2.소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2004.7.26.별지 세금계산서 내역표 기재와 같이 주식회사 ◇◇디(이하'◇◇디'라고만 한다)로부터 발행받은 공급가액 합계 3,015,535,000원 상당의 매입세금계산서 8장을 기초로 매입세액을 공제하여 2004년 1기분 부가가치세를 신고하였다.

나. 피고는 2004.8.경 위 신고와 관련한 부가가치세 환급 현지확인조사 과정에서 원고가 ◇◇디로부터 공급받은 품목 중 일부 품목(U.V., 옵셋인쇄기, 톰슨기)이 반품된 것으로 확인하고, 위 품목과 관련된 같은 표 기재 순번 2번 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하고 나머지 공급가액 합계 2,215,535,000원 상당의 매입세금계산서 7장(이하'이 사건 세금계산서'라고 한다)에 따른 매입세액을 공제하였다.

다. 피고는 2008.4.부터 같은 해 11.사이에 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2004년 2기분 부가가치세 과세기간에 ◇◇디로부터 공급가액 428,363,636원 상당의 기계장치만을 공급받았음에도 2004년 1기분 부가가치세 과세기간에 공급가액 2,215,535,000원 상당의 이 사건 세금계산서를 수취하였던 것으로 확인하였다.

라. 이에 피고는, 2004년 1기분 부가가치세 과세기간에 대가가 지급된 세금계산서(공급가액 289,572,000원, 별지 세금계산서 내역표 중 순번 4,5번 참조)는 매입세액 공제가능한 선발행세금계산서에 해당하지만, 나머지 세금계산서(공급가액 1,925,963,000원)는 실물거래가 없는 가공세금계산서(공급가액 1,787,173,000원)이거나 공급시기가 사실과 다른 세금계산서(공급가액 138,790,000원)에 해당한다고 판단하여 이와 관련된 매입세액을 불공제하는 한편 가공자산에 대응하는 감가상각비를 부인하여, 2009.3.5.원고에게 2004년 제1기 부가가치세 326,970,730원과 2004사업연도 분 법인세 85,461,040원, 2005사업연도 분 법인세 102,051,480원을 경정・고지하였다.

마. 이에 원고는 2009.5.4.조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 같은 해 12.23.원고가 ◇◇디로부터 공급받은 기계장치의 공급가액은 650,000,000원으로 보아야 한다는 이유로, '피고가 한 당초의 부과처분은 원고가 ◇◇디로부터 공급받은 기계장치의 공급가액을 650,000,000원으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다'라는 결정을 하였다.

바. 이에 피고는 당초의 처분을 2004년 제1기분 부가가치세 326,970,730원과 2004사업연도 분 법인세 73,176,387원, 2005사업연도 분 법인세 83,187,080원의 각 부과처분으로 변경하였다(이하 위와 같이 변경된 처분을 '이 사건 처분'이라고 한다)

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1,2호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고와 ◇◇디 사이의 매매계약서, 2004.8.경 피고가 한 부가가치세 환급 현지확인조사 결과 등에 비추어 볼 때 원고는 2004년 1기분 부가가치세 과세기간 내에 ◇◇디로부터 25억 원 상당의 기계류 등을 매수하여 인도받았고, 그 대금은 원고의 ◇◇디의 경영주 김AA에 대한 대여금채권으로 상계하는 등의 방법으로 모두 지급하였다.

따라서, 이 사건 세금계산서는 공급가액과 공급시기가 실물거래와 일치하므로, 원고가 이를 근거로 부가가치세 매입세액을 공제받은 것은 정당한 데도 불구하고, 피고는 이 사건 세금계산서를 실물거래가 없는 가공세금계산서이거나 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보고 부가가치세와 법인세를 각 부과하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 인정사실

1)원고는 2004.3.경 주식회사 ◇◇디(이하'◇◇디'라고만 한다)와 사이에 이 회사로부터 PP 포장재 제조에 사용하는 설비 및 위 제조와 관련된 기술, 권리 등을 포괄적으로 양수하는 내용의 약정을 체결하였다.

2)원고는 2004.7.22.◇◇디의 대표이사였던 신BB과 사이에 다음과 같은 약정을 하였다.

3)원고는 2004.8.초순경 피고의 부가가치세 환급 현지조사를 받던 중 소명자료로 제출하기 위하여 ◇◇디와 사이에 공급가액 16억 원 상당의 기계류에 대한 물품매매계약서를 2004.3.10.자로 소급하여 작성하였고, 공급가액 9억 원 상당의 특허권(상표권)에 대한 매매계약서를 2004.4.26.자로 소급하여 작성하였다.

또한, 원고는 2004.8.16.◇◇디와 사이에 위 2004.3.10.자 물품매매계약서상의 매매목적물 중 U.V 옵셋 인쇄기와 톰슨기, 공급가액 합계 8억 원을 매매목적물에서 제외하여 기계장치에 관하여는 공급가액을 16억 원에서 8억 원으로 수정하는 물품매매계약서를 작성하였다.

4)한편, 원고는 2004.7.31.부터 2004.8.31.까지 사이에 ◇◇디로부터 아래 표의 기계장치(공급가액 6억 5천만 원 상당)를 인도받았는데, 이에 앞서 2004.3.12.부터 같은 해 6.14.사이에 ◇◇디에게 기계장치의 매매대금으로 318,530,000원을 미리 지급하였다.

5)원고는 신BB과 사이에 2005.4.4.경 다음과 같은 내용의 합의를 하였다.

6)신BB은 약정 당일인 2005.4.4.위 약정에 따라 신BB 소유 명의의 특허 제0000호, ◇◇디 소유 명의의 특허 제0000호의 등록명의를 원고에게 이전하여 주었고, 원고는 신BB이 지정한 문CC에게 2005.6.7.1,000만 원을 지급한 것을 비롯하여 2008.1.18.당시까지 2억 원을 모두 지급하였다.

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제3,4호증,을 제8내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

앞서 본 바와 같이 원고는 ◇◇디와 사이에 기계장치 등에 관한 매매계약을 체결한 다음, 2004.7.31.부터 2004.8.1.까지 사이에 ◇◇디로부터 공급가액 6억 5천만 원 상당의 기계장치를 인도받았고, 그 인도에 앞서 2004.3.12.부터 같은 해 6.14.사이에 ◇◇디에게 기계장치의 매매대금으로 318,530,000원(공급가액 289,572,000원 + 세액 28,958,000원)을 미리 지급한 사실을 인정할 수 있으므로, 피고가 기계장치의 공급가액을 650,000,000원으로 보고 2004년 1기분 부가가치세 과세기간에 대가가 지급된 공급가액 289,572,000원 상당의 세금계산서에 따른 매입세액만을 위 기간의 부가가치세 매출세액에서 공제하고, 나머지 세금계산서에 따른 매입세액을 가공거래 또는 공급시기가 다른 세금계산서에 따른 것이라 하여 불공제하며, 가공자산에 대응하는 2004, 2005사업연도분의 감가상각비를 부인하여 한 이 사건 처분에 무슨 잘못이 있다고 할 수 없다{앞서 본 바와 같이 원고와 ◇◇디와 사이에 작성된 2004.3.10.자 물품매매계약서, 2004.4.26.자 특허권(상표권)매매계약서, 2004.8.16.자 수정물품매매계약서는 모두 원고가 부가가치세 환급 현지조사를 받던 중 피고에게 소명자료로 제출하기 위하여 실제 거래 내용과는 다르게 임의로 소급하여 작성한 것으로 보이는 점, 피고의 부가가치세 환급 현지조사결과는 위와 같은 경위로 작성된 자료 등을 기초로 한 것인 점 등에 비추어 보면, 위 각 매매계약서 및 부가가치세 환급 현지조사결과는 믿기 어려우며, 달리 원고가 2004년 1기분 부가가치세 과세기간에 ◇◇디로부터 25억 원 상당의 물품을 공급받았다는 점을 인정할 만한 아무런 자료가 없다}.

3.결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.