가.청구인은 OOO 단독주택을 1998.10.18.취득하여 일부 임대 및 거주하다가 멸실하고, 2002.11.6. 다세대주택 6세대를 재건축하여 청구인이 거주하는 1세대를 제외한 나머지 5세대(이하 “신축주택”이라 한다)를 2005.8.22.부터 2005.9.5.까지 양도한 후 신축주택에 대한 양도소득세 감면으로 2005.9.16. 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득중 신축주택의 취득일 전까지 기간에 대한 양도소득은 감면대상이 아니라 하여 2011.5.16. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세OOO원을 결정 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.7.29. 이의신청을 거쳐 2011.11.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제99조의3 등을 적용함에 있어서 신축주택취득전 양도소득에 대한 양도차익을 감면배제 한다는 명확한 규정이 없고, 감면을 묵시적으로 용인하고 있다가 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20)에 따라 청구인이 2005.9.16. 신고한 신축주택취득전 양도소득에 대한 양도차익을 감면 배제하는 것은 신의성실 및 소급과세 금지의 원칙에 반하는 위법한 처분이므로 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

신뢰보호의 원칙은 특별한 사정이 없는 한 조세법률주의 범위내에서 주장하여야 하며 특히 혜택을 주는 조항에 대한 해석에 있어서는 조세법률주의에 의하여 더욱 엄격하게 해석하는 것이 타당하므로 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

신의성실 및 소급과세금지원칙에 위배되는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. (단서생략)

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 양도소득세 과세표준신고서 및 결정결의서에 따르면 청구인은 2005.9.16. 양도소득세를 자진신고하면서 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상 소득에 포함하여 양도소득세 OOO원(100%)을 감면 신고하였고, 처분청은 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상 소득에서 부인하여 2011.5.1. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정 고지한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 2009.1.20. 국세청 예규가 시행되기 전에는 과세관청은 신축주택 취득전 양도소득에 대하여 감면을 적용하는 것으로 해석하고 있었다고 주장하면서, 다음과 같이 증빙자료를 제출하였다.

(가) 세무대리인 대다수가 사용하는 양도소득세 계산프로그램인 양도코리아나 양도박사의 경우 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상 소득에서 제외하는 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20)를 2010년부터 반영하였고,국세종합상담센터장의기존 질의회신(서면4팀-2109, 2005.11.8) 등을 참고자료로 첨부하였다.

첨부되어 있는 위의 기존 질의회신에는 “신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액이라 함은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 취득 당시 또는 취득일이란 자기가 건설한 신축주택에 있어서는 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증 교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용일중 빠른 날로 하는 것임”이라고 기재되어 있다.

(나) 「2011년 양도소득세」책자 720페이지(안수남, 김동백, 김강영 공저) 사본에는 “종전 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8)에서는 준공일부터 5년 이내에 양도하는 경우 양도차익 전체금액이 감면되나, 현행 해석(재산세과-227, 2009.1.20)에서는 신축주택 취득전 양도소득은 감면대상 소득이 아님”이라고 기재되어 있다.

(3) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2012부415, 2010.9.17., 같은 뜻임).

(4) 또한, 청구인이 제출한 책자내용은 저자의 사견에 불과한 것이고, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실도 나타나지 아니하여 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.