가. 청구법인은 2012.3.29. 개업하여 제사(製絲)업을 영위하는 법인으로서, 2012.4.4. OOO주식회사가 OOO주식회사에 신탁한 OOO 대지 4,665㎡와 공장건물 2,970.86㎡ 및 기계장치 50개(이하 “쟁점신탁자산”이라 한다)를 OOO원에 취득하고, 우선수익자인 주식회사 OOO이 발행한 세금계산서 1매(공급가액 OOO원으로서 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하여 2012년 제1기 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 2012.9.13.～2012.9.19.까지 청구법인에 대하여 환급현장 확인조사를 실시한 결과, 주식회사 OOO이 건물 및 기계장치에 대한 우선수익권을 초과하여 발행한 공급가액 OOO원을 ‘공급자가 사실과 다른 세금계산서’로 보아 매입세액을 불공제하여 2012.11.8. 청구법인에게 2012년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.1.18. 이의신청을 거쳐 2013.5.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점신탁자산의 매각시점(2012.4.10.)에 위탁자인 OOO주식회사가 실지 폐업하여 세금계산서 교부가 불가능한 상태이었다.

처분청은 OOO주식회사의 폐업일을 공장매각일로 보고 있으나, 세무서의 폐업사실증명서상 2011.12.1.자로 폐업되었고, 공과금 미납으로 단전·단수 되어 실질적으로 폐업되었을 뿐만 아니라 신탁사업도 종료되어 2012.4.10. 현재에는 세금계산서 교부가 불가능한 상태이었다.

(2) 이 건은 위탁자가 대출금 채무 담보목적으로 부동산담보신탁계약한 것으로 이는 단순히 돈을 빌리기 위한 수단일 뿐, 부동산신탁회사가 부동산을 개발·관리·처분하는 것이 아니기에 현실적인 폐업이 곧「부가가치세법」에 의한 폐업인 것인데, 처분청 의견과 같이 위탁자가 폐업되지 않았다면 부동산 신탁회사가 위탁자 명의로 우선수익권 초과발행금액 OOO원에 대한 부가가치세를 납부케 하여야 함에도 위탁자의 기존 체납세금징수를 위하여 본 부가가치세 환급액에 대한 압류처분을 한 것은 잘못이다.

(3) 처분청이 사실과 다른 세금계산서라고 본 공급가액 OOO원은 부가가치세가 면제되는 토지의 가액이므로 매입세액공제 대상이다.

우리나라가 채택하고 있는 부가가치세 계산방법은 전단계 세액공제법으로서 전단계에서 부담한 매입세액은 원칙적으로 모두 공제하여야 하는바, 이와 같은 취지로 2013.1.1.「부가가치세법」을 개정하여 「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호의2 단서규정 및「부가가치세법 시행령」(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제60조 제3항에서는 부가가치세가 면제되는 재화를 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액도 공제대상에 포함하고 있는데, 처분청이 과다수취공급가액 또는 사실과 다른 세금계산서라고 본 공급가액 OOO원은 부가가치세가 면제되는토지의 가액이므로 이 건도 매입세액공제 대상으로 보는 것은 타당하다.

신탁부동산 처분대금 정산은 공신력있는 부동산신탁회사가 하는 것으로 특별한 규정이 없는 한 존중하여야 할 것인바, 신탁부동산 처분대금 정산내역에 의하면 총 수입금 OOO원 중 우선수익자 배당액이 OOO원, 부가가치세 우선수익자 지급액이 OOO원인데, 이는 부가가치세가 과세되는 건물과 기계기구 매도가액 OOO원, 토지매도가액 OOO원 합계 OOO원과 부가가치세 OOO원이며, 본 금액을 주식회사 OOO에 지급하였고 남은 금액 토지 매도가액 OOO원은 공탁금 등에 지급한 것이므로 우선수익자인 주식회사 OOO이 발행한 세금계산서는 조금도 문제가 없는 것이다.

따라서, 청구법인이 우선수익자인 주식회사 OOO으로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받은 것은 정당하므로 처분청의 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점신탁자산의 매각시점에 위탁자인 OOO주식회사가 실지 폐업하였는지에 대하여 보면,

OOO주식회사와 OOO주식회사가 체결한 부동산담보신탁계약서 제24조 제1항에 ‘제17조 제1항 제1호 내지 제3호에 의한 신탁부동산의 처분에 의하여 종료한다’라고 규정되어 있는 것으로 보아 신탁개시일(2009.6.30.)부터 자산매각일(2012.4.10.)까지 신탁사업이 유지되고 있음을 알 수 있으며, 비록 위탁자가 신탁자산 매각일 이전에 자진폐업 하였다 하더라고 신탁사업이 유지되는 경우에는 폐업으로 보지 않는다는 예규 등으로 볼 때 위탁자가 폐업으로 세금계산서를 발행할 수 없었다는 청구주장은 받아들이기 어려우며, 위탁자 또는 수탁자인 OOO주식회사가 위탁자 명의로 세금계산서를 발행할 수 있었다.

청구법인이 실지 폐업을 주장하기 위한 채무담보신탁이라는 청구주장은담보신탁의 경우 납세의무자는 위탁자가 되므로, 신탁자산과관련하여세금계산서 전액을 우선수익자로부터 수취한 것이 정당하다는 청구주장과 배치되는 일관성이 결여된 주장이다.

(2) 쟁점신탁자산 매각에 따른 납세의무자와 우선수익자의 우선수익권을 초과하여 발행한 세금계산서의 적정여부에 대하여 보면,

신탁자산의 매각시 납세의무자가 누구인지 여부는 신탁의 종류에따라 다르나, 청구법인과 처분청 모두 이 건 신탁을 타익신탁으로 보는 점에 이견은 없다.

부동산담보신탁계약서 제3조 및 별첨2 내용과 같이 1순위자(우선수익자)는 주식회사 OOO이고 2순위자는 위탁자인 OOO주식회사로서, 쟁점신탁자산의 총 매각대금 OOO원 중 우선수익자가 OOO원이고 나머지 OOO원(인건비 미지급에 따라 가압류로 공탁됨)의 실지 귀속은 위탁자임이 확인된다.

따라서, 우선수익자는 우선수익권의 범위 내에서 납세의무를 지고 신탁자산의 실지 귀속에 따라 납세의무를 지므로 2순위 위탁자가 발행할 세금계산서분을 포함해서 발행한 세금계산서 OOO원 중 위탁자분(공급가액 OOO원 상당액)을 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 과세한 당초 처분은 정당하다.

(3) 쟁점세금계산서를 「부가가치세법」제17조 제2항 제2호의2 단서 규정에 적용할 수 있는지에 대하여 보면,

대법원 판례로 볼 때 신탁부동산 처분대금 정산시 부가가치세를 구분계산하고 별도 회계처리 유무와 상관없이 신탁자산의 매각대금을 부가가치세를 포함한 총 금액으로 보고 있으므로, 우선수익자가 실지 지급받은 OOO원(부가가치세 포함)을 감정평가가격 기준(과세분 60%)에 따라 부가가치세 면세(토지)와 과세(건물, 기계장치) 비율로 우선수익자 발행 대상 OOO원(공급가액) 안분계산한 처분청의 과세표준 산출방식은 정당하며, 이와 동일한 방법으로 구한 우선수익권 초과분에 대한 OOO원 상당액은 건물, 기계장치에 대한 공급가액인바, 청구법인은 법 적용을 잘못한 것이다.

따라서, 타익신탁에서 우선수익자가 자기의 우선수익권 범위를 초과하여 발행한 세금계산서 OOO원 상당액은 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하며, 이를 처분청이 매입세액 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

우선수익자가 우선수익권을 초과하여 발행한 금액에 대하여 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점신탁자산이 타익신탁 자산으로서 우선수익권을 초과하여 발행한 금액에 대하여 위탁자 또는 수탁자가 위탁자 명의로 세금계산서를 발행할 수 있었고, 우선수익자는 우선수익권 범위 내에서 납세의무를 지므로 이를 초과한 금액에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 본 처분은 정당하다면서, 부가가치세 경정결의서, 현장확인보고서, 쟁점신탁자산의 성격검토서 및 정산내역, 부동산담보신탁계약서 등을 제시하였다.

(2) 청구법인은 쟁점신탁자산의 매각시점에 위탁자가 실지 폐업하여 세금계산서를 교부할 수 없었고, 이 건은 대출금 채무 담보목적의 부동산담보신탁계약으로 단순히 자금을 대여받기 위한 수단일 뿐 부동산신탁회사 부동산을 개발·관리·처분하는 것이 아니며, 2013.1.1. 개정된「부가가치세법」을 이 건에 적용할 경우 처분청이 사실과 다른 세금계산서라고 본 공급가액 OOO원 상당액은 부가가치세가 면제되는 토지가액으로서 매입세액 공제대상이므로 청구법인이 우선수익자로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받는 것은 정당하다고 주장하면서, 부동산매매계약서, 부동산담보신탁계약서, 폐업사실증명, 압류채권 추심의뢰공문 등을 제출하였다.

(3) 쟁점에 대하여 본다.

(가) 처분청이 제시한 우선수익권 산출내역에 의하면, 쟁점신탁자산의 매각금액은 OOO원이며 이 중 우선수익자에게 지급된 금액은 OOO원이고 동 금액에 대하여 감정평가가격 기준으로 토지와 건물 및 기계장치로 각 안분한 결과 토지는 OOO원, 건물 및 기계장치는 OOO원이며, 세금계산서 과다수취금액은 OOO원(공급가액)인 것으로 나타난다.

(나) OOO주식회사가 2009.6.30. OOO주식회사와 체결한 부동산담보신탁계약서에 의하면, 신탁목적이 쟁점신탁자산의소유권 관리 및 OOOO주식회사가 부담하는 채무내지는 책임의 이행을 보장하기 위하여 OOOOOOOO주식회사가 쟁점신탁자산을 보전·관리하고 채무 불이행시 환가·정산하는데 있는 것으로 나타나며, 신탁기간은 2009.6.20.～2012.6.29.이며, 우선수익자는 주식회사 OOO이고, 우선수익자의 우선권 최고한도액은 OOO으로 확인된다.

(다) 한편, 「부가가치세법」제17조 제2항 제2호의2에서는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 제1항의 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다고 규정하고 있는데 동 조항은 2013.1.1.부터 시행되고 있다.

(라) 살피건대, 이 건 신탁계약은 계약상 위탁자 아닌 수익자가 따로 지정되어 있어 신탁의 수익이 우선적으로 우선수익자에게 귀속하게 되어 있는 타익신탁에 해당한다 할 것이고, 이 경우 그 우선수익권이 미치는 범위 내에서는 신탁재산의 관리ㆍ처분 등으로 발생한 이익과 비용도 최종적으로 우선수익자에게 귀속되어 실질적으로는 우선수익자의 계산으로 돌아가는 것으로 사업자 및 이에 따른 부가가치세 납세의무자는 위탁자가 아닌 우선수익자로 보아야 함이 타당한바(대법원 2006.1.13. 선고 2005두2254, 같은 뜻),

이 건의 경우, 쟁점신탁자산의 매각금액 OOO원에는 매입세액 불공제 대상인 토지가액 OOO원이 포함되어 있어 위 매각금액 중에서 우선수익자에게 지급된 OOO원에 대하여 감정평가가격 기준으로 안분한 건물 및 기계장치비 OOO원을 우선수익자의 우선수익권이 미치는 범위 내로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 청구법인이 우선수익자로부터 교부받은 공급가액 OOO원의쟁점세금계산서에서 건물 및 기계장치비 OOO원을 제외한 금액은 우선수익자의 토지에 대한 우선수익금에 해당하고, 청구법인이 쟁점세금계산서를 발급받은 날이2012.4.4.이므로 이 날로부터 약 8개월 후에 시행된 「부가가치세법」제17조 제2항 제2호의2조항을적용하여 매입세액을 공제하는 것은 무리가 있어 보인다.

한편, 우선수익자가 자신의 건물 및 기계장치비에 대한 우선수익권이 미치는 범위를 넘어서 발행한 공급가액 OOO원의 세금계산서가 위탁자의 건물 및 기계장치비에 대한 것이라 하더라도 OOO주식회사가 폐업 등으로 세금계산서를 발행하지 못하였다면 수탁자가 위탁자 명의로 위 초과금액에 해당하는 세금계산서를 발행하는 방법 등에 의하여야 함에도 우선수익자로부터 세금계산서를 수취한 이상, 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 위 초과금액에 대하여 매입세액을 불공제한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.