청구인은 1983. 8. 1.부터 OOOOO OO OOO OOOOOOOOOO OOOOO O(O)O OOOO에서 “OOOOOOOO”라는 상호로 관세사업을 영위하고 있는 사업자인바, 2003년～2005년 귀속 종합소득세 신고시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제7조 ‘중소기업에 대한 특별세액감면’ 규정을 적용하여, 2003년 귀속분의 경우 5,121,632원, 2004년 귀속분의 경우 2,927,431원, 2005년 귀속분의 경우 5,360,889원을 감면대상세액으로 하여 각 귀속연도 종합소득세를 신고하였다.

처분청은 청구인에 대한 개인사업자 통합조사를 실시한 후, 청구인이 조특법 제7조에 규정된 중소기업 특별세액감면 대상에 해당하지 않음에도 불구하고 부당하게 조세감면을 받은 것으로 보아, 2006. 11. 20. 청구인에게 2003년 귀속 6,479,888원, 2004년 귀속 3,383,232원, 2005년 귀속 5,606,953원을 각 귀속연도의 추가납부세액(합계 15,470,073원)으로 하여, 종합소득세 2003년 귀속 59,967,900원, 2004년 귀속 51,130,340원, 2005년 귀속 29,260,730원을 각 경정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007. 1. 9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조특법 제7조 제1항 제1호 라목에 의하면 ‘물류산업’은 ‘중소기업 특별세액감면’의 적용대상 업종에 해당하고, 조특법 제2조 제3항에 의하면, 업종의 분류는 조특법에서 특별히 규정하고 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조의 규정에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하도록 규정되어 있는 바,

2000. 1. 7. 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 의하면 관세사업이 ‘물류산업’에 포함되어 있으므로, 청구인의 관세사업은 조특법 제7조 ‘중소기업 특별세액감면’ 적용대상으로 보는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 관세사업이 한국표준산업분류표에 의하여 조특법 제7조의 적용대상인 ‘물류산업’에 해당한다고 주장하나, 관세사업은 화물운송업자와 화주간에 수출입화물운송을 주선하는 ‘화물운송주선업’이 라기 보다는, 실질적으로 수출입신고·관세환급업무 등의 법률서비스를 제공하는 전문자격직종으로 사업관련 서비스업으로 보는 것이 타당하므로, 관세사업을 ‘물류산업’으로 보아 조특법 제7조에 규정된 ‘중소기업 특별세액감면’을 적용함은 부당하다.

(2) 설혹, 관세사업을 ‘물류산업’에 속하는 것으로 보더라도 관세사업은 화물운송주선 업무과 통관대행 업무로 구성되고, 조특법 제7조는 화물운송주선업에만 적용되는 것으로 보아야 할 것이어서, 청구인이 화물운송주선업을 통한 수입에 대하여 중소기업 특별세액감면 혜택을 받기 위해서는 조특법 제143조에 따라 화물운송주선 업무로 인한 수입과 통관대행 업무로 인한 수입을 ‘구분경리’를 하였어야 하나, 그러지 아니하였으므로 결국 청구인은 조특법 제7조의 적용대상이 아니라고 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 관세사업이 조특법 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)의 적용대상 업종인지 여부

(2) 관세사가 조특법 제7조에 규정된 ‘중소기업 특별세액감면’을 받으려면 화물운송주선 업무와 기타의 업무를 구분경리를 하여야 하는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제80조【결정과 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

(2) 조특법 제2조【정의】③이 법에서 사용되는 업종의 분류는이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다.

제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

1. 감면업종

라. 물류산업

2. 감면비율

가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10

나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 :100분의 20

제143조【구분경리】① 내국인은 제6조, 제7조, 제30조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항，제55조의 2 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조，제102조, 제104조의 9, 제121조의 2, 제121조의 4, 제121조의 8，제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항, 제122조, 제122조의 2와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

(3) 조특법 시행령 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 소기업”이라 함은 중소기업 중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요건을 충족하는 기업을 말한다.

2. 광업ㆍ건설업ㆍ물류산업또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는50명 미만일 것

제136조【구분경리】① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 「법인세법」 제113조의 규정을 준용한다.

② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 「소득세법」 제19조의 규정을 준용하여 계산한다.

cf) 소득세법 제19조【사업소득】① 사업소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

9. 운수ㆍ창고 및 통신업에서 발생하는 소득

15. 사회 및 개인서비스업에서 발생하는 소득

(4) 통계법 제17조【통계자료의 분류】① 통계작성기관이 통계를 작성하기 위하여 통계자료를 분류할 때에는 통계청장이 국제표준분류를 기준으로 하여 작성·고시하는 표준분류에 의하여야 한다. 통계청장이 표준분류를 작성함에 있어서는 관계기관과 미리 협의하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

청구인은 청구인이 영위하는 ‘관세사업’이 ‘물류산업’ 중 하나로 조특법 제7조의 적용대상이라고 주장하는 반면, 처분청은 실질적으로 ‘관세사업’을 ‘물류산업’ 중 하나로 볼 수 없다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 우선, 종합소득세 경정결의서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 청구인은 당초 2003년에 5,121,632원, 2004년에 2,927,431원, 2005년에 5,360,889원의 중소기업 특별세액 감면을 신청하였으나, 처분청은 ‘관세사업’이 ‘물류산업’이 아니므로 조특법 제7조에 규정된 특별세액감면 대상이 아닌 것으로 보아, 2003년에 6,479,888원, 2004년에 3,383,232원, 2005년에 5,606,953원 합계 15,470,073원의 추가납부세액을 경정·고지한 사실이 확인된다.

(2) 조특법 제7조는 “중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는…(중략)…제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.”라고 규정하면서, 제1호 라목에서 ‘물류산업’을 감면업종 중 하나로 정하고 있는데, 조특법 제2조 제3항에는 “이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다.”라고 규정되어 있다.

(3) 한편, 통계법 제17조의 규정에 따라 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따르면, ‘관세사업’은 대분류 ‘물류산업(분류코드 6)’ 중 ‘여행알선, 창고 및 운송관련 서비스업(63) - 기타운송관련 서비스업(639) - 그 외 운송관련 서비스업(6399)’ 항목 아래 ‘화물운송주선업(63991)’으로 분류되어 있는 사실이 확인된다.

(4) 살피건대, 처분청은 ‘관세사업’이 변호사업, 변리사업, 법무사업, 공인회계사업 및 세무사업과 같이 대분류 ‘전문, 과학 및 기술 서비스업(7)’으로 분류되어야 한다고 주장하나, 위 주장의 타당성 여부는 별론으로 하고, 조세특례제한법 적용 여부 문제와 관련된 업종의 분류는 조세특례제한법에 특별히 정하는 경우를 제외하고는 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하여야 하는 것이므로, 앞에서 본 바와 같이 한국표준사업분류에 ‘관세사업’이 ‘물류산업’ 중 ‘화물운송주선업’으로 분류되어 있는 이상, 조세특례제한법 제7조의 규정을 적용함에 있어 관세사업은 물류산업으로 보아야 할 것(재조예-291, 2006. 5. 12., 같은 뜻임)이어서, 처분청이 ‘관세사업’이 물류산업에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 건 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(5) 한편, 처분청은 ‘관세사업’을 물류산업으로 보더라도, 관세사업의 업무 중 화물운송주선 업무와 무관한 통관대행 업무와 관련된 수입은 특별세액감면 대상에서 제외되어야 할 것이므로, 이를 위하여 화물운송주선으로 인한 수입과 통관대행으로 인한 수입은 구분경리 되어야 한다고 주장하나,

조특법 제143조에는 “내국인은제7조…(중략)…를 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.”고 규정되어 있어, 사업자가 ‘감면규정을 적용받는 사업’과 ‘기타사업(감면대상이 아닌 사업)’을 겸영하는 경우에는 ‘구분 경리’를 하여야 할 것인데, 관세사업을 통하여 획득한 수입은 이를 전부 관세사업을 통하여 획득한 수입으로 보아야지 이를 감면규정을 적용받는 사업으로 인한 소득과 감면대상이 아닌 사업으로 인한 소득으로 구별함은 적절하지 않은 점과 관세사업은 세분류상 ‘그외 기타 운송관련 서비스업’로 분류되어 있어 ‘화물운송주선 업무’ 외에 ‘통관대행 업무’도 실질적으로 ‘물류산업’에 포함되는 것으로 보는 것이 타당한 점을 고려하면, ‘관세사업’이 중소기업 특별세액감면을 받기 위해서 화물운송주선 업무와 기타의 업무를 구분경리를 하여야 하는 것으로 보기는 어려우므로, 결국 처분청의 위 의견은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 3월 22일

주심국세심판관 주 영 섭