가. 처분청은 청구인이 보유한 주택에 대하여 OOO 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO 귀속 종합부동산세 OOO원을 결정·고지(이하 “당초처분”이라 한다)한 사실이 있다.

나. 처분청은 종합합산과세대상인 4필지의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구인이 보유하고 있었던 사실을 확인하고 OOO 청구인에게 OOO 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각 경정·고지(이하 “증액경정처분”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 증액경정처분에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청이 종합부동산세 산출시 공제할 재산세액을 계산함에 있어 공정시장가액비율을 한 번 더 적용시킴으로써 그 비율만큼 공제할 재산세액이 적어지게 되고, 납부할 종합부동산세액은 늘어나게 되었는바, 이러한 방식은 이중과세에 해당하여 위법하므로 이 건 과세처분을 취소하여야 한다.

(2) 처분청은 증액경정처분된 토지분에 대하여만 청구주장을 받아들여 OOO원을 환급하였으나, 증액경정처분이 있는 경우 당초처분의 위법성도 함께 주장하여 다툴 수 있으므로 당초처분의 주택분 종합부동산세에 대하여도 청구주장을 받아들여 종합부동산세를 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 대법원 판결에 따라 청구주장을 받아들여 토지분 종합소득세 OOO원(농어촌특별세 포함)을 감액경정하고 OOO 환급하였다.

(2) 당초처분은 정당하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세액에서 공제되는 재산세액 계산시 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 기준으로 산정하는 것이 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 당초처분시 청구인이 소유하고 있는 주택에 대하여 OOO 귀속 종합부동산세 산출시 공제되는 재산세 상당액을「종합부동산세법 시행규칙」별지 제3호 서식 부표⑵인 종합부동산세 과세표준계산명세서에 따라 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 계산한 후 종합부동산세를 과세하였다.

(2) 처분청은 청구인이 주택 외에 쟁점토지를 보유하고 있는 사실을 확인하고, 증액경정처분시 당초처분과 같은 방법으로 종합부동산세를 과세하였다가, 청구인이 심판청구를 제기하자 토지분에 대한 증액경정처분에 대하여는 청구주장을 받아들여 종합부동산세를 감액경정하였으나, 당초처분은 경정하지 아니하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액이 과도하게 계산되었다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인데, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분/(종합‧별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분/(종합‧별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 할 것이므로, 처분청이 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 종합부동산세법

제8조【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액〔과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하“1세대1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액〕에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제13조【과세표준】② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제14조【세율 및 세액】③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 종합부동산세법 시행령

제2조의4【공정시장가액비율】① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다.

제4조의2【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

* 재산세 표준세율 : 지방세법 제111조 제1항에 따른 표준세율

제5조의3【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 지방세법

제110조【과세표준】① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건출물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지