청구법인인 OOOO교회는 1973.11.27 설립된 재단법인 대한예수교 장로회총회(통합측) 유지재단 산하 OO노회 소속으로서 2001.3.31, 1997.1.1부터 2000.12.31까지의 4개 사업연도 법인세 신고를 하면서 각 사업연도에 원천징수된 은행 예금이자 소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 동 이자소득세의 환급을 신청하였다.

처분청은 청구법인이 2001.3.30 법인으로 보는 단체로 승인받았는 바, 승인받기 전인 위 사업연도에 원천징수된 이자소득세의 환급신청을 한 것은 적법하지 아니하다고 하여 환급을 거부하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.10.25 이의신청을 거쳐 2002.2.20 심판청구를 제기하였는데, 처분청은 이의신청 결정시 청구법인이 2001.3.30 법인으로 보는 단체로 승인받기 이전에도 그 실질이 국세기본법 제13조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 비영리 내국법인에 해당하므로 2000.1.1~2000.12.31사업연도는 청구법인이 고유목적사업준비금 조정명세서를 첨부하여 법인세 신고기한내에 적법하게 신고하였다고 하여 이자소득세 31,865,700원을 환급하였으나 1997.1.1부터 1999.12.31까지의 나머지 3개 사업연도의 이자소득세 38,274,540원(이하 “쟁점이자소득세”라 하며, 심판청구시에는 1999.1.1~1999.12.31사업연도 환급신고 누락분 23,434,660원이 추가되어 61,709,200원으로 금액이 증가되었다)은 청구법인이 법인세 신고기한내에 법인세신고를 하지 아니한 이자소득으로서 원천징수에 의하여 과세절차가 종료되어 수정신고나 경정 등에 의하여 환급할 수 없다고 보아 기각하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 국세기본법 제13조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단임에도 금융실명제 실시당시 납세번호증이 개인으로 발급되는 행정착오에 의하여 쟁점이자소득세를 환급신청하지 못하였다.

따라서 청구법인이 법인으로 보는 단체로서 납세번호증을 교부받은 후 법인세 신고를 하면서 쟁점이자소득세의 환급신청을 하였음에도 처분청이 이를 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 법인아닌 단체의 납세번호가 부여된 상태에서 쟁점이자소득세가 원천징수된 것은 사실이나 그 단체의 실질이 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것에 해당하는 점에서 법인으로 보는 단체의 구성요건을 충족하고 있으므로 법인으로 보아 세법을 적용함이 타당하다 할 것이다.

그러나 청구법인이 법인세 과세표준신고기한을 경과하여 제출한 1997～1999사업연도에 원천징수된 쟁점이자소득세의 환급신청은 적법하지 아니하므로 거부함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비영리법인이 법인세 과세표준 및 세액신고기한이 경과된 사업연도에 원천징수된 이자소득세를 환급하여 달라고 신청하였으나, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하여 신고하지 아니하였으므로 환급할 수 없다고 거부한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.

나. 관련법령

국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 ① 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 법인격이 없는 단체 라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단 재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정된 것) 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체 중 대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 고유목적사업등 이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】 ① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표·손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 세무조정계산서 라 한다)

3. 기타 대통령령이 정하는 서류

③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

⑤ 납세지 관할세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 이를 보정할 것을 요구할 수 있다.

법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 ① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익( 소득세법 제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 이자소득 이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

법인세법시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ⑧ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

법인세법시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】 ① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 2001.3.30 법인으로 보는 단체로 승인받기 이전에도 그 실질이 국세기본법 제13조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 비영리 내국법인에 해당하였으나 행정착오로 인하여 법인으로 보는 단체로서 납세번호증을 교부받지 못하고 있다가 2001.3.30에 와서야 법인으로 보는 단체로 승인을 받았고, 부득이 2001.3.31 법인세 신고를 하면서 쟁점이자소득세의 환급신청을 하였음에도 처분청이 1997.1.1부터 1999.12.31까지 3개 사업연도의 법인세 신고를 하지 아니하였음을 이유로 거부한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

청구법인과 같이 법인으로 보는 단체는 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금으로 계상할 수 있는 바, 청구법인도 쟁점이자소득금액의 한도내에서 당해 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금으로 산입할 수 있었던 것이며, 청구법인이 법인세 신고기한내에 법인세 과세표준 및 세액신고서와 함께 고유목적준비금 조정명세서를 첨부하여 처분청에 제출하였다면 쟁점이자소득세를 청구법인에게 환급하는 것이 타당하다고 할 것이다.

그러나 청구법인이 위와 같은 신고를 하지 아니하였고, 청구법인이 금융실명제 실시 이후 2001.3.30까지의 기간동안 법인으로 보는 단체로 납세번호를 받기 위한 시도를 하였다고 볼 만한 증거가 달리 제시되지 아니하고 있어 단지 처분청의 행정착오로 인하여 법인으로 승인받지 못함에 따라 법인세 신고를 하지 못하였다는 청구법인의 주장을 인정하기는 어려운 것으로 판단된다.

청구법인은 쟁점이자소득을 위 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로서 손금계상하지 아니하였을 뿐더러 법인세법 제62조는 비영리 내국법인의 과세표준신고 특례를 규정하면서 쟁점이자소득세와 같이 원천징수된 이자소득에 대하여는 같은법 제60조 제1항의 규정에 따른 법인세 과세표준 및 세액신고를 하지 아니할 수 있다고 규정함과 동시에 동 신고를 하지 아니한 이자소득은 원천징수로서 그 과세절차가 종결되는 것이고 이를 수정신고 또는 경정 등에 의하여 다시 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있는 바, 쟁점이자소득세의 경우 청구법인이 당해 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금산입하여 법인세 신고기한내에 고유목적사업준비금 조정명세서를 첨부하여 제출하지 아니함에 따라 동 이자소득은 원천징수에 의하여 과세절차가 종결되었으므로 처분청이 쟁점이자소득세의 환급을 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(국심 2000구2098, 2001.3.13 등도 같은 뜻임).

라. 결론

그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.