포함 63억 6100만원(위 <표1>의 63억 4,500만원은 백만 단위 계산에 의한 단수 차이다)이 쟁점법인에 공사대금조로 정산 지급되었다.

(마) 처분청의 기타 심리자료를 보면,

1) 청구인과 쟁점법인과의 계약기간인 2004.11.22.～2005.10.31.(계약서상 사용승인일)에 일반 분양된 건은 오피스텔 1112호 2005.9.22. 계약(총공급가액 1억 2,100만원, 계약금 1,200만원<2005.9.22. 100만원, 2005.10.3. 1,100만원>, 2005.10.23. 이후 중도금 3회 및 입주시 잔금), 오피스텔 909호 2005.7.15. 계약(총공급가액 8,500만원, 계약금 800만원, 2005.9.2.이후 3개월간 중도금 3회 및 입주시 잔금)하였고, 2005년 6월에 상가 4건(112호·113호·114호·115호)을 계약(계약금 1억 3,500만원, 중도금 2005년 9월 이후 3회 및 잔금) 하였다가 2005년 12월에 계약해지한 것으로 기재되어 있고,

2) 청구인과 쟁점법인은 공사 목적물이 완공(사용승인일: 2007.3.20.)되기 전인 2005.12.20. 합의정산하고, 대물로 지급된 분양권의 계약서상 일자는 합의정산서에 의하여 공사도급계약을 해지하기 2개월 전인 2005년 10월 이후인 것으로 기재되어 있다.

(3) OO시장 재건축 신축공사의 공사대금은 당초 계약서와 달리 공사 OOO에 따라 공사대금을 지급하였다고 주장하면서 청구인이 제시한 증빙은 아래 (가) ～ (다)와 같다.

(가) 쟁점법인이 OO시장 재건축 신축공사의 공사대금을 OOO에 따라 청구인에게 청구한 내역은 아래 <표2>와 같고, 동 청구금액은 청구인이 수취한 쟁점세금세금서와 일치하며, 청구인이 쟁점법인에게 지급한 아래 <표3>의 공사비 지급내역과 거의 일치한다.

OOOOOOOOOO OOOOO OOOO OO OOO OOOO

(OO O OOO)

(나) 청구인이 쟁점법인에게 지급한 공사비 내역은 아래 <표3>과 같은 바, 청구인은 공사비를 현금 등으로 지급하지 못하자 세금계산서를 교부받은 날에 쟁점법인에게 분양계약서상 분양일자를 기재하지 않은 상태로 대물로 지급하였고, 쟁점법인은 위 분양계약서를 담보 등으로 제공하여 제3자로부터 자금을 차용하거나 하청업체에게 공사비로 대물지급하여 청구인이 쟁점법인에게 실지로 대물로 지급한 날과 분양계약서상의 날자가 차이가 난다고 주장하고 있다.

OOOOOOOOOO OOOO OOOOOO OOO OOO OO

(OO O O)

(다) 청구인은 2009.9.18. 조세심판관회의시 ‘청구인은 당초 분양대금으로 공사대금을 지급하기로 하였으나, 분양이 저조하여 쟁점법인의 노임이 체불되자 분양계약서(분양권)를 대물로 지급하였고, 쟁점법인은 분양계약서를 담보로 제공하여 자금을 조달하거나 하도급업체의 공사대금으로 지급하였으며, 처분청은 당초 조사시에는 청구인이 가공자료를 수취하였는지에 대하여만 조사하고 공급시기, OO청구 및 계약변경 등에 대하여는 조사하지 않아 청구인이 이의신청결문을 받아보고 용역의 공급시기가 쟁점이 된 사실을 알게 되었고, 자금사정이 어려운 쟁점법인이 대가를 수령하지 않고 매출세금계산서를 먼저 발행할 이유가 없으며, 청구인이 대가를 전부 지급하였음에도 처분청이 공급시기가 차이난다는 이유로 매입세액을 불공제하는 것은 너무 가혹한 처분이다.’는 의견진술을 하였다.

(4) 위 사실관계를 종합하면, 처분청은 당초 계약서를 근거로 청구인이 공급시기가 도래하기 전에 대가의 지급없이 쟁점세금계산서를 수취하였다고 하여 사실과 다른 세금계산서 등으로 보아 이 건 과세처분을 하였으나,

당초 계약서에 의하면, 분양대금으로 공사대금을 지급하기로 되어 있으나 분양이 이루어지지 않자 청구인이 대물로 공사비를 지급한 것으로 확인되고, 쟁점법인이 공사를 한 기간중에 분양수입금액은 거의 없는 것으로 조사되었음에도 청구인은 쟁점법인에게 12억 8,063만원을 현금으로 지급한 사실로 볼 때 당초 계약서대로 공사대금이 지급된 것으로 보기 어려운 점,

청구인이 제시한 OOO 서류에 의하면, 쟁점법인이 OO시장 재건축 신축공사의 공사대금을 OOO에 따라 청구인에게 공사대금을 청구한 것으로 기재되어 있고, 동 청구금액은 청구인이 수취한 세금계산서와 일치하고 청구인이 쟁점법인에게 지급한 공사비 지급내역과 거의 일치하므로 쟁점세금계산서는 OOO 청구시 확정된 용역에 대하여 그 대가를 지급하고 수취한 것으로 보이는 점,

건설용역의 공급시기는 일반 사업자들이 쉽게 판단하기 어려운 점이 있음에도 처분청은 건설용역의 공급시기, OO청구 및 계약변경 등에 대하여는 조사하지 않고 이 건 과세처분을 하여 청구인에게 이에 대한 소명기회가 주어지지 않았고, 자금사정이 어려운 쟁점법인이 대금을 수령하지 않고 매출세금계산서를 먼저 발행할 이유가 없었다는 청구주장이 신뢰되는 점 등으로 보아 청구주장은 합당한 것으로 보이는 반면, 당초 계약서를 근거로 청구인이 공급시기가 도래하기 전에 대가의 지급없이 쟁점세금계산서를 수취하였다고 하여 사실과 다른 세금계산서 등으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다고 볼 수없다 할 것이므로 이 건 당초처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.