가. 청구인은 2011.8.9. OOO에서 업무시설, 다세대주택 건설업으로 사업자등록을 한 사업자로, 같은 지번에서 2012.6.1. 지상 9층 건물(2∼6층 주거용 오피스텔 15호 및 7∼9층 다세대주택 9세대)을 신축(사용승인)하여, 2013.1.1.부터 2013.6.30.까지 위 건물의 주거용 오피스텔 중 403호, 601호, 301호, 203호, 401호(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)를 분양한 후,

쟁점오피스텔의 공급을 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호에 따른 부가가치세 면제대상으로 보아 2013년 제1기 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

나. 국세청장은 2018.4.9.부터 2018.4.26.까지 처분청에 대한 기관운영감사를 실시하여, 업무시설인 쟁점오피스텔을 양도하고 이에 대한 부가가치세를 신고하지 아니한 것은 잘못이라고 지적하였고,

처분청은 이에 따라 2018.7.19. 청구인에게 2013년 제1기 부가가치세 OOO(무신고가산세 OOO납부불성실가산세 OOO포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부개정된 것) 제106조 제1항 제4호는 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역 공급에 대하여 부가가치세를 면제한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제106조 제4항 제1호는 부가가치세 면세 대상인 주택에 대하여 “제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택”이라고 규정하고 있어 일정 규모 이하의 주택이기만 하면 부가가치세 면제대상으로 하고 있으며, 대법원에서도 건축물의 용도를 다세대주택으로 하여 건축허가 및 사용승인을 받았고, 건축물대장에 다세대주택으로 등재되었다 하더라도 실질용도는 처음부터 펜션이라 할 것이고, 펜션으로 사용되는 건물을 「주택법」에서 정한 주거용 건물이라 할 수 없으므로 부가가치세 면제대상인 국민주택으로 볼 수 없다(대법원 2010.9.9. 선고 2010두9037 판결, 같은 뜻임)고 판시하여 부가가치세 면제대상인지 여부는 실질 용도에 의한다고 해석하고 있다.

쟁점오피스텔은 2층부터 6층까지는 업무시설(오피스텔)로, 7층부터 9층까지는 주택으로 건축허가를 받기는 하였으나, 실질적으로는 모든 층수에 대하여 주거용으로 난방설비를 갖추고 같은 구조로 설계·건축되었고 실제로도 주거용으로 분양계약을 체결하였으며, 쟁점오피스텔을 공급하고 관련 매입세액을 공제받은 사실이 없는 등 쟁점오피스텔은 국민주택 규모 이하의 주택에 해당하므로, 이를 주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

(2) 청구인이 사업자등록을 신청할 때 처분청 담당공무원은 청구인에게 국민주택 규모 이하의 건설용역을 공급하는 사업자는 면세사업자라고 안내하였는바, 처분청에서 청구인이 면세사업자라는 공적인 견해를 표명하였음에도 이후 2017년에 예규를 변경하여 이미 표명했던 공적 견해에 반하여 쟁점오피스텔의 공급이 부가가치세 면제대상이 아니라 보아 이 건 부가가치세를 부과하였으므로, 이는 신의성실의 원칙을 위반한 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 부가가치세의 공급시기는 원칙적으로 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때이므로, 부가가치세의 납세의무는 재화의 공급시점에 결정되어야 하고 공급시기 이후 사용자의 사용현황에 따라 사후적으로 결정될 수 없는바, 쟁점오피스텔이 업무시설로 건축허가를 받고 사용승인을 받아 업무시설로 건축된 이상 수분양자가 이를 주택으로 사용하고 있는지 여부에 불구하고 부가가치세 납세의무를 판단함에 있어 업무시설로 보아야 하는 것이다.

(2) 과세관청에서는 업무용 오피스텔을 분양하여 주거용으로 사용하더라도 부가가치세 과세대상에 해당한다고 지속적으로 해석한 바 있고(국세청 법규부가-2012-201, 2012.5.23., 기획재정부 부가가치세과-563, 2014.9.24. 등), 사업자등록은 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보하려는 데 입법취지가 있는 것으로서 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로서 성립하는 것에 불과하지 처분청에서 적법하게 사업을 할 수 있게 하는 허가 또는 면허와 다른 것이므로, 처분청에서 청구인이 쟁점오피스텔 신축·분양과 관련하여 면세사업자 사업자등록신청서를 제출받았다 하여 이를 공적인 견해표명이라 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점오피스텔의 신축·분양이 부가가치세가 면제되는 국민주택의 공급에 해당하는지 여부

② 쟁점오피스텔을 공급하고 부가가치세를 신고·납부하지 아니한 데 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 2011.8.9. OOO에서 업무시설, 다세대주택 건설업으로 사업자등록을 한 사업자로,

같은 지번에서 2012.6.1. 지상 9층, 연면적 1,842.86㎡의 오피스텔 및 다세대주택 건물(2∼6층 주거용 오피스텔 15호 및 7∼9층 다세대주택 9세대)을 신축(사용승인)하여 2013.1.1.부터 2013.6.30.까지 다음 ＜표1＞과 같이 쟁점오피스텔을 분양하였으나, 이에 대한 부가가치세를 신고하지 아니하였다[2013년 귀속 종합소득세를 신고하면서 위 건물의 분양수입금액과 관련하여 업종을 주택신축판매(토지보유 5년 미만) 건설업(업종코드 451102 : 주거용건물건설업)으로 하고 수입금액을 OOO하여 사업장현황신고서를 제출하였음].

＜표1＞ 쟁점오피스텔 분양내역(청구인의 매출장, 분양계약서)

(단위 : ㎡, 원)

주) 분양가액을 토지 및 건물의 취득당시 기준시가로 안분하여 토지 및 건물의 매매가액을 산정{과세표준 = [매매가액 × 건물 / (토지 + 건물)]/1.1}

＜참고＞ 위 오피스텔 및 다세대주택 건물 현황