청구법인은 1994.5.25.부터 소방공사건설업 및 소방설비자재 도소매업을 영위하는 법인으로 1999년 제2기～2002년 제1기 기간중 자료상으로 판정된 OOOOOOOO 이OO 및 (주)OOOO(이하 “청구외사업자”라 한다)으로부터 공급가액 OOO,OOO,OOO원 상당의 가공 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 함)를 수취하여 매입세액으로 공제신고하고, 법인소득금액 계산시 손비로 계상하였다.

처분청은 2003.9.2. 쟁점세금계산서상의 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 동 공급가액을 법인세에서 손금부인하여 2003.9.2. 별지 명세와 같이 청구법인에게 1999년 제2기～2002년 제1기분 부가가치세 6건 OO,OOO,OOO원 및 1999사업연도～2002사업연도 법인세 4건 OOO,OOO,OOO원 합계 OOO,OOO,OOO원을 경정고지하였으며, 청구법인의 대표이사에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지 하였다.

청구인법은 이에 불복하여 2003.10.1. 이의신청을 거쳐 2003.11.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 소방공사의 성격상 각종 소방설비 및 자재등이 대단히 많이 소요됨(표준소득률 7.5%)에도 자료상 자료금액 전액을 손금에서 제외시킨다면, 이는 원가 허위기장율이 80%이상이 되어 청구법인의 장부와 증빙서류의 중요한 부분이 미비 또는 허위에 해당하므로 1999～2001사업연도의 법인세는 추계조사결정방법으로 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 하고, 추계결정시에는 법인세법시행령 제106조 제2항의 규정에 의거 대표이사에 대한 상여처분 금액을 정정하여야 한다.

(2) 대표이사에게 상여처분시 청구법인이 자료상인 청구외사업자에게 지불한 수수료금액(OO,OOO,OOO원)은 처분청도 지급사실을 인정하고 있으므로 이 금액을 상여처분 대상금액에서 제외하여야 한다.

(3) 2000사업연도 귀속 법인세신고시 손익계산서상 특별이익항목을 보면 채무면제이익 OOO,OOO,OOO원이 있는 바, 장부상 회사의 누적된 결손금이 OO,OOO,OOO원이 있어 소방공사 수주에 장애가 있을 것으로 판단하여 일시적으로 당기순이익이 발생한 것인 양 회계처리한 것일 뿐 실질적으로 대표자 가수금채무를 면제받은 것이 아니므로 1999년 및 2000년도 대표이사 상여처분시 위 채무면제이익을 제외하여야 한다.

나. 처분청 의견

자료상과의 거래금액을 제외하면 나머지 부분은 모두 사실에 부합하는 자료이므로 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있는 것이고, 실지조사방법에 의한 과세처분이 추계조사결정에 의한 과세처분 보다 불리하다 하여 바로 추계할 수 있는 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없으며, 장부 및 증빙을 근거로 소득세를 신고한 자가 매출원가 부인되는 금액이 총매입에서 차지하는 비율이 크다는 사유로 추계로 소득금액을 결정할 경우 국세기본법 제15조에 의한 신의·성실원칙에 위배되므로 청구법인이 신고한 방법대로 실지조사 결정함이 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 1999～2001사업연도의 경우, 원가의 80%이상을 손금부인한 경우, 장부 및 증빙미비로 보아 법인소득금액을 추계할 수 있는지 여부

(2) 대표이사에 대한 상여처분금액에서 자료상에게 지급한 수수료금액 만큼 제외하여야 하는지 여부

(3) 대표이사로부터의 가수금채무를 면제받은 이익이 허위계상이므로 대표자 상여처분금액에서 동 채무면제이익액을 제외하여야 하는지 여부

나. 관련법령

법인세법 제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

법인세법시행령 제104조【추계결정 및 경정】① 법 제66조 제3항 단서에서 대통령령이 정하는 사유 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에 소득세법시행령 제145조의 규정에 의한 표준소득률(이하 표준소득률 이라 한다)을 곱한 금액에서 그 법인의 대표자에게 지급한 급료를 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 대표자에게 지급한 급료의 액이 그 법인의 사업수입금액에 표준소득률을 곱한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

법인세법시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고， 조세특례제한법 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999년 제2기～2002년 제1기 기간중 자료상으로 판정된 청구외사업자로부터 공급가액 OOO,OOO,OOO원 상당의 가공 매입세금계산서를 수취한 사실은 청구법인 스스로 인정하고 있으므로 관련 당해 매입세액의 공제를 배제하여 해당 과세기간의 부가가치세를 부과한 처분은 정당하나, 처분청이 이 건 가공매입액을 인정하지 아니함에 따라 총 매입액 중 가공매입액이 차지하는 비율 등을 보면 각 연도별로 아래와 같다.

OOOO OO OOOO

(OO O OO)

청구법인 업종의 표준소득률은 7.5%인 바, 이 건 과세처분으로 인하여 1999년～2001년 기간 중 매입액 또는 원가의 50%이상이 가공거래로 부인됨으로써 위 같은 기간의 결정소득률이 표준소득률(7.5%)의 8～11배 수준인 사실이 확인된다.

(2) 청구법인은 관급공사 위주의 소방설비공사업을 주업으로 하는 사업자로 법무부, OO지방국세청, 구청, 동사무소, OOOOOO공사, OOO공사, OO전력거래소, 아파트관리사무소등이 주요 매출처로서 연간 외형이 OO원미만의 영세사업자이며, 이 건 과세처분과 관련하여 매출누락은 적출되지 않았음이 확인된다.

살피건대, 법인세의 경우 납세자 스스로 작성하고 외부조정을 거쳐 신고한 장부에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 추계과세는 납세자의 장부나 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 달리 과세관청이 과세권을 행사하기 곤란한 경우에 사용하는 예외적인 방법이기는 하나, 쟁점세금계산서의 공급가액을 손금불산입할 경우, 1999년～2001년 기간에 있어서 매입액 또는 원가의 허위기장비율이 50%를 상회하는 바, 이는 법인세법시행령 제104조 제1항 제1호 소정의 “소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우”에 해당한다 할 것이므로 추계조사결정방법으로 청구인의 소득금액을 결정하여 과세하는 것이 타당하다고 할 것이고(국심 2002중2754, 2002.12.27. 같은 뜻임), 아울러 추계결정시에는 법인세법시행령 제106조 제2항의 규정에 의거 대표이사에 대한 상여처분 금액을 정정하여야 한다고 판단된다.

(3) 청구법인은 쟁점세금계산서를 교부받으면서 청구외사업자에게 지급하였다는 수수료금액 OO,OOO,OOO원을 대표자 상여처분금액에서 제외하여 달라고 주장하나,

청구법인 대표이사 명의의 통장에서 인출하여 청구외사업자 중 이OO에게 지급된 것으로 확인되는 것은 2001.5.22.～2002.10.14. 기간 중 5회에 걸쳐 입금한 O,OOO,OOO원에 불과할 뿐만 아니라, 이들 송금액도 쟁점세금계산서 상의 공급가액과의 관련 여부가 확인되지 아니하고 이OO과의 거래기간이 1999년～2001년인 점등을 종합하여 볼 때, 청구외사업자에게 지급하였다는 수수료금액 OO,OOO,OOO원을 대표자 상여처분금액에서 제외할 수 없다고 판단된다.

(4) 또한, 청구법인은 2000사업연도 장부상 누적된 결손금이 OO,OOO,OOO원이 있어 소방공사 수주에 장애가 있을 것으로 판단하여 법인세신고시 대표자 가수금채무 OOO,OOO,OOO원을 면제하는 것으로 손익계산서상 채무면제이익 OOO,OOO,OOO원을 계상하였는 바, 이는 회사의 장부상 일시적으로 당기순이익이 발생한 것인 양 회계처리한 것일 뿐 실질적으로 대표자 가수금채무를 면제받은 것이 아니므로 1999년 및 2000년도 대표이사 상여처분시 위 채무면제이익을 제외하여야 한다고 주장하나,

청구법인의 장부상 이 건 가공매입액을 대표이사로부터의 가수금으로 지급한 것으로 회계처리한 것도 아니며 장부상 계상된 가수금이 이 건 가공매입액과 직접 관련이 있다고 할 수 없어 가공매입액이 사외에 유출되지 않았다고 보기도 어려우므로 이 부분 청구법인 주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

따라서 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.