가. 청구인은 OOO OOO OOO OOOOO OO OOOO, OOOOOO OO OOO, OOOOOO OO OOO OO OOOO를 2004.2.25. 취득하여 2004.8.23. 위 지상에 상가건물 490.36㎡(위 토지 및 건물을이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하였고, 2006.9.30. 쟁점부동산을 1,100,000,000원에 양도(토지가액 : 693,000,000원, 건물가액 : 407,000,000원)하고, 2006.11.3. 토지 취득가액은 실지거래가액인 579,110,429원, 건물 취득가액은 건물 양도가액을 건물 취득당시 및 양도당시의 기준시가로 환산한 가액인 343,438,287원으로 하여 양도차익을 산정하고 양도소득세 예정신고 및 자진납부를 하였다.

나.처분청은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 양도당시 매매계약서상에 기재된 토지 및 건물 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 토지 및 건물가액을 안분계산하여 토지가액은 809,598,000원, 건물가액은 290,402,000원으로 하고, 동 건물가액을 기준으로 건물 취득가액을 245,050,352원으로 환산하여 양도차익을 산정한 후 2009.12.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 48,250,000원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여2009.12.28.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점부동산을 토지는 3.3㎡당 3,520,000원, 건물은 3.3㎡당 2,750,000원으로 구분하여 매매를 완료하였고, 청구인이 매수인과 양도가액을 정함에 있어서 당시 토지와 상가 건물의 주변시세를 조사하여 반영한 것으로 쟁점부동산의 토지는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 계획관리지역에 소재하고 있으며, 일반주거 및 상업지역과는 달리 용적률이 80%에 불과하여 토지가격이 그다지 높지 않아 현재도 시가가 3.3㎡당 3,500,000원을 넘지 않는 것으로 주변 공인중개사들은 보고 있고, 쟁점부동산의 건물가액은 건물신축 당시 건축비가 3.3㎡당 2,250,000원에 상당하였던 것으로 알고 있어 매도시 3.3㎡당 500,000원을 더 받는 것으로 하여 정한 것인바, 처분청은 쟁점부동산의 토지 및 건물의 양도가액이 시가에 부합되는지에 대한 구체적 조사도 하지 않고 기준시가와 대비한 분석만을 토대로 토지 및 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 임의기재가 가능한 매매계약서 외에 양도가액의 구분과 관련한 감정평가 등의 객관적인 기준 및 증빙을 제시하지 못하고 있고, 매매계약서상 토지의 양도가액 693,000,000원은 양도당시의 기준시가 542,717,000원에 비하여 127%인데 비하여 건물의 양도가액 407,000,000원은 기준시가 194,672,920원 대비 209%로 지나치게 높게 책정되었으며, 2006년 기준 OOO 건물신축가격 기준액(470,000원/㎡)으로 계산한 건물가액은 230,469,200원으로 청구인이 신고한 건물 양도가액 407,000,000원 대비 56.6%에 불과하여 건물가액의 비중은 상당히 높게 책정된 것으로 판단되는바, 청구인이 실지거래가액으로 신고한 토지 및 건물의 양도가액은 객관적인 가치를 반영하였다고 보기 어려우므로 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 안분계산하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

양도당시쟁점부동산의 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 토지 및 건물가액을 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

나.관련법령

(1) 소득세법

제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증명서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지관할 세무서장에게 신고하는 경우

제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 감정가액 환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 감정가액 환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정 경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방OOO장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방OOO장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방OOO장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액 매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제166조【양도차익의 산정 등】④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다.

(3) 부가가치세법 시행령

제48조의2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 건물 등 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 양도당시 토지 및 건물가액을 임의로 구분하여 토지 및 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 청구인이 신고한 토지 및 건물의 가액을 기준시가로 안분계산하여 아래 표와 같이 경정하였는바, 청구인이 신고한 토지 및 건물의 양도가액을 양도당시 기준시가와 비교하여 보면,토지의 양도가액은 양도당시의 기준시가 대비 127%, 건물의 양도가액은 기준시가 대비 209%로 나타난다

(OOO OO)

(2) 청구인은 쟁점부동산 토지 및 건물의 양도가액은 당시 시세 및 토지현황 등을 반영하여 매수인과 합의하여 정한 가액이라고 주장하면서 쟁점부동산 중OOO OOO OOO OOO OOOOO의 토지이용계획서(열람용)를 제시하는바, 동 토지는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 계획관리지역으로 「군사기지 및 군사시설보호법」상 제한보호구역(전방지역 25km, 고도 8m 위임지역)으로 나타나고, 청구인이 제시한 양도당시 매매계약서(2006.9.15.)에 의하면, 매매대금은 1,100,000,000원으로 토지가액은 693,000,000원, 건물가액은 407,000,000원으로 구분 기재되어 있다.

(3) 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 양도당시 토지 및 건물의 가액을 당시의 시가 및 실제 건축비 등을 감안하여 산정하였다고 주장하고 있으나, 이를 입증할만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 청구인이 신고한 토지의 양도가액은 양도당시의 기준시가 대비 127%, 건물의 양도가액은 기준시가 대비 209%로 토지가액에 비하여 건물가액이 지나치게 높게 책정된 것으로 나타나고 있으므로 합리적인 계산근거에 의하여 토지 및 건물의 가액을 산정한 것으로 보기는 어렵다고 하겠다.

(4) 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 양도당시 토지 및 건물 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 토지 및 건물의 가액을 기준시가에 의하여 안분계산하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.