청구법인은 주식회사OOOOO O(O)OOOOO OOO의 자회사로서 1992.8.19. 설립되어 (주)OO으로부터 OOOO을 양수한 후 물품을 수입, 통관하여 백화점, 대리점 등에 공급하는 사업을 영위하는 법인으로, 2003년 제1기～2005년 제2기 중에 (주)OO으로부터 OOOO을 매입한 금액 13,083,477천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대한 매입세액과, 세관 통관시 세관장이 발행한 세금계산서에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 부가가치세 신고를 하였다.

처분청은 국세청의 과세자문 결과 ‘사업자가 수입물품에 대한 OOOO을 양도하고 당해 OOOO을 양수한 자가 수입·통관하는 경우 부가가치세 과세표준은 세관장이 부가가치세를 징수한 금액은 포함하지 아니한다(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)O는 회신을 받고, 이를 근거로 (주)OO으로부터 수취한 쟁점금액에 대한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하고 신고 및 납부불성실가산세와 세금계산서합계표제출불성실가산세를 가산하여 2006.3.9. 청구법인에게 부가가치세 2003년 제1기 80,177,830원, 2003년 제2기 427,269,510원, 2004년 제1기 488,258,020원, 2004년 제2기 364,913,640및 2005년 제1기 부가가치세 319,944,940원을 경정고지하고, 2005년 제2기 부가가치세 94,253,530원을 환급거부하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.5.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 과세근거로 제시한 예규(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO)는 기존의 예규(OOOOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)의 적용시 면세사업자 및 비사업자들이 매입세액을 공제받지 못하는 불만과 중복과세 문제점을 해소하기 위하여 개정되었으나, OOOO을 과세거래로 본 이상 양수도 즉 인도되는 때에 부가가치세를 거래징수하는 것이 법령의 취지에 부합하고, OOOO 양수 후 통관이 장시간 소요되는 경우에 발생하는 문제점(수입·통관 예정이었던 OOOO이 사정이 바뀌어 수출을 하거나 제3자에게 양도하는 경우 통관시기를 기다리다 동일과세기간이 경과하여 당초 거래에 대한 세금계산서 발행시기 도과 등)과 통관이 수차례에 나누어 이루어지는 경우에 발생하는 세금계산서 발행의 문제점이 있으므로, 개정된 예규는 OOOO을 양도하고 양도자가 세금계산서를 발행하기 전에 세관장이 세금계산서를 발행한 경우에만 적용하고, 나머지 대부분의 거래는 언제 확정될지 모르는 세관장의 세금계산서 발행가액을 기다리는 불편과 불이익 없이 OOOO의 거래시 마다 세금계산서를 발행하는 것이 타당하므로, 법령의 기본취지에 벗어난 개정된 예규를 근거로 하여 쟁점금액의 매입세액을불공제하고 가산세를 가산하여 과세한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

이 건과 관련된 쟁점예규에 의하면 “사업자가 수입물품에 대한 OOOO을 양도하고 당해 OOOO을 양수한 자가 수입통관하는 경우 부가가치세 과세표준 계산은 당해 물품이 부가가치세법시행령 제48조 제8항의 규정에 의하여 부가가치세법 제8조에 규정하는 수입재화에 해당되어 세관장이 부가가치세법 제23조 제3항의 규정에 의하여 부가가치세를 징수하는 때에는 공급가액 중 부가가치세법 제13조 제4항에 규정하는 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다”라고 되어 있는 바, (주)OO이 OOOO 양도시 세관장이 거래징수한 과세표준을 제외한 금액을 과세표준으로 하여 세금계산서를 교부하여야 함에도 이를 포함한 쟁점금액을 과세표준으로 하여 세금계산서를 교부하였으므로 이는 사실과 다른 세금계산서이며, 이를매입세액 불공제하고 가산세를 가산하여 과세한 처분에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 통관전에 보세구역 내에 있는 재화의 OOOO을 매입하여 OOOO이 표시하고 있는 재화를 통관하면서 OOOO양도자와 세관장으로부터 각각 매입세금계산서를 교부받은 것에 대하여 OOOO양도자가 교부한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 신고·납부·매입처별세금계산서합계표제출불성실 가산세를 가산하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제13조【과세표준】 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하“공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

④ 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 관세의 과세가격과 관세 특별소비세 주세 교육세 교통세 및 농어촌특별세의 합계액으로 한다.

(2) 부가가치세법 제10조 【거래장소】 ① 재화가 공급되는 장소는 다음 각호에 규정하는 곳으로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화의 이동이 개시되는 장소

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 공급되는 시기에 재화가 소재하는 장소

(3) 부가가치세법시행령 제48조【과세표준의 계산】⑧ 사업자가 보세구역내에서 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하는 경우에 당해 재화가 법 제8조에 규정하는 수입재화에 해당되어 세관장이 법 제23조 제3항의 규정에 의하여 부가가치세를 징수한 때에는 공급가액 중법 제13조 제4항에 규정하는 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다

(4) 부가가치세법기본통칙 6-14-7【보세구역에 대한 부가가치세 적용】 ① 보세구역(자유무역지역 및 관세자유지역 포함)에 관련된 부가가치세법 적용은 다음과 같이 한다.

2. 동일한 보세구역 내에서 재화를 공급하거나 용역을 제공하는 것은 재화의 공급 또는 용역의 제공에 해당한다.

(5) 국세기본법 제15조【신의 성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

(6) 부가가치세법 제22조 【가산세】④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액

가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

(7) 부가가치세법시행령 제70조의 3【가산세】④ 법 제22조 제4항 제1호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우를 말한다.

⑤ 법 제22조 제4항 제2호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 제60조 제1항 제1호 및 제1호의 2 내지 제1호의 4의 경우를 말한다.

⑥ 법 제22조 제5항 제2호 산식에서 “대통령령이 정하는 이자율”이라 함은 1일 1만분의 3의 율을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 이 건 과세근거로 제시하는 쟁점예규는 ‘사업자가 수입물품에 대한 OOOO을 양도(수입물픔이 보세구역에 도착하기 전에 양도하는 경우를 포함한다)하고 당해 OOOO을 양수한 자가 수입통관하는 경우 부가가치세 과세표준 계산은 당해 물품이 부가가치세법시행령 제48조 제8항의 규정에 의하여 부가가치세법 제8조에 규정하는 수입재화에 해당되어 세관장이 법 제23조 제3항의 규정에 의하여 부가가치세를 징수한 때에는 공급가액 중 법 제13조 제4항에 규정하는 금액은 과세표준에 포함하지 아니하는 것이다’라고 되어 있고, 쟁점예규 이전의 예규(OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)는 ‘사업자가 수입통관 전에 OOOO(OOO)을 양도한 경우에는 부가가치세가 과세되므로 세금계산서를 교부하여야 하는 것이며 OOOO을 양도받은 사업자가 수입통관하는 때에는 세관장으로부터 수입세금계산서를 다시 교부받는 것이다’라고 되어 있다.

(2) 청구법인에 대한 OO세무서장의 조사서에는 ‘OOOO양도자 입장에서는 OOOO양도일(원칙적인 공급시기)이 속하는 다음달 10일까지(세금계산서 교부시기임) 최초의 양수자가 수입통관한 경우에는 세관장이거래징수한 금액을 공제한 금액으로 세금계산서를 교부하여야 하나, OOOO양도일이 속하는 다음달 10일까지 수입통관을 하지 않을 경우, 또는 OOOO중 일부만을 통관할 경우 등은 세금계산서 공급가액을 확정하기 어려움이 있어 국세청 법규과에 과세자문을 신청하였으나, 사업자가 수입물품에 대한 OOOO을 양도하고 당해 OOOO을 양수한 자가 수입통관하는 경우 부가가치세 과세표준계산은 수입재화에 해당하여 세관장이 부가가치세를 징수한 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다(OOOOOOOOOO OO O OOOOOOOOOOO,OOOOOOOOO OO)라고 회신되었으므로 쟁점금액에 대한 매입세액은 불공제하고 (주)OO에 세금계산서합계표 불성실 가산세 과세자료를 통보한다’라고 되어 있고, 청구법인은 세금계산서 수취시 알 수 없는 ‘세관장이 거래징수한 과세표준’을 제외한 금액을 과세표준으로 하여 세금계산서를 수취하지 않았다 하여 쟁점금액의 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(가) 관세의 과세표준이 되는 물품가액, 부과되는 관세 등은 통관하는 날의 1주 전의 환율의 평균가액을 감안하여 세관장이 고시하는 환율에 의하여 확정되고 있는 바, OOOO의 거래시에는 통관 당시 세관장이 고시하는 미래의 환율을 알수 없어 세관장이 통관시 부과하는 과세표준을 차감하여 세금계산서를 발행할 수 없다고 보아야 할 것이다.

(나) 2004.8.26. 및 2004.9.16. (주)OO이 발행한 OOOO(공급가액 444,767천원)은 2004.9.8. 및 2004.9.30. (주)OO이 18%의 이익을 가산하여 청구법인에게 세금계산서를 교부(공급가액 524,736천원)하고, 동 OOOO상의 물품은 2004.10.6. ～ 2005.2.22.동안 9차례에 걸쳐 나누어 통관되면서 통관시마다 각 세관장이 통관금액에 대하여 세금계산서를 발행(공급가액 484,511천원)하였는 바, (주)OO은 위 2건의 OOOO 거래와 관련된 화물이 최종 통관될 때까지는 수개월이 소요되고 통관도 여러 차례 나뉘어 통관되며 2004년 제2기중에 거래된 OOOO에 대한 통관금액이 2005년 제1기중에 확정되는 등 동일 과세기간내(2004년 제2기)에 세금계산서를 발행하지 못하는 문제가 발생되어 새로운 예규에 따라 통관된 금액과 OOOO 거래금액과의 차액(524,736천원 - 484,511천원 = 40,225천원)에 대하여 세금계산서를 교부할 수 없었음을 알 수 있다.

(다) 2003.11.28. ～ 2003.12.11. 5차례에 걸쳐서 거래된 OOOO(공급가액 1,421,352천원)에 대하여 (주)OO이 5차례에 걸쳐서 청구법인에게 세금계산서를 발행하고, OOOO상의 물품이 2003.12.20. ～ 2004.11.11. 기간동안 22차례에 걸쳐 통관되면서 각 세관장이 통관시 마다 확정된 금액으로 22차례에 걸쳐서 세금계산서를 발행(1,340,469천원)하였는 바, (주)OO은 위 (나)의 사유와 같이 새로운 예규에 따라 통관된 금액과 OOOO 거래금액과의 차액에 대하여 세금계산서를 교부할 수 없었음을 알 수 있다.

(3) 살피건대, 처분청은 쟁점예규를 근거로 OOOO을 양수한 자가 수입통관하는 경우 과세표준 계산은 모두 세관장이 발행한 세금계산서의 과세표준 금액을 차감한 금액을 과세표준으로 하여 세금계산서를 발행하여야 한다는 주장이나, OOOO을 과세거래로 본 이상 양수도 즉 인도되는 때에 부가가치세를 거래징수하는 것이 부가가치세 법령의 취지에 부합하는 것으로 보아야 할 것인 바, 동 법령의 취지에 따라 OOOO의 거래시 공급자 (주)OO이 청구법인으로부터 거래징수하여 납부한 부가가치세 및 세관장이 청구법인으로부터 거래징수하여 납부한 부가가치세는 청구법인의 매입세액으로 매출세액에서 공제되어야 할 것으로 보이며, 청구법인의 경우와 같이 OOOO 양수 후 통관이 같은 과세기간을 넘는 장기간의 시간이 소요되거나 일부만 통관되는 경우 통관하는 날의 1주일 전의 환율의 평균가액에 의하여 확정되는 세관장이 발행하는 세금계산서의 과세표준을 OOOO 거래시에는 알 수 없는 것이어서 OOOOO의 거래시 발행하는 세금계산서의 과세표준은 세관장이 발행하는 세금계산서의 과세표준을 차감한 금액으로 하여야 한다’는 쟁점예규를 모든 OOOO의 거래시에 일률적으로 적용할 수는 없는 것으로 보아야 할 것이므로, 동 예규는 OOOO이 양도되고 양도자가 세금계산서를 발행하기 전에 세관장이 세금계산서를 발행한 경우에만 적용되어야지 위 경우를 제외한 나머지 거래는 언제 확정될지 모르는 세관장의 세금계산서 발행가액을 기다리는 불편과 불이익을 납세자에게 전가함이 없이 OOOO의 거래시 마다 세금계산서를 발행하는 것이 합당하다 하겠다.

따라서 청구법인이 세금계산서 수취시 알수 없는 ‘세관장이 거래징수한 과세표준’을 제외한 금액을 과세표준으로 하여 세금계산서를 수취하지 않았다하여 쟁점금액의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 과세하고 환급거부한 처분은, 청구법인이 OOOO에 대한 세금계산서를 수취하기 전에 세관장이 거래징수한 과세표준이 확정되어 이를 제외하여 세금계산서를 발행할 수 있는 세금계산서가 쟁점금액의 세금계산서에 포함되어 있는지를 확인한 후 이를 사실과 다른 세금계산서로 볼 것인지에 대하여는 별론으로 하더라도, 세관장이 거래징수한 과세표준이 확정되지 않아 이를 제외하여 세금계산서를 발행할 수 없는 것으로 보이는 쟁점금액 전액에 대하여 쟁점예규를 근거로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 환급거부한 처분은 잘못으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.