가. 원고는 수출입과 해외투자 및 해외자원개발 등 대외 경제협력에 필요한 금융을 제공하는 것을 주된 목적으로 설립된 법인이다.

나. 1) 원고는, ① 한국무역보험공사(변경전 상호 : 한국수출보험공사, 이하 ‘보험공사’라 한다

)로부터 수출보험약관에 따라 지급받은 보험금(이하 ‘이 사건 보험금’이라 한다

), ② 보험공사, 신용보증기금, 기술신용보증기금, 충남방적 주식회사로부터 보증계약에 따라 지급받은 보증채무이행금(이하 보험공사, 신용보증기금, 기술신용보증기금을 통틀어 언급하는 경우에는 ‘신용보증기금 등’이라 하고, 신용보증기금 등이 원고에게 지급한 보증채무이행금을 ‘이 사건 보증채무이행금’이라 한다

), ③ 정리대상여신으로 분류된 대출금 중 주채무자로부터 지급받은 금원에 대하여 각 원금을 먼저 회수한 것으로 회계처리를 하는 등으로 2006 사업연도 법인세 32,177,322,676원, 2007 사업연도 법인세 65,999,457,922원, 2008 사업연도 법인세 146,312,919,366원을 각 신고납부하였다. 2) 이후 원고는 외국납부세액과 관련하여 경정청구를 하여 2006 사업연도 법인세 중 40,922,252원, 2007 사업연도 법인세 중 12,053,374원, 2008 사업연도 법인세 중 29,664,865원을 각 환급받았다.

다. 서울지방국세청장은 2010. 6. 21.부터 2010. 8. 27.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 충당 순서에 관하여 약정한 사실이 없음에도 법인세법 시행규칙 제56조를 위반하여 임의로 원금을 먼저 회수한 것으로 회계처리를 함으로써 이자를 먼저 회수한 것으로 회계처리를 하였을 경우 추가로 발생할 수 있었던 이자수입을 누락하였다고 판단하고, 아래 <표1> 기재와 같이 이 사건 보험금과 관련한 이자수입 누락액 3,523,601...

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