가. 청구법인은 1992.9.15. 일반대중음식점업 등을 목적사업으로 OOOOO OOO OOO 60-3을 본점소재지로 하여 설립한 법인(OOOO OOO)으로서 2005.3.14. 본점소재지를 OOOOO OOO OOO 101-41(OOOOOOOOOOOOO OOOO OOOO)로 이전하고, 같은 날 OOOOO OOOO OOOO 136-7, 8, 9를 주소지로 하여 OO지점을 설치등기하였으며, 2007.5.30. OOOOO OOOO OOOO 136-6 목조와즙 근린생활시설 건축물 36.36㎡(토지 80㎡를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 취득가액 750,000,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제131조 제1항 제3호 ⑵목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 15,000,000원, 지방교육세 3,000,000원, 합계 18,000,000원은 같은 날 신고 및 납부하였고, 같은 법 제112조 제1항 규정에 의하여 산출한 취득세 15,000,000원, 농어촌특별세 1,500,000원, 합계 16,500,000원은 2007.6.13. 납부하였으며, 2008.3.17. 본점소재지를 OOOOO OOOO OOOO 136-7, 8, 9로 이전한 다음 2008.3.20. 같은 동 136-6, 7, 8, 9로 다시 변경등기하였다.

나. 처분청은 청구법인이 대도시내 지점설치일부터 5년 이내에 부동산을 취득하여 등기한 것으로 보아 이 건 부동산의 취득가액 750,000,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제138조 제1항 규정을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고납부한 세액을 차감한 등록세 41,099,000원, 지방교육세 7,609,800원, 합계 48,658,800원(가산세 포함)을 2009.1.14. 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

⑴ 청구법인이임차하여 본점으로 사용하던 OOOOO OOO OOO OOOOOOOOOOOOOOOOOOO 101동 905호는 2005.3.27.임대차계약 해지와 함께 폐쇄하였고, 2005.4.28. OOOOOOOOOOOO에서 건물주 OOO로부터 임차하여 사용하고 있는 것이 명백하게 확인되고 있으며,

⑵본점이 폐쇄된 청구법인은 불가피하게 OO지점으로 등기한 OOOOO OOOO OOOO 136-7, 8, 9로 폐쇄한 본점을 이전하였고, OO지점 바로 옆에 있는 이 건 부동산을 취득하여 수리한 후 2007년 11월부터 청구법인의 본점 간판 및 전화를 설치하고 인적·물적시설을 이동하여 일부공간은 법인본점의 사무를 수행하고, 일부공간은 법인본점의 영업장으로 직접 사용하였으므로 OO지점에서 본점사무와 영업장으로 같이 사용하였다고 하더라도 2005.3.27. 이미 본점을 폐쇄하였으므로 이 건 부동산은 대법원판례(OOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO)에 의하여 등록세 중과세 대상이 되지 아니하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 및 서울특별시장 의견

⑴ 청구법인은 2005.3.9. 서양음식업, 호프, 노래방으로 사업자등록을 하여 개업하였고, 2005.3.14. 이 건 부동산을 OO지점으로 등기한 후 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사업이 행하여졌다 할 것이므로 이 건 부동산은 「지방세법 시행규칙」제55조의3에서 규정하고 있는 청구법인의 지점으로 사용하는 부동산에 해당된다 할 것이고,

⑵ 이 건 부동산을 지점등기한 2005년 3월부터 계속하여 본점으로 사용하였다고 인정할 만한 증거가 없을뿐 만아니라, 2008.4.15. 처분청 지방세 담당공무원(OOOO OO OOO O OO)이 이 건 부동산에 현지 출장시 이 건 부동산에서 근무중인 청구법인의 직원으로부터 청구법인의 본점은 OOO에 있고, 이 건 부동산에는 사무실이 존재하지 아니한다고 진술하고 있는 점, 이 건 부동산 취득에 따른 매매계약서의 주소지가 청구법인의 본점소재지로 되어 있고 본점사무실의 전화번호가 기재되어 있는 점, 청구법인 대표이사(OOO)의 명함에 기재되어 있는 주소, 전화번호 및 약도가 OOOO지점인 OOOOO OOO OOO 60-3으로 되어 있는 점 등으로 미루어 볼 때, 청구법인은 법인등기부상 본점소재지로 되어 있는 OOOOO OOO OOO OOOOOOOOOOOOOOOOOOO 101동 905호 또는OOOO지점인 OOOOO OOO OOO 60-3에서 사실상 청구법인의 본점업무를 수행한 것으로 보아야 할 것이므로 이 건 부동산을 청구법인의 본점으로 사용하였다고 주장하는 것은 받아들일 수 없으므로 이 건 등록세 등을 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

대도시내에서 설립한 법인이 지점설치일부터 5년 이내에 취득하여 등기한 부동산으로 보아 등록세를 중과세 한 것이 적법한지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것)

제138조 (대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(2) 구 지방세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)

제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 지방세법 시행규칙

제55조의2 (사무소 등) 영 제102조 제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는사업장"이라 함은「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」 또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

나. 사실관계 및 판단

「지방세법」제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 후 그 제3호에서대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제2항에서 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산”이라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, “그 설립·설치·전입이후의 부동산 등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, “지점 등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제55조의2에서 영 제102조 제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는사업장"이라 함은「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」 또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다.

⑴ 청구법인은 2005.3.9. OOOOO OOO OOO OOOOOO OOOOOOOOOOO 101동 905호를 본점 소재지로 있는 상태에서 OOOOO OOOO OOOO 136-7 외 2필지에 서양음식점업을 사업의 종류로 하는 사업자등록과 함께 2005.3.14. OO지점으로 등기한 후 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사업을 해오던 중 OO지점설치일부터 5년 이내인 2007.5.30. OO지점과 연접한 이 건 부동산을 취득하였으나2005.3.27.본점 소재지로 등기되어 있는OOOOO OOO OOO OOOOOO OOOOOOOOOOO 101동 905호의임대차계약해지와 함께 본점사업장을 폐쇄한 후청구법인의 본점을 이전하여 본점사업장으로 사용하여 왔다고 주장하고 있으나,

⑵2008.4.15. 처분청 지방세 담당공무원(OOOO OO OOO O OO)이 2005.3.27. 임대차계약해지와 함께 본점사업장을 폐쇄하였다고 주장하는 OOOOO OOO OOO OOOOOO OOOOOOOOOOO에 출장하여 확인한 결과, 청구법인은 사업장소재지를 OOOOO OOO OOO OOOOOO OOOOOOOOOOO로 하여 2006.3.20. 2006.2월분 일반관리비 111,731원을 납부하면서 빌딩종합관리업체인 (주)OOO(OOOOO OOO OOO OO OOOOO OOOO)에서 세금계산서를 발행한 사실이 확인되고 있고, 2005.1.1.부터 2007.12.31.까지 OOOOO OOO OOO OOOOOOOOOOOOOOOOOOO 101동 905호를 주소지로 하여 청구법인의 법인세를 납부하였음은 물론, 이에 대한 법인세할 주민세를 OOOOO OO구청에 납부한 사실이 확인되고 있으며, 2008.3.17. 청구법인의 본점 소재지를 OOOOO OOOO OOOO 136-7, 8, 9로 이전한 것이 법인등기부 등에서 확인되고 있으므로 이 건 부동산 취득당시 사실상 청구법인의 본점 소재지는OOOOO OOO OOO OOOOOOOOOOOOOOOOOOO 101동 905호로 보아야 할 것이고,

⑶2008.4.15. 처분청 지방세 담당공무원(OOOO OO OOO O OO)이OOOOO OOOO OOOO 소재 청구법인의 OO지점에도 출장하여 확인한 결과, OO지점의 지층에 위치한 노래방 직원이 청구법인의 본점은 OOOOO OOO OOO 있다는 진술을 확보하고 있는 점, 2층과 3층에 “OO”라는 상호로 카페업을 영위하고 있는데 3층 카페의 일부를 칸막이로 구분한 상태에서 매장용 탁자 및 쇼파와 함께 사무용 책상과 의자 2개를 두고 있었으나 본점으로 사용한 사실을 입증하지 못하고 있다고 복명하고 있는 점 등에 비추어볼 때, 청구법인은 OO지점 설치일인 2005.3.14.부터 5년 이내에 이 건 부동산을 취득등기한 후 사실상 OO지점으로 사용하고 있었던 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청에서 이 건 등록세를 중과세하여 부과고지한 것은 적법한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「지방세법」제77조 제5항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.