1. 2012사업연도 연구개발비 세액공제 관련 심판청구는 각하하고,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

가. 청구법인은 1992.9.29. 설립하여 경기도 OOO 소재에서 컴퓨터 및 기타사무용기기 소매업 등을 영위하는 법인으로, OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.7.4.부터 2013.9.4.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하고, 청구법인이 2008년 제2기부터 2009년 제1기까지의 부가가치세 과세기간동안 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에게 교부한 공급가액 OOO원의 매출세금계산서 3매와 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 교부받은 공급가액 OOO원의 세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 쟁점세금계산서상의 거래를 이하 “쟁점거래”라 한다)를 실물거래 없이 수수된 가공세금계산서로 보아 처분청에 과세자료로 통보하였다.

<표1> 쟁점세금계산서 내역

나. 처분청은 2013.9.24. 청구법인에게 법인세 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원과 2009년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정 고지하는 한편, 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 OOO원을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지서를 발송하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 아래와 같은 이유로 쟁점거래는 정상거래로 보거나 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정하여야 한다.

(가) 청구법인은 OOO의 한국 총판점으로서 해당 장비를 국내에서 직접 구입하여 설치하는 업체이므로 해당 장비에 대한 청구법인의 매입이 발생하게 된 것이며, 쟁점거래는 OOO 교체사업에 처음부터 장비설치 업체의 자격으로 직접 참여한 실제거래이다. 다만, 해당 장비를 자주 운반할 경우 오작동이 발생할 여지가 많아 OOO 주식회사(이하 OOO”라 한다) 창고에서 납품처인 해군으로 직접 운송하게 된 것이며, 중간 기착지인 당사로 운반하는 절차를 수행할 수 없었을 뿐 대부분의 IT업체들의 거래현상으로 실제 거래가 있었으며, 청구법인의 OOO 납품사실은 OOO 정OOO이 청구법인에 보낸 해군본부에 설치된 장비상황에 대한 답변메일과 2012년 4월 OOO에서 작성한 OOO 주식회사(이하 OOO”라 한다) 관련 조사서, OOO 이OOO과 주식회사 OOO(이하 OOO”라 한다) 김OOO의 문답서, 장비를 설치하기 전후의 해군본부 주변 등의 지역에서 사용한 경비 등에 의해 실제 거래가 있었음이 증명되고 있다.

(나) 쟁점세금계산서 관련 대금은 전액 법인계좌로 송금 수령하였으며 매출세금계산서의 발행시점이 2008.12.29.인 이유는 해군 등 관급공사의 경우 해당 프로젝트의 종료 시점이 2008년(납품기한 2008.12.15.)이므로 부득이 해군의 사정을 반영하여 예산집행 시점에 발행한 것으로 적법한 발행이며, 매입세금계산서 수취 시점이 2009.1.30.인것은 실제 납품과 검수조건 등을 반영하여 적법하게 발행된 것이므로 매출이 먼저 이루어지고 매입이 나중에 이루어진 사실만으로 쟁점 세금계산서를 가공거래로 단정할 수는 없는 것이다. 또한, 청구법인의 대표자 김OOO이 조사과정에서 IT업계의 관행이라고 주장한 부분은 허위세금계산서를 수수하는 불법적인 행위를 말한 것이 아니고, SI(system integration)거래의 특성상 S/W와 H/W가 동시에 공급되는 경우가 많아 장비업체에서 직접 세금계산서를 수수하지 않고 중간에 S/W업체로 부터 H/W와 S/W의 합계에 해당하는 세금계산서를 받게되는 불가피한 경우를 설명한 것이며 허위거래를 인정하였다고 볼 수 없는 것이다.

(다) 청구법인은 선의의 피해자에 해당한다.

1) 청구법인의 매입처 OOO(후에 OOO으로 상호 정정 하였다)의 유통과정과 관련한 서울중앙지방법원 판결서에 의하여 OOO와 공모하여 허위세금계산서를 수수하였음이 명백하게 확인되나, 청구법인은 OOO총판으로써 실제 재화를 구입하였고, SI거래의 특성상 장비에 S/W를 내장하는 경우가 많아 별 의심없이 OOO로부터 매입세금계산서를 수수한 것이며, 청구법인이 OOO로부터 수수한 세금계산서가 실제 공급자가 아닌 허위 거래처에 해당된다는 것에 대해서는 OOO의 세무조사가 본격화되어 거래처가 가공거래로 인해 세무조사를 받고 있다는 사실을 인지하고 난 후 처음으로 알게 되었을 뿐이며, 청구법인이 적극적으로 허위거래를 하게될 경우 OOO 총판으로서의 지위까지 잃을 수 있는 중대한 사안인 만큼 주도적으로 허위거래를 주선할 수 없었고, 청구법인은 허위거래시 매입세액 불공제 등 불이익을 가져올 위험이 너무 커서 허위거래임을 인지하면서까지 이러한 위험한 거래를 할 사정이 전혀 없었으며, 매출을 부풀리지 않고도 기본적인 실적이 충분한 것이다.

2) 청구법인은 허위세금계산서의 수수에 전혀 관여 하지 않았고, SI거래의 특성상 전산장비에 S/W를 첨가해서 거래하는 일이 빈번하여 OOO와 OOO의 담당자들이 OOO로부터 세금계산서를 받아야 된다고 하여 특별히 의심의 여지 없이 매입세금계산서를 수수한 것이며, 청구법인이 매출단계에서 OOO에 세금계산서를 발급하게 된 것은 OOO의 협력업체가 아니면 OOO에 직접 세금계산서를 교부할 수 없다는 OOO의 요청으로 기존에 협력업체로 등록된 OOO에 매출세금계산서를 교부한 것이며, 청구법인에 대한 검찰 수사과정에서도 이 부분에 대해서는 기소한 사실조차 없다.

OOO 협력업체가 아닌 청구법인의 입장에서는 OOO의 협력업체인 OOO을 통해 세금계산서를 발급하는 것이 당연하다 여겼고, OOO이 장비 외에 별도의 S/W를 같이 공급할 수 있었으므로 세금계산서 공급에 전혀 문제가 없을 것으로 판단한 것이며, 실제 OOO은 매입처인 OOO와 달리 정상적인 업체에 해당되는 것으로 매출세금계산서 공급에는 문제가 없는 것으로 보인다.

따라서, 조세심판원 선결정례(조심 2010서304, 2010.11.3.)를 보면 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도 선량한 관리자로서의 주의 의무를 다한 선의의 거래당사자인 경우 매입세액 공제가 가능하므로, 청구법인의 일부 거래처가 허위거래를 한 사실이 있으나 SI거래업체의 특성상 청구법인이 이를 인지할 수 있는 상황이 전혀 아니어서 선의의 거래당사자인 청구법인의 모든 거래를 정상거래로 인정하는 것이 타당하다.

(2) 쟁점거래는 하나의 거래로 보아 부당과소신고가산세는 2008년 제2기의 가공매출세액 합계 OOO원과 2009년 제1기의 가공매출세액 OOO원 및 가공매입세액 OOO원을 통산한 OOO원에 부당과소신고가산세율(40%)을 적용하여 OOO원으로 계산하여야 하고, 납부불성실가산세 또한 상기와 같이 통산하여 OOO원에 1일 10,000분의 OOO원씩 1,507일을 적용하여 OOO원으로 계산하여야 한다.

(3) 청구법인은 연구개발비세액공제 적용대상 법인으로서 2012사업연도 법인세 결정시 연구·인력개발비 세액공제가 과소적용 되었다.

(4) 쟁점거래의 매출·매입 차액에 해당하는 OOO원은 OOO가 향후 영업손실을 보전해 주겠다고 구두합의 함에 따라 2008.9.1. 환율OOO원/US$)과 납품 당시인 2008.12.1. 환율(OOO원/US$) 차이로 인해 OOO가 향후 손실을 안게 되어 청구법인이 일시적으로 손실을 부담한 것이므로 실제 귀속이 분명하므로 유보 또는 기타사외유출로 처분하는 것이 타당하나, 조사청은 이를 특정인이 마치 출금하여 사용한 것으로 보아 상여처분한 것이므로 이에 대한 상여 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 아래와 같은 이유로 쟁점거래는 정상거래로 보기 어렵고, 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정하기도 어렵다.

(가) 청구법인은 OOO 총판으로 OOO 도입사업과 관련하여 해군에 OOO 스토리지를 납품하였음을 주장하나, OOO은 OOO를 조사한바 OOO는 OOO 공사의 계열회사로 새로 신설된 특정부서(당시 사업개발팀)의 매출 실적이 전무하여 OOO로부터 2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 전산장비를 구입한 것처럼 세금계산서 OOO원을 수취하고, 허위수취한 매입세금계산서를 근거로 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO에 허위세금계산서 OOO원, 주식회사 OOO(이하 OOO”라 한다)에 OOO원, OOO에 OOO원을 각각 발행한 사실이 있는 것으로 조사되었고, OOO은 OOO세무서에서 조사한 결과 상기 거래를 근거로 청구법인에게 2009년 제1기 과세기간에 매출세금계산서 OOO원을 허위로 발행한 사실이 확인되었다.

(나) 이와 관련하여 OOO는 심판청구(조심 2012서5148)를 제기하여 2013.3.7. 기각결정을 받은 사실이 있고, OOO은 불복청구를 하지 아니하는 등 실제 거래는 OOO와 해군의 거래임에도 불구하고 중간에 OOO가 개입하여 실적을 부풀리기 위해 OOO과 청구법인을 거쳐 OOO으로 매출하여 최종적으로 해군에 납품하는 형태를 취한것으로 조사과정에서 확인되었고, 청구법인의 대표자 김OOO은 상기거래가 IT업계의 관행이며, OOO과의 거래가 실물거래없이 허위로 수취한 세금계산서이고, 대금의 지급 및 수취는 허위로 수취·발행한 세금계산서에 맞춰 대금을 지급·수취하였음을 조사청에 진술하는 등 조사의 전단계 세무조사 과정에서 가공세금계산서로 확인되었으므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 쟁점거래를 단일거래로 보아 부당과소신고가산세와 납부불성실가산세를 통산하여 계산하여야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」제5조에 의하여 1월 1일부터 6월 30일은 제1기, 7월 1일부터 12월 31일까지를 제2기로 부가가치세 과세기간이 명확히 정해져 있어 각 과세기간에 발생된 경정 사항은 각각 결정되어야 하므로 과세기간을 달리하여 발생한 거래를 통산하여 가산세를 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 근거가 없다.

(3) 연구·인력개발비 세액공제의 과소 적용 여부에 대하여 검토한바, 2012사업연도 연구·인력개발비 세액공제가 과소적용되었으므로 이에 대하여 처분청에서 2013.12.27. 연구·인력개발비 세액공제 OOO원을 직권시정하였다.

(4) 청구법인은 가공매입 OOO원(공급대가)과 가공매출 OOO원은 실제 자금이 지출 및 입금된 것이고, 그 차액을 임의로 출금하여 사용한 흔적도 없어 이를 대표이사 김OOO에게 상여 처분할 수 없음을 주장하고 있으나, 가공매입과 가공매출은 말 그대로 재화의 거래없이 세금계산서만 수수하는 것을 의미하는 것으로 당연히 금전대가의 지급과 수취도 있을 수 없음을 의미하여, 비록 금융거래 내역은 세금계산서의 수수와 맞춰 놓을 수는 있으나 이는 가공거래를 위장하기 위해 일반적으로 사용하는 수법에 지나지 않으므로 가공매출과 가공매입의 차액인 OOO원의 상여처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점세금계산서상의 거래를 정상거래로 보거나 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구①) 2008년 제2기 매출액(OOO원 과다신고)과 2009년 제1기 매출액(OOO 과소신고)을 감안하여 2009년 제1기 부당과소신고가산세 등을 재계산하여야 한다는 청구주장의 당부

③ (예비적 청구②) 2012사업연도 연구인력개발비 세액공제가 OOO원 과소적용되었다는 청구주장의 당부

④ (예비적 청구③) 쟁점거래의 차액 OOO원은 실제 귀속이 분명하므로 대표자 상여처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2008.12.26., 법률 제9268호로 개정된 것)

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호부터 제3호까지 외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

② 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.

(2) 법인세법(2008.12.26., 법률 제9267호로 개정된 것)

제66조【결정 및 경정】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

(3) 법인세법 시행령(2009.4.21., 대통령령 제21431호로 개정된 것)

제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. 제1호에도 불구하고 다음 각 목의 금액은 기타 사외유출로 할 것

가. 삭제

나. 법 제24조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

다. 법 제25조 및 「조세특례제한법」 제136조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

라. 법 제28조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 이자·할인액 또는 차익에 대한 원천징수세액에 상당하는 금액

마. 법 제28조 제1항 제4호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

바. 삭제

사. 「조세특례제한법」제138조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

아. 제1호 각 목 외의 부분 단서 및 제2항에 따라 익금에 산입한 금액이 대표자에게 귀속된 것으로 보아 처분한 경우 당해 법인이 그 처분에 따른 소득세 등을 대납하고 이를 손비로 계상하거나 그 대표자와의 특수관계가 소멸될 때까지 회수하지 아니함에 따라 익금에 산입한 금액

자. 제88조 제1항 제8호·제8호의2 및 제9호(같은 호 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산에 한정한다)에 따라 익금에 산입한 금액으로서 귀속자에게「상속세 및 증여세법」에 의하여 증여세가 과세되는 금액

차. 법 제94조에 따른 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 그 외국법인 등에 귀속되는 소득과「국제조세조정에 관한 법률」제4조 또는 제6조의2에 따른 과세조정으로 익금에 산입한 금액이 국외특수관계자로부터 반환되지 아니한 소득

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

③ 제2항의 경우 법인이 결손신고를 한 때에는 그 결손은 없는 것으로 본다.

④ 내국법인이 「국세기본법」제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1992.9.29. 설립한 후 OOO의 설치ㆍ판매, ②OOO의 공급 및 사후관리용역의 제공, ③영상보안사업솔루션 지능형 영상감시 장비의 판매, ④OOO 위치 솔루션 OOO의 제공, ⑤ 영상보안사업솔루션 OOO의 판매 등과 관련된 사업을 하는 법인으로 사업연도별 수입금액 신고 현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 사업연도별 수입금액

(단위: 천원)

(2) 조사청의 부가가치세 조사종결보고서 등 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 조사청은 2013.7.4.부터 2013.9.4.까지 청구법인에 대하여 조사결과 해군 주전산기 도입사업과 관련하여 실제 거래는 OOO와 해군의 거래임에도 불구하고 중간에 OOO가 개입하여 실적을 부풀리기 위해 실제 거래가 없음에도 OOO과 청구법인을 거쳐 OOO으로 매출하여 최종적으로 해군에 납품하는 형태의 실물거래 없는 세금계산서를 발행 수취한 것으로 판단하여 아래 <표3>과 같이가공거래로 확정하였다.

<표3> 처분청의 가공거래 확정내역

(단위 : 원)

(나) 청구법인의 매입관련 매입처 및 매출처 조사내용은 다음과 같다.

1) 청구법인의 매입처인OOO(OOO으로 상호정정)는2000.4.12. 설립한보안프로그램 등 소프트웨어 개발업체로서OOO 엄OOO과 OOO 김OOO 이사가 영업상 알고 지내던 중,OOO는 매출규모가 작아 OOO의OOO자금 대출을 받기 위해 매출이 필요한 상태에서 OOO의 위 가공세금계산서 수수를 위한 중간단계에 참여하게 된 것이며,OOO세무서장이 실시한 OOO의 조사시 2013.1.11. OOO 장OOO 대표의 진술에 의하면 2009.1.30. 청구법인에 실물거래없이 허위로 쟁점매출세금계산서를 발행한 것으로 진술하였고,OOO의 이OOO 차장의 진술에 의하면 OOO는 OOO 김OOO 이사의 소개로 상기 가공세금계산서 수수와 관련하여 알게 되었으며, 매출품목 및 단가와 관련하여 OOO와 협의한 사실도 없으며 OOO 김OOO 이사가 본인의 메일로 매출 품목과 금액을 알려 주면 그대로 기재하여 허위의 매출세금계산서를 교부한 것으로 진술하였다.

2)또한, OOO 김OOO이사도 OOO라는 회사를 OOO의 이OOO에게 소개하여 주었으며 매출품목과 단가도 본인이 메일로 OOO 엄OOO 이사와OOO의이OOO에게 통보하여 주고 통보한 품목과 금액으로 세금계산서를 수수하도록 한 사실을 진술하여 진술내용이 일치하는 점으로 볼 때, 2008.12.29. OOO가 OOO에게 2008년 OOO 주 전산기 교체사업OOO 품목으로 하여 공급가액 OOO원, 부가세 OOO원으로 기재하여 교부한 매출세금계산서는 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 교부한 것으로 확인된다.

3) 청구법인의 매출처인 OOO과 관련하여 청구법인은 매출단계에서 OOO에 세금계산서를 발급하게 된 것은 OOO의 협력업체가 아니면 OOO에 직접 세금계산서를 교부할 수 없어서 OOO의 요청으로 기존에 협력업체로 등록된 OOO에 매출세금계산서를 교부한 것이며, 청구법인에 대한 검찰 수사과정에서도 이 부분에 대해서는 기소한 사실 조차 없다고 주장하고 있다.

(3) 청구법인은 해군에 OOO장비를 실제 납품하였다면서 그 입증자료로 다음의 자료를 제출하였다.

(가) 청구법인은쟁점세금계산서의 대금거래는 모두 계좌로 지급되어 허위로 지급될 수 없다고 주장하고 있다. 쟁점거래와 관련하여 청구법인의 기업은행 계좌 211-030***-**-012로 2009.1.23.에 OOO원 입금된 사실과 매입처 OOO에 2009.2.6. 청구법인의 OOO 계좌 350-25-***5-**7에서 OOO원 및 부가가치세 상당액 OOO원을 2009.2.6. 청구법인의 OOO 157-04-****35 계좌에서 송금된 사실이 나타난다.

(나) 청구법인은2009년 1월 해군 작전사령부에 OOO 2대, OOO를 납품하였으나, 현재 청구법인은 해당 장비를 사후관리하고 있지 아니하므로 해군에 해당 장비의 납품 및 존재 여부에 대한 접근이 불가능하여 부득이 해당 장비에 대한 사후관리 책임이 있는 OOO 한국지사에 확인을 요청하여 아래 <표4>와 같이 OOOl 및 새로운 장비로 교체되었다고 2013년 6월 OOO 정OOO의 메일회신(2013.7.25.)내용 사본을 제출하였다.

<표4> OOO 납품내역

(다) 해군의 주전산기 사업 진행은 2008.8.6. 해군 OOO 재무관 명의의 입찰공고를 하게 되었고, 그 내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 입찰공고문

(라) 청구법인이 장비를 설치하기 전 후의 해군 본부 주변 등의 지역에서 사용한 경비임을 주장하며 제출한 지출결의서등 내역은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 경비 지출 내역

(단위 : 원)

(마) 청구법인이 OOO에서 작성한 조사서, 진술서 등에 청구법인의 납품 근거가 나타난다고 주장하는 내용은 다음과 같다.

1) OOO이 작성한 OOO의 세금계산서 수수위반 범칙처분 조사서 라. 에 의하면 “해군본부 2008년-주전산기교체 사업에 베리타스 제품을 매출하면서 OOO가 OOO 스토리지를 납품하면서 OOO에 직접 납품하지 못한다는 사실을 OOO(청구법인)의 정OOO 부장을 통해 알게 되었고”라는 내용을 조사공무원이 직접 기술하고 있고,

2) OOO 김OOO 이사의 진술서(2012.4.26.)에 의하면, 청구법인이 최종 납품업체이며, 허위 세금계산서 발행은 OOO가 서로의 이해관계에 따라 적극적으로 관여하였다고 진술하였으며, 청구법인의 대전지사가 해군본부 옆에 위치하고 있어서 납품에 관한 일체의 업무를 진행하였다고 명확하게 진술하고 있다.

(바) 청구법인이 제출한 OOO의 서울중앙지방법원 판결서 ‘피고인들의 주장에 대한 판단{범죄일람표(1) 순번 2, 5 부분 및 범죄일람표(2) 부분} 나목(기초사실)’에는 "앞서 거시한 증거에 의하면, OOO는 2008년 9월경 해군본부에서 발주한 해군 주전산기 교체사업의 계약자로 선정된 사실, OOO는 2008.9.24. OOO에 위 사업에 필요한 OOO 주 OOO(위 표1의 OOO 2대)를 구매 주문을 하고 2008년 10월경 주 OOO가 해군본부에 운반된 이후 2009년 초순경까지 사이에 그 설치를 완료하였고, (중간생략) 그런데, 이에 관한 세금계산서는 OOO의 경우 OOO순으로 발행된 사실이 인정된다.”고 하였고, OOO로 이어지는 유통단계에서 어떠한 경제적 활동을 하였는지에 대하여 모호한 주장을 하고 있을 뿐이다.”라고 기재되어 있으나,

청구법인은 중소업체로서 주 OOO를 직접 구매하여 설치할 경우, 자금의 조기 회수가 어려워 불가피하게 OOO 등 대기업이 자금력을 바탕으로 직접 수입하여 판매하고, 청구법인은 OOO 총판점으로써 해당 장비를 국내에서 직접 구입하여 설치하는 업체로써 해당 장비에 대한 매입이 발생하게 된 것이며, 해당 장비의 미세한 오류 발생 여지로 OOO 창고에서 납품처인 해군으로 직접 운송하게 된 것으로 중간 기착지인 청구법인으로 운반하는 절차를 수행할 수 없었다고 주장하고 있다.

그러나 위 판결서의 다목(검토)에 의하면 “앞서 거시한 각 증거에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 비록 피고인들의 주장과 같이 OOO의 실제 거래상대방을 어느 회사로 보아야 할 지 명확하지 않은 측면이 있다고 하더라도, OOO OOO의 경우 OOO 순으로 각 매매계약이 각 당사자들 사이에서 실제 구속력 있는 합의에 의해 체결되어 그에 의하여 각 당사자 사이에 그 상품의 인도에 의하여 소유권이 이전되고 각 대금이 지급되는 등의 실물거래가 이루어졌다고 볼 수 없다.”고 판단하고 있음이 나타난다.

(4) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구법인은전산기스토리지 등 무게와 부피가 큰 물품의 경우 실물 이동에 따른 운송료 및 보관료의 과다 발생으로 실물은 수입업자 또는 최초 국내 공급사업자로부터 중간단계로의 이동과정 없이 실수요자에게 직접 이동시킬수 있으므로 쟁점거래를 정상거래로 보거나 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정하여야 한다고 주장하나, 청구법인이허위의 매입·매출세금계산서를 발급하거나 수취하고 허위의 거래를 정상거래로 가장하기 위하여 관련자들과 협의하였음이 관련자들의 진술 등에 의하여 나타나고, 쟁점거래의 대금흐름이 매출처로부터 대금을 받아 매입처에 지급한 것으로 보아 실물거래 없이 외형을 부풀리기 위한 가공거래로 보이는 점, 청구법인은 OOO로부터 순차로 이어지는 각 회사들의 유통과정에 대하여 공통의 인식을 하고 있었던 것으로 보이는 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점거래를 가공거래로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 보이므로 쟁점거래를 정상거래로 보거나 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구법인은 2009년 제1기 부당과소신고가산세와 납부불성실가산세를 계산함에 있어 2008년 제1기 과다납부분을 차감하여야 한다고 주장하나, 가산세는 과세기간별로 산정하는 것이 원칙이므로, 부당과소신고가산세는 통산할 수 없는 것이며, 납부불성실가산세의 경우에도 청구법인이 허위 세금계산서를 수수하는 과정에서 상대적으로 2008년 제1기 부가가치세 및 법인세가 상대적으로 과다신고되고, 2009년 제1기 부가가치세 및 법인세가 상대적으로 과소신고된 점은 있으나, 쟁점거래의 매출처 및 매입처가 각각 다르고, 청구법인의 허위신고로 인하여 납부시기가 달라진 세액을 과세기간의 착오 등으로 미리 납부한 세액으로 보기 어려우므로 이 부분에 대한 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(6) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

2012사업연도 법인세 연구인력개발비 세액공제에 대하여는 처분청이 2013.12.27. 청구주장을 받아들여 직권 시정한 사실이 확인되어 더 이상 심리의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하게 되었으므로 이 부분에 대한 청구주장은 각하함이 타당하다고 하겠다.

(7) 쟁점④에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점거래의 차액 OOO원은 OOO에게 귀속된 것으로 보아 그 소득처분을 대표자에 대한 상여처분으로 할 것이 아니라 기타사외유출로 하여야 한다고 주장하나, 가공매입과 가공매출의 차액이 청구법인에게 장래 영업손실의 보전을 약속하였다는 OOO에 귀속되었다고 볼 수는 없고, 청구법인에게 귀속된 것으로 볼 수 있는데, 그 사용처가 확인되지 아니하므로 처분청이 동 금액을 사용처가 불분명한 가공매입액으로 보아 대표자에 대한 상여로 소득처분한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법하거나 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.