가. 청구인들은 OOO 사장이 시행하는 ‘OOO 친수구역 조성사업(1차)’(이하 “친수구역 조성사업”이라 한다)에 편입되는 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 아래 ＜별지2＞ 기재와 같이 2016년 중에 OOO에 양도하고, 「조세특례제한법」제69조에 따른 ‘자경농지에 대한 양도소득세의 감면’ 규정을 적용하면서 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」 부칙 제63조에 경과조치 규정의 적용대상이라고 보아 감면한도OOO원을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인들에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 친수구역 조성사업은 2014.1.23. 사업인정고시일 당시에 사업면적이 OOO가 추가로 편입되는 것으로 변경고시되었고, 사업시행자는 2015.12.31. 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득하지 못하게 되었으며, 이에 따라 쟁점토지의 양도에 대하여 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」 부칙 제63조의 적용요건을 충족하지 못하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도 OOO원을 적용하여야 한다고 보아 2019.7.3. 등에 청구인들에게 ＜별지3＞ 기재와 같이 2016년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2019.9.26. 및 2019.10.31. 이의신청을 거쳐 2020.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 친수구역 조성사업에 대한 2015.12.31. 현재 사업시행자의 토지 취득비율을 산정할 때에는 다음의 제반 사항을 종합하여 국(공)유지 무상귀속을 포함한 본 지구만으로 산정하여야 하며, 이 경우 사업시행자의 토지 취득비율이 50% 이상이므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

(가) 사업시행자인 OOO는 본 지구 우측에 연접되어 있는 별도의 공원·녹지 조성사업을 행정의 효율성과 편의성을 높이기 위하여 친수구역 조성사업에 편입하였다고 확인하고 있으며, 명목상 친수구역 조성사업에 해당하지만, 실질직으로는 별도의 공원·녹지 조성사업을 진행한 것이다.

본 지구의 면적은 OOO 본 지구 면적만으로도 충분히 친수구역 조성사업이 가능한 상황이었고, 추가편입지역의 면적은 OOO 본 지구 면적의 약 OOO 정도의 소규모로, 이를 편입할 필요가 없었다. 즉, 본 지구 입장에서는 편입계획 자체가 없었으나, 추가편입지역 입장에서만 편입이 필요하였던 것일 뿐이다. OOO는 본 지구에 연접되어 있는 도로부지가 용도 폐지되어 대체용도인 공원·녹지로 조성하여야 하고, 행정 효율성과 편의성을 높이기 위하여 친수구역 조성사업에 추가 편입한 것에 불과하며, 행정상의 편입 방법으로 추가편입지역에 대한 사업인정고시 및 실시계획인가고시를 본 지구의 변경고시(2015.11.17.)를 통하여 한 것에 불과할 뿐이며, 원래부터 별도 사업이었다.

실질적으로는 별도의 공원·녹지 조성사업이었기 때문에 본 지구와 추가편입지역은 실시계획 인가고시일(2015.11.17.)만 동일할 뿐이며, OOO도 보상절차 등에 있어서 별개의 사업으로 진행하였다. 본 지구는 토지보상에 관한 관련법상의 통상적인 절차(주민공청회 등의 사전 절차 → 사업인정고시 및 보상업무 진행 → 실시계획인가고시)로 진행이 되었으나, 추가편입지역은 반대의 절차OOO로 진행되었으며, 주민공청회 등의 사전 절차도 진행되지 않았던 점 등의 사실로 보면, 본 지구와 추가편입지역은 별도의 사업이었다.

한편 추가편입지역은 본 지구와 같이 실시계획인가고시를 2015.11.17.에 함께 하였기 때문에 명목상으로는 동일명칭의 친수구역 조성사업이지만, 추가편입지역은 본 지구와는 달리 2015.12.31. 이전에는 애초부터 취득이 불가능하였다는 점에서 큰 차이점이 있다. 이와 같이 별도의 공원·녹지 조성사업을 명목상 편입한 것에 불과하고, 실질상 실시계획인가고시만 동일할 뿐, 실질적으로는 별도의 공원·녹지 조성사업을 진행한 것일 뿐만 아니라 2015.12.31. 현재 당초부터 취득이 불가능했던 추가편입지역을 본 지구의 토지 취득비율과 연관시키거나 본 지구와 동일한 사업으로 취급할 하등의 이유가 없다.

(나) 처분청도 청구인들에게 토지 취득비율이OOO 이상이라는 안내(확인)를 한 사실이 있고, 청구인들이 처분청의 안내(확인)에 따라 양도소득세 예정신고·납부를 하였으며, 신고서를 접수한 처분청이 토지 취득비율이 OOO 이상인 사실을 검증(확인)하고 과세자료를 처리․결정한 사실이 있다.

1) 청구인들은 수용개시일인 2016.5.17.(OOO소재)과 2016.7.19.(OOO)로부터 2개월 이내인 2016년 5〜9월경에 양도소득세 예정신고·납부를 하여야 하였고, 처분청에 문의를 하였을 때 처분청은 토지 취득비율이 50% 이상이므로 OOO원의 양도소득세 감면한도액이 적용된다는 안내를 하였다. 이러한 처분청의 안내도 사업시행자인 OOO으로부터 토지 취득비율이 OOO 이상이라는 확인(안내)을 받은 후에 청구인들에게 안내를 하였을 것이다.

2) 양도소득세 사무처리규정(국세청훈령 제2042호, 2014.4.1.)에 따라 양도소득세 신고서의 접수, 과세자료의 수집, 과세자료의 관리 및 처리 과정을 거치도록 되어 있는바, 처분청은 청구인들의 2016년도 양도소득세 예정신고서를 접수한 후에 처분청이 친수구역 조성사업의 보상 자료에 대한 광범위한 자료를 수집한 사실이 확인된다. OOO 조성사업의 토지 취득비율 산정 관련 보상 자료는 OOO만이 가지고 있다는 것은 누구나 알고 있는 사실이며, 이는 2019년 6월경 OOO에게 보상비율의 확인을 요청한 공문(2019.6.17.)과 이에 대해 OOO가 OOO지방국세청에 보낸 회신 공문(2019.6.18.)으로도 알 수 있다.

청구인들의 2016년 양도소득세 예정신고서를 처리할 당시에 처분청이 사업시행자인 OOO로부터 토지 보상 자료(원시 데이터)를 제공받아 분석한 후에 산정한 토지 취득비율을 사업시행자인 OOO에게 검증을 요청한 사실이 있다. 이 사실은 OOO로부터 이 건 심판대리인이 확인한 내용이며, 처분청은 이 자료를 근거로 청구인들의 양도소득세를 결정하였기 때문에 당시에는 경정·고지를 하지 않았던 것이다.

2016․2017년경에 처분청이 검증(확인) 요청한 토지 취득비율은 세무법인 OOO OOO의 공문에 표기되어 있는 시행자 취득 토지면적 비율 OOO와 동일할 것이라고 생각되며, OOO지방국세청이 2019년에 확인하였던 2015.12.31. 기준 보상비율에 있는 OOO와는 약간의 차이가 있지만, OOO를 초과하고 있다. 즉 처분청도 2016․2017년경에는 사업시행자인 OOO와 같이 국(공)유지(무상귀속 포함)를 포함한 본 지구만으로 산정하였던 것이다.

3) 청구인들은 처분청의 2016․2017년도의 토지 취득비율에 대한 처리결과를 확인하기 위하여 OOO지방국세청(처분청 포함)에 정보공개청구를 하였고, 해당 정보가 공개되면 당초 처분청이 토지 취득비율에 대해 50% 이상이라고 결정하였던 사실을 확인할 수가 있을 것이다. 결국 이 건 처분은 처분청의 2016․2017년도의 토지 취득비율에 대한 결정(해석)과 2019년의 토지 취득비율에 대한 결정(해석)이 정반대로 뒤바뀌면서 파생된 결과이다.

(다) 사업인정 고시된 사업별(즉 토지 등 수용권한이 부여된 사업)로 토지 취득비율을 산정하되, 무상귀속 국(공)유지의 취득일은 사용가능일이 실시계획인가고시일인 2015.11.17.이므로 국(공)유지를 포함한 면적으로 산정하여야 한다.

사업시행자인 OOO는 사업인정 고시된 사업별(즉 토지 등 수용권한이 부여된 사업)로 각각 다른 보상절차를 통하여 손실 보상을 하였으며, 사업인정 고시된 사업별로 토지 취득비율을 산정하여 본 지구의 토지 취득비율이 OOO 이상이라고 확인을 하고 있다. 주요 쟁점은 사업시행자의 토지 취득비율인데, 사업시행자인 OOO는 “「친수구역 활용에 관한 특별법」및「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 사업인정 고시된 사업별(즉 토지 등 수용권한이 부여된 사업)로 손실보상을 시행하였음”이라고 확인하고 있다.

OOO는 토지보상업무에 전문성을 가진 공공기관이고, 친수구역 조성사업의 사업시행자로서 토지 취득비율이 OOO 이상이라고 산정하였고, 이 사실을 청구인들, 세무대리인들 및 처분청(합리적 확신)에게 제공하였으며, 이 토지 취득비율은 본 지구로만 산정한 것이며, 사업인정고시가 다른 추가편입지역은 포함하지 않은 비율이다. OOO가 친수구역 조성사업의 추진 상황에 대하여 대외적인 언론 홍보를 할 때에도 사업인정 고시된 사업별(즉 토지 등 수용권한이 부여된 사업)로 토지 취득비율을 산정하였음을 확인할 수 있다.

청구인 OOO의 질의에 대한 OOO의 민원회신(답변)의 붙임서류로 본 지구에 대한 사업인정고시인 2014.1.23. 고시 관보만을 첨부하였고, 추가편입지역에 대한 사업인정고시인 2015.11.17. 변경고시는 전혀 고려하지 않았으나, 양도소득세 과세권은 처분청에게 있기 때문에 사업시행자인 OOO는 토지 취득비율에 대한 공식 입장 표명을 꺼리고 있고, 본 지구와 추가편입지역이 별도로 사업인정고시가 되었으며, OOO도 별도의 사업으로 취급하고 손실보상을 시행하였다는 사실관계만을 적시하고 있다. 이러한 OOO의 입장은 청구인들이 OOO에 제기한 정보공개청구의 부분공개 결정에서 보는 바와 같이 일부만 공개하고, 기타의 다른 토지 취득비율 자료는 비공개 결정을 한 사실, 정보부존재 결정에서 보는 바와 같이 2015.12.31. 현재 보상비율(취득비율) 관련 공식 보고자료 공개 요청에 대하여 공식 보고 자료가 없다는 정보부존재 결정을 한 사실 및 청구인 OOO의 질의에 대한 민원회신(답변)에서 토지 취득비율에 대하여는 법률적 근거 없이 확인서 등 발급이 불가능하다고 답변한 사실로 확인할 수가 있다.

(라) 이 건 처분은 법적 안정성 및 예측가능성을 해치는 처분일 뿐만 아니라, 수용재결 보상자(청구인들)의 재산권 행사를 부당하게 침해하는 결과를 야기하므로 입법 취지 및 입법 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하여야 한다.

1) 처분청의 이 건 처분은 본 지구의 토지 취득비율을 본 지구로만 산정하여 OOO 이상이라고 결정을 한 후 약 3년이 경과한 뒤에, 본 지구를 소유한 청구인들과는 전혀 관계가 없을 뿐만 아니라, 보상절차가 진행되지도 않아 OOO가 2015.12.31. 현재 취득이 불가능하였던 추가편입지역의 토지를 추가한 후 토지 취득비율을 재산정하여 OOO 미만이라고 결정을 하여 기존 결정을 번복한 것으로 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치는 처분이다.

이 건 처분은 협의를 통하여 보상금을 수령한 자(2015년 양도)와 협의를 거부하고 수용재결에 의하여 보상금을 수령한 자(2016년 양도)의 연간 감면한도액에서 차이가 발생한다. 단지 수용재결 보상자(청구인들)가 재산권을 보호하기 위하여 헌법과 법률에 보장된 권리를 행사한 사실로 인하여 연간 양도소득세 감면한도액이 OOO원으로 축소되는 부당한 차별 대우를 받게 되었다.

2) 「조세특례제한법」을 개정할 당시에 경과규정을 둔 입법취지는 사업지역 내 자경농지 양도와 관련하여 양도소득세 감면한도 축소로 사업이 지연될 것을 우려하여 사업인정고시가 된 사업지역 내에서 농민들의 농지 양도를 활성화하고 사업시행자의 토지 취득을 지원하여 공익사업의 원활한 진행을 보장하기 위한 것이다. 부칙의 경과규정으로 지원하려고 한 사업지역은 2015.12.31. 현재 토지 보상이 진행 중인 사업지역이었으나, 추가편입지역은 보상이 시작되지도 않아 사업시행자가 토지를 취득하는 것이 불가능하였고, 추가편입지역은 본 지구 소유자인 청구인들과 전혀 관련이 없는 토지임에도 불구하고, 추가편입지역의 토지를 본 지구에 합하여 토지 취득비율을 재산정(변경)하는 것은 입법취지나 입법목적에도 부합하지 않을 뿐만 아니라 본 지구의 소유자인 청구인들의 재산권 행사를 침해하는 위법한 것이다.

(마) 본 지구 이외에 추가편입지역이 있는 경우 토지 취득비율을 산정하는 합목적적 해석(방법)은 OOO과 같다.

이와 같은 해석방법은 법적 안정성과 예측가능성을 해치지 않고, 과세의 형평성에 위배되지 않도록 입법 취지 및 입법 목적을 고려한 합목적적 방법(해석)이며, 사업시행자인 OOO가 본 지구의 토지 취득비율을 산정할 때 적용한 방법이다.

또한 국세청 사전법령해석(법령해석재산-125, 2016.8.16.)의 사실관계는 추가편입지역에 대하여 2015년과 2016년에 나누어 보상이 진행되었던 것임에 반하여, 이 건의 추가편입지역은 2015년도에는 보상 자체를 할 수가 없었다는 사실관계에서도 큰 차이가 있으므로 이 사건에는 적용할 수가 없다.

(바) 국(공)유지를 포함하여 토지 취득비율을 산정하여야 하며, 무상귀속 국(공)유지는 2015.11.17. 실시계획인가고시를 통하여 OOO가 실질적인 소유권을 취득한 것이다.

사업시행자인 OOO는 국(공)유지를 포함하여 2015.12.31. 현재 토지 취득비율을 산정하였고, 무상귀속 국(공)유지는 취득한 것으로 보고 있으며, 처분청도 2016년 귀속 양도소득세 예정신고·납부 과세자료 처리 결정시 국(공)유지를 포함하였다.

「조세특례제한법」과 같은 법 시행령 부칙에 “전체 사업지역”이라 명기가 되어 있는바, 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 국(공)유지를 사유지와 구분하거나 제외할 이유나 근거의 제시가 없어 국(공)유지를 포함하여야 한다(조심 2018부607, 2018.5.10., 같은 뜻임).

한편 이 건 무상귀속 국(공)유지 OOO의 경우 2015.11.17.에 실시계획 인가고시 및 승인이 이루어졌으므로 법률에 따라 실시계획인가 전에 국(공)유지 무상귀속협의를 거친 경우 사실상 사용수익이 가능하므로 실시계획인가고시일(2015.11.17.)에 OOO가 무상취득(무상귀속)한 것으로 보아야 한다. 다만 형식상의 소유권 이전등기는 「친수구역 활용에 관한 특별법」제20조와 제24조에 따라 사업이 완료되고 준공검사증이 교부된 이후에 이루어졌다.

(2) 토지 취득비율에 대한 청구인들의 해석이 최종적으로 잘못된 해석으로 확정(결정)된다고 하더라도 청구인들에게 귀책사유가 있다고 볼 수 없는 정당한 사유가 있으므로 부과된 가산세를 취소하여야 한다.

(가) 이 사건의 경우, 법령의 부지·착오 등을 넘어 세법해석에 의의(疑意)가 있는 경우에 해당하는 정당한 사유를 요약·정리하면 다음과 같다.

1) 토지 취득비율 산정시 국(공)유지를 제외하여야 하는지 여부 및 추가편입지역을 포함하여야 하는지 여부에 대한 이 건 쟁점(논란) 자체가 세법해석에 의의(疑意)가 있음을 확인하고 있다.

2) 처분청의 2016년 양도소득세 예정신고·납부에 대한 과세자료 처리 결정(해석)과 2019년 이 건 처분(해석)은 정반대의 해석을 함으로서 처분청조차 3년의 시간차를 두고 해석을 변경하였다는 사실이 세법 해석에 의의(疑意)가 있다는 것을 확인하는 것이다.

(나) 이 건의 경우 사회통념상 의무이행에 무리가 있거나 기타 부득이한 사유가 있는 경우에 해당하는 정당한 사유를 요약·정리하면 다음과 같다.

1) 청구인들은 2개월 이내에 양도소득세 예정신고납부를 하여야 할 의무가 있었고, ① 토지 취득비율 자료는 사업시행자인 OOO만이 보유하고 있는 상황에서 토지 취득비율이OOO 이상이라는 안내(확인)를 한 사실이 있으며, ② 처분청도 토지 취득비율이 OOO 이상이라는 안내를 한 사실이 있고, ③ 청구인들이 세무전문가인 세무대리인들에게 의뢰하여 양도소득세 예정신고납부를 하였으며, ④ 세무대리인들도 OOO로부터 토지 취득비율을 확인한 후에 신고를 대리한 사실을 고려하면, 청구인들과 세무대리인들이 납세의무의 성실한 이행을 다하였다고 할 것이므로 청구인들과 세무대리인들에게는 귀책사유가 없다고 할 것이다.

2) 청구인 OOO의 질의서 및 OOO의 민원회신(답변)에서 보는 바와 같이 OOO가 양도소득세 예정신고·납부 당시 청구인 OOO에게 토지 취득비율에 대하여 법률적 근거 없이 확인서 등 발급이 불가능하다며, 토지 취득비율을 공식 확인하기를 거부한 사실이 있고, ② OOO의 정보부존재 결정에서 보는 바와 같이 현재까지도 2015.12.31. 현재 보상비율(취득비율)에 대한 정보공개를 거부하고 있다. 이와 같이 사업시행자인 OOO가 토지 취득비율 공개를 거부하고 있는 상황에서 청구인들이 토지 취득비율을 잘못 적용하였다고 책임을 부담시키는 것은 부당하다.

3) 사업시행자가 납세자에게 제공하는 거의 유일한 공식 서류인 토지 등 수용사실확인서(조세특례제한법 별지 제54호 서식 부표)에 토지 취득비율을 제공하도록 되어 있지 않은 점, ② 청구인들이 예정신고기한인 2개월 이내에 토지 취득비율을 산정하는 것이 사실상 불가능한 점, ③「조세특례제한법」개정 당시 사업시행자의 토지 취득비율 산정과 안내방식에 대한 규정과 절차가 마련되지 않은 점 등을 고려하면, 이는 입법 미비(입법 오류)에 해당한다고 보아야 할 것인바, 이러한 입법 미비(입법 오류)에 대한 책임을 청구인들에게 부담시키는 것은 부당하다.

(다) 이 건의 경우 과세관청인 처분청이 태도를 변경한 경우에 해당하는 정당한 사유를 요약·정리하면 다음과 같다.

처분청이 청구인들에게 토지 취득비율이 OOO 이상이라고 2016년 양도소득세 신고 전에 안내를 하였고, 2016년 양도소득세 예정신고서를 접수한 후 과세자료 처리과정에서 토지 취득비율을OOO 이상이라고 결정하였음에도 불구하고, 약 3년이 경과한 2019년도에 국세청의 지시(지적)사항을 계기로 하여 처분청이 토지 취득비율이 OOO 미만이라고 결정을 번복한 것은 처분청이 토지 취득비율에 대한 해석 태도를 변경한 것에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 친수구역 조성사업의 시행자가 2015.12.31. 현재 취득한 토지의 면적비율은 OOO로 전체사업지역 면적의 2분의1 미만이므로 청구인들의 8년 자경 감면한도 1억원에 해당하여 당초 과세처분은 적법하다.

(가) 2015.12.15. 대통령령 제13560호로 개정된 「조세특례제한법」제133조 제1항에 따라 2016.1.1. 이후 양도분에 대해서는 자경농지에 대한 양도소득세 감면은 과세기간별 1억원 한도이고, 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된「조세특례제한법 시행령」부칙 제39조에 따라 공익사업의 시행자가 2015년 12월 31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역의 경우에는 종전의 규정에 따라 감면한도 OOO원을 적용받을 수 있다.

동 규정에 따라 사업시행자가 2015.12.31. 현재 전체사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 경우에 종전대로 감면한도 OOO원을 적용할 수 있으나, 이 건 친수구역 조성사업 사업시행자인OOO는 사업지역의 수용면적 비율이 아래 ＜표1＞과 같이 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득하지 못하였다.

＜표1＞ 친수구역사업 보상비율(2015.12.31. 현재)

(나) 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 합리적인 이유없이 유추·확장해석을 해서는 아니되는 것으로, 명문규정으로 볼 때, 사업시행자가 취득한 면적비율은 국(공)유지를 제외하고 사업인정 변경고시로 변경된 고시면적을 포함하여야 한다.

(2) 청구인들은 세법해석의 의의(疑意), 사회통념상 의무이행에 무리가 있고, 과세관청의 태도 변경으로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 해당과세기간의 감면한도에 대한 세법의 개정이 있었고 사업시행면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역에 한한다는 명문규정이 있음이 확인되고, 쟁점토지가 포함된 사업지역의 2015.12.31. 기준 사업시행자의 토지 취득비율이 2분의 1에 미달한 상태로, 청구인들이 국세청에 질의없이 사업시행자, 세무대리인 의견 등을 토대로 보상비율이OOO 초과할 것이라는 판단하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 OOO원 한도로 보아 양도소득세 신고한 것은 법령의 무지나 오인에 해당하는 것으로 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하지 않는다.

또한 청구인이 세무공무원의 잘못된 안내를 믿고 그에 따라 신고·납부를 이행하였더라도 이는 처분청의 공식적인 견해표명이 아니고, 신고내용의 정확성 여부에 대한 확인 책임은 청구인들에게 있으므로 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 2016년 양도한 쟁점토지에 대하여 2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 「조세특례제한법」 부칙 제63조 및 2016.2.5. 대통령령 제26959호 「조세특례제한법」부칙 제39조에 따라 종전의 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도 2억원을 적용할 수 있는지 여부

② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부 개정된 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

나. 5개 과세기간의 제70조, 제77조(100분의 10 및 100분의 15의 감면율을 적용받는 경우로 한정한다) 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

다. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

부칙 제63조(자경농지에 대한 양도소득세 감면한도에 대한 경과조치) 법 제69조에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 경우로서 이 법 시행 전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제22조에 따라 사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 제133조 제1항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부 개정된 것)

부칙 제39조(자경농지에 대한 양도소득세 연간 감면한도가 적용되는 사업지역의 범위) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부 개정 법률 부칙 제63조에서 “대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역”이란 해당 공익사업의 시행자가 2015년 12월 31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 친수구역 조성사업의 보상진행내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 친수구역 조성사업 진행내역

(나) 친수구역 조성사업의 사업시행자의 2015.12.31. 현재 토지취득현황은 앞 ＜표1＞과 같다.

(다) 처분청은 친수구역 조성사업과 관련하여 사업시행자인 OOO이 2015.12.31. 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득하지 못한 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 2억원이 아닌 1억원을 적용하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 청구인들이 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구인들의 확인서 등에는 ‘처분청 민원실 및 재산세과 직원으로부터 토지 취득비율이 50% 이상으로 감면한도가 2억원이라고 안내를 받았다거나 OOO 직원으로부터 토지 취득비율이 50% 이상이라고 안내받았다’는 내용 등이 나타난다.

(나) 세무사 OOO의 확인서에는 ‘OOO으로부터「조세특례제한법」개정에 대한 설명과 함께 보상비율(취득비율)이 50%를 초과한다는 답변을 받았다’는 내용이 나타난다.

(다) 청구인들이 과세관청과 수발신한 문서 및 내용에 대하여 정보공개 청구하였고, OOO는 친수구역 조성사업 보상과 관련하여 과세관청과 수발신한 문서는 비공개하고 나머지 문서(OOO지방국세청 개인납세2과-562, 2019.6.17., OOO 보상팀-1307, 2019.6.18.)에 대하여는 공개하였는바, 과세관청이 OOO에 보낸 문서(OOO지방국세청 개인납세2과-562, 2019.6.17.)에는 과세관청이 확인한 보상비율OOO에 대한 확인요청을 하였고, OOO가 과세관청에 회신한 문서(보상팀-1307, 2019.6.18.)에는 ‘본지구와 추가편입지역으로 각각 사업인정 고시하고, 법률에 따라 각각 손실보상협의 및 수용 취득한 손실보상자료와 귀청에서 확인한 보상비율이 상이함이 없다’는 내용으로 회신한 것으로 나타난다.

(라) 청구인 OOO의 질의에 대한 OOO의 답변(보상팀-1834, 2016.6.10.)에는 ‘사업지역 토지를 2015.12.31. 현재 전체 사업지역 면적의 1/2 이상의 토지를 취득하였는지 여부는「조세특례제한법」(대통령령 제26959호)에 대한 사항은 주소지 관할세무서에서 검토할 사항으로 판단된다. 그 동안 각종 개발사업지역에 대해 기간별, 연도별 토지 취득율 또는 별도의 통계표 작성 등을 하지 않아 법률적 근거없이 확인서 등 발급이 불가하다’는 내용이 나타난다.

(마) OOO가 청구인들에게 보낸 ‘OOO 조성사업 보상 등 관련 사실 확인 요청건에 대한 회신’ 문서(도시개발과-1806, 2020.9.7.)에는 ‘2014.1.23. 최초 사업인정 고시된 면적의 협의보상은 2015.7.9. 이후부터 진행하였고, 2015.11.17. 추가 편입된 면적의 사업인정 고시된 면적의 협의보상은 2016.8.11. 이후부터 별개로 진행하였음에 따라「조세특례제한법 시행령」부칙 제39조(2016.2.5. 대통령령 제26959호)에 따른 사업시행자의 토지 취득비율 산정시 본 지구면적에 추가편입지역 면적을 포함하는 것은 타당하지 않은 것으로 사료되나 해당 법령의 정확한 해석과 적용여부 등은 해당 법률을 제정․운용하고 있는 정부 관련부처의 판단이 필요함을 알려드린다’는 내용이 나타난다.

(바) OOO가 청구인들에게 보낸 ‘OOO친수구역 조성사업 보상(양도) 등 관련 사실 확인 요청에 대한 회신’ 문서(도시개발팀-2278, 2020.9.3.)에는 ‘2015.7.9. 손실보상 협의요청 및 협의 보상시점에 본 사업구역의 추가편입계획은 국토교통부로부터 승인되지 않은 상황이며, 토지소유자는 추가 편입된 토지 및 지장물 등에 대해 손실보상 협의를 요청한 2016.8.11. 이전에는 협의보상 금액을 전혀 알 수 없는 상황이었다.’는 내용이 나타난다.

(3) 우리 원에서 위 ＜표1＞의 명세를 작성하였던 과세관청 담당자에게 유선확인한바, 친수구역 조성사업의 사업시행자는 물건지 및 공유자별로 취득여부만을 관리하고 있어 과세관청에서 별도로 전산작업을 하여 전체 사업면적 대비 사업시행자의 토지취득비율을 산정하였다고 답변하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부 개정된 부칙 제39조의 “전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역”을 적용함에 있어서 국공유지를 포함하되, 이를 사업시행자가 2015.12.31. 이전에 취득한 것으로 산정하되, 추가편입지역을 제외하는 것으로 하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도 2억원을 적용하여야 한다고 주장하나, 전체 사업면적에서 국공유지를 제외할 경우에는 친수구역 조성사업의 사업시행자가 2015.12.31. 현재 사업면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득하지 못하는 점, 국공유지를 전체 사업면적에 포함하더라도 2015.12.31. 이전에는 사업시행자가 국공유지를 사용수익만 할 뿐 소유권이전이 되지 아니하여 이를 취득한 사업면적에서 제외하면 사업시행자가 2015.12.31. 현재 사업면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득하지 못하는 점, 국공유지를 전체 사업면적에 포함하고 사업시행자가 무상취득하는 국공유지를 2015.12.31. 이전에 취득한 것으로 보더라도 친수구역 조성사업이 2015.11.17. 변경고시되어 추가편입지역이 포함되었고, 추가편입지역을 전체 사업면적에 포함할 경우에는 사업시행자가 전체 사업면적에 2분의 1 이상을 취득하지 못하는 점 등에 비추어 사업시행자가 위 시행령 부칙의 요건을 충족하지 못한 것으로 보이므로 청구인들의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 추가편입지역에 대한 보상은 본 지구와 달리 별도로 2016년에 시작하였고, 이에 따라 OOO 사장은 전제 사업지역에 추가편입지역을 제외하여야 한다는 취지의 의견을 제시한 점, 사업시행자도 별도로 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득하였는지 여부를 알 수 있는 자료를 관리하고 있지 아니한 것으로 보이는 점, 청구인들이 양도소득세 신고를 위하여 사업시행자 또는 관할세무서장에게 사업시행자의 토지 취득비율에 대하여 질의를 한 것으로 보이고, OOO 및 관할세무서의 직원 등은 사업시행자가 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상을 취득하였다고 구두로 확인한 것으로 보이는 점, 이에 따라 청구인들은 사업시행자가 전체 사업면적의 2분의 1 이상을 취득하였다고 판단할 수 밖에 없다고 보이는 점, 과세관청도 청구인들의 당초 신고에 대하여 시인결정을 하였다가 사업시행자로부터 사업시행지역의 토지취득 현황자료를 받고, 별도의 전산작업을 통하여 사업시행자가 전체 사업면적의 2분의 1 이상을 취득하였는지 여부를 확인한 후에 지연된 경정결정을 한 점 등에 비추어 청구인들이 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도 1억원을 적용하여 정상적으로 세법상의 신고․납부의무를 이행하는 것이 무리여서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보이므로 처분청이 이 건 양도소득세 신고불성실 또는 납부불성실 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.