청구법인은 상하수도 건설업을 영위하는 법인으로서, 2004사업연도에 청구법인의 대주주인 박OO(당시 청구법인의 대표이사이다)의 보유주식 양도에 따라 주주 및 지분 등에 변동이 있었으나, ‘주식 등 변동상황명세서’에는 아무런 변동이 없는 것으로 기재하여 이를 처분청에 제출하였다.

처분청은 2004사업연도에 박OO이 청구법인 주식 35,000주(전체 주식 70,000주 중 50%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도하였음에도 청구법인이 주주 등의 변동상황이 전혀 없는 것처럼 ‘주식 등 변동상황명세서’ 작성·제출한 사실을 확인하고, 2006. 10. 16. 청구법인에게 법인세법 제76조 제6항에 따라 2004사업연도 법인세 7,000,000원(가산세)을 경정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006. 12. 1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 대주주 박OO은 2004. 4월 쟁점주식을 양도한 후 증권거래세 및 양도소득세를 신고·납부하였는데, 2004사업연도 법인세 신고시 청구법인 담당직원의 전자신고 업무 관련 단순 착오로 “주식 등 변동상황명세서”에 위 사실의 기재를 누락하였다.

따라서, 이 건은 법인세법 제76조 및 같은 법 시행령 제120조 제5항 단서에 규정된 “필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등 변동상황을 확인할 수 있는 경우”에 해당하므로, 가산세를 부과함은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 담당직원의 단순 착오로 인하여 “주식 등 변동상황명세서”에 일부 기재가 누락된 것이므로, 법인세법 제76조 및 같은 법 시행령 제120조 제5항 단서에 따라 가산세를 부과함은 부당하다고 주장하나,

위 단서 조항은, 필요적 기재사항의 일부를 착오에 의하여 사실과 다르게 기재하여 그 밖의 기재사항에 의하더라도 주식 등 변동상황을 확인할 수 있는 경우에 적용되는 것이지, 청구법인과 같이 주식 등의 변동이 있었으나 변동 자체에 대한 기재를 누락하여 그 밖의 기재사항을 통하여도 변동상황의 존재여부를 확인할 수 없는 경우에 적용되는 것이 아니므로, 청구법인의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점주식 관련 변동상황을 ‘주식 등 변동상황명세서’에 기재하지 않은 것이 단순착오에 의한 것이어서 가산세 부과대상이 아니라는 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제119조【주식등 변동상황명세서의 제출】① 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한내[주 : 법인세과세표준 신고기한내]에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등 변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 주권상장법인 및 코스닥상장법인의 소액주주가 소유한 주식과 주식회사가 아닌 법인의 출자지분으로서 대통령령이 정하는 주식 등에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

법인세법 시행령 제161조【주식 등 변동상황명세서의 제출】② 법 제119조 제2항에서 “대통령령이 정하는 주식 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주식 등을 말한다.

1. 주권상장법인의 소액주주의 주식

2. 코스닥상장법인의 소액주주의 주식. 다만, 코스닥상장 전에 주식을 취득한 경우에는 당해 주식의 액면금액의 합계액이 500만원 이하인 주주의 주식과 중소기업의 주식으로서 「증권거래법」의 규정에 의한 코스닥시장을 통하여 양도하는 것

3. 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권선물거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분 중 소액주주의 주식 또는 소액출자자의 출자지분

③제2항 제1호 및 제2호에서 “소액주주”라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 3억원에 미달하고 그 주식의 시가(재정경제부령이 정하는 시가를 말한다)의 합계액이 100억원 미만인 주주를 말하며, 제2항 제3호에서 “소액주주”라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 500만원 이하인 주주를 말하고,제2항 제3호에서 "소액출자자" 라 함은 출자총액이 500만원 이하인 출자자를 말한다.

④ (생략)

⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식 등 변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각호의 내용을 기재하여야 한다.

1. 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호ㆍ사업자등록번호 또는 고유번호

2. 주주 등별 주식 등의 보유현황

3. 사업연도 중의 주식 등의 변동사항

⑥ 제5항 제3호에서 주식 등의 변동은 매매ㆍ증자ㆍ감자ㆍ상속ㆍ증여 및 출자 등에 의하여 주주 등ㆍ지분비율ㆍ보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다.

(2) 법인세 제76조【가산세】⑥ 납세지 관할세무서장은 제119조의 규정에 의하여 주식 등 변동상황명세서(이하 이 조에서 “변동상황명세서”라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이변동상황명세서를 제출하지 아니하거나변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에해당하는 경우에는 미제출ㆍ누락제출 및 불분명하게 제출한 주식 등의액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제출기한 경과 후 1월 이내에 제출하는 경우에는 100분의 2를 100분의 1로 하고, 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수한다.

법인세법 시행령 제120조【가산세의 적용】⑤법 제76조 제6항에서 “대통령령이 정하는 불분명한 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다.

1. 제출된 변동상황명세서에 제161조 제5항 제1호 내지 제3호의기재사항(이하 이 항에서 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우

2. 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 주주명부 또는 사원명부의 기재사항과 다르게 기재되어 주식 등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 ‘주식 등 변동상황명세서’ 및 국세통합전산망(TIS) 자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 아래 <표>와 같이 2004사업연도에 청구법인의 주식 보유상황에 변동이 없는 것으로 ‘주식 등 변동상황명세서’를 작성·제출하였다.

(나) 그러나, 당시 청구법인의 대표이사이자 대주주인 박OO은 2004. 4. 1. 아래 <표>와 같이 보유하고 있던 청구법인의 주식 전부를 박기춘과 송미경에게 양도하였고, 2004. 5. 10. 증권거래세 1,750,000원도 신고·납부하였다.

(다) 이에 따라, 2004사업연도 말의 청구법인의 주주 및 지분 현황은 아래 <표>와 같이 변동되었다.

(라) 위 박용성은 2006. 7. 11.경 처분청으로부터 과세예고통지서를 송달 받은 후인 2006. 7. 27.에야 쟁점주식 양도에 따른 양도소득세 신고를 하였고, 2006. 7. 31. 처분청에 과세전적부심사를 청구하였다.

(2) 이에 대하여 청구법인은, 대주주 박OO이 2004. 4월 쟁점주식을 양도한 후 증권거래세 및 양도소득세를 신고·납부하였는데, 2004사업연도 법인세 신고시 청구법인 담당직원의 전자신고 업무 관련 단순 착오로 ‘주식 등 변동상황명세서’에 위 사실의 기재를 누락하였다고 하며, 이 건은 법인세법 시행령 제120조 제5항 단서에 규정된 “필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등 변동상황을 확인할 수 있는 경우”에 해당하므로 가산세를 부과함이 부당하다고 주장한다.

(3) 그러나, 법인세 제76조 제6항에는 “납세지 관할세무서장은 제119조의 규정에 의하여 주식 등 변동상황명세서(이하 이 조에서 “변동상황명세서”라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출ㆍ누락제출 및 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다(단서생략).”고 규정되어 있고, 법인세법 시행령 제120조 제5항에는 “법 제76조 제6항에서 ‘대통령령이 정하는 불분명한 경우’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다.”고 규정되어 있는 바,

위 조항에서 ‘주식 등 변동상황명세서’ 제출과 관련 가산세를 부과하도록 규정한 취지는 주식이동을 통하여 증여·상속세 등을 탈루하는 것을 방지하기 위하여 법인에게 협력의무를 지운 것(국심 96전479, 1996. 9. 10., 외 다수 같은 뜻)으로, ‘변동상황명세서를 제출하지 아니한 경우(미제출)’, ‘변동상황을 누락하여 제출한 경우(누락제출)’ 및 ‘제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우(불분명하게 제출)’에 가산세가 부과되는데,

‘제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우’ 중 일부 예외적인 경우에는 법인세법 시행령 제120조 제5항 단서에 따라 가산세가 부과되지 않을 수 있는 것이므로, 청구법인의 예외 적용 주장이 받아들여지기 위해서는, 먼저 이 건이 ‘제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우’에 해당하는지 여부를 가려야 할 것이다.

(4) 살피건대, 이 건은 청구법인이 스스로 2004사업연도의 ‘주식 등 변동상황명세서’를 작성하여 처분청에 제출하였지만, 주주 및 지분에 변동이 발생하였음에도 불구하고 아무런 변동이 없는 것처럼 그 내용을 작성하여 제출한 경우로, 청구법인이 ‘변동상황 자체를 누락하여 제출한 경우’에 해당하고, ‘제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우’에 해당하지 않는 이상, 처분청이 청구법인에게 가산세를 부과함은 타당하다 할 것이고, 결국 법인세법 시행령 제120조 제5항 단서를 적용해 달라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 덧붙여, 청구법인은 담당직원의 착오로 변동상황의 기재를 누락하였다고 주장하나, 청구법인의 대표이사이자 최대주주인 박OO이 청구법인 전체주식 70,000주 중 50%에 해당하는 주식을 양도한 사실에 대한 누락이 단순히 담당직원의 착오에 의한 것이라는 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이고, 박OO이 쟁점주식 관련 양도소득세 신고를 과세예고통지를 받은 후에야 한 사실을 고려하면, 청구법인에게 조세탈루 방지를 위한 협력의무를 충실히 이행하지 못한 잘못이 있다 할 것이다.

(6) 따라서, 청구법인이 2004사업연도 당시 청구법인의 대표이사이자 대주주인 박OO의 주식 소유 변동상황을 누락하여 ‘주식 등 변동상황명세서’를 작성하여 처분청에 제출한 사실에 대하여, 처분청이이 건 가산세를 부과한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 1월 18일

주심국세심판관 주 영 섭