가. OOO는 군수품 납품을 위해 OOO 군화 관련 OOO지점, OOO 군복 관련 OOO지점, OOO 두부·콩나물 관련 OOO지점을 설립하여 사업을 운영하던 중 운영상 효율성 증대를 목적으로 위 세 개 지점을 직영사업소인 OOO로 통합하여 운영하여 왔다.

나. OOO는 관련 법령 개정을 사유로 ＜표1＞과 같이 2015.12.1. 위 직영사업소 3곳의 사업을 포괄양도(현물출자)하여 청구법인을 설립하였고, 청구법인은 2015년 제2기부터 2016년 제2기까지 ＜표2＞와 같이 OOO로부터 승계한 기존 계약과 관련하여 OOO 등에게 재화를 공급하거나 OOO 등으로부터 재화·용역을 공급받으면서 종전사업장인 OOO 지점의 명의로 세금계산서[이하 “쟁점(매입)세금계산서”라 한다] 및 계산서[이하 합하여 “쟁점(매입)세금계산서등”이라 한다]를 수수하여 해당 지점 명의로 부가가치세를 신고·납부하는 한편, 관련 매출·매입은 청구법인의 손익으로 하여 법인세를 신고·납부하였다.

＜표1＞ 청구법인의 사업승계현황

＜표2＞ 쟁점세금계산서등 수수내역

다. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.4.26.부터 2019.7.9.까지 청구법인에 대한 법인세 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 위와 같이 OOO 지점의 명의로 쟁점세금계산서등을 수수한 사실을 확인하고, 관련 자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 ＜표3＞과 같이 ① 청구법인이 재화를 공급하고 OOO지점 명의로 세금계산서를 발급하고, 부가가치세를 신고한 것에 대하여 매출을 누락한 것으로 보아 매출세액(OOO지점 명의로 수취한 매입세금계산서상 매입세액은 공제하지 아니함) 및 세금계산서 미발급가산세 등을 적용하여 2015년 제2기∼2016년 제2기 부가가치세 합계OOO원을 경정·고지하였고, ② 청구법인이 OOO지점 명의로 계산서를 수수한 것에 대해 계산서미발급가산세 및 적격증빙미수취가산세를 적용하여 2015∼2016사업연도 법인세 합계OOO원을 경정·고지하였다.

＜표3＞ 처분청의 과세내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.11.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 포괄승계한 군납사업에서 정부기관 방침에 따라 부득이하게 OOO 지점의 명의로 세금계산서를 발급하고, 부가가치세를 신고·납부하였으므로 이 건 가산세 처분은 취소되어야 한다.

(가) 청구법인이 종전사업장인 OOO 지점의 명의로 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부하게 된 것에 대해 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다.

1) 청구법인은 계약서상의 군납업체 명의로만 세금계산서를 발급하도록 한 방OOO(이하 “정부기관”이라 한다)의 방침으로 인해 포괄양수한 군납거래는 정부기관이 계약자 변경(OOO에서 청구법인으로 변경)을 해주지 않는 한 청구법인 자신의 명의로는 세금계산서 발급이 불가능하였다.

① 정부기관은 계약서상의 업체정보와 일치하지 않는 세금계산서를 포함한 모든 대금청구는 반려하고 있다.

② 청구법인은 2015.12.1. 설립 직후부터 약 4개월간(2015.12.11.∼2016.4.11.) 수차례에 걸쳐 정부기관에 반복하여 계약자를 변경하는 계약변경을 요청하였으나, 정부기관은 계약변경을 지체하여 끝내 계약기간 만료(2016년 5월) 직전에야 계약 변경이 이루어졌다.

③ 청구법인은 기존 계약서에 의한 군납거래에 대해 사업승계일부터 기존 계약서상 계약만료일까지 부득이 OOO 지점의 명의로 세금계산서를 발급하였다.

2) 청구법인이 정부기관 지침에 따라 기존 계약자 명의로 세금계산서를 발급하고, 이에 따라 부가가치세를 신고·납부한 행위는 불가항력에 의한 것인바, 청구법인의 명의로 세금계산서등을 교부할 것을 기대할 수 없고, 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되므로 이 건 부가가치세 및 법인세의 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

3) 유사한 사례로 조세심판원(조심 2016구4386, 2017.11.22.)에서 사업자가 준공검사를 신청해도 준공검사를 받아주지 아니하여 부가가치세를 신고하지 못하는 경우에는 신고의무이행을 기대하기 어렵고, 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되어 가산세는 부당하다고 결정한 사례가 있다.

(나) 청구법인은 직접 세금계산서 등을 발급하였으나, 다만 공급하는 자의 정보를 잘못 기재하였을 뿐이므로 세금계산서 및 계산서 미발급가산세 부과처분은 사실에 부합하지 아니한다.

1) 세금계산서의 발급이란 ‘세금계산서를 만들어 세상에 내놓고 주는 것’(OOO 국어사전)을 의미하므로 쟁점세금계산서를 만들어 세상에 내놓고 다른 사람에게 준 행위 자체는 청구법인의 행위일 수밖에 없다.

처분청은 답변서에서 “기존의 OOO 지점 3곳의 명의로 세금계산서등의 발급 및 수취가 이루어졌다고 하더라도 청구법인으로서는 수정세금계산서 발급 등을 통해 ......정상적으로 이행할 수 있었다”고 함으로써 스스로도 세금계산서의 발급행위 자체는 청구법인에 의한 것임을 인정하고 있다.

2) 쟁점세금계산서는 타인명의로 발급되었으나, 이는 가공세금계산서 또는 위장세금계산서 교부 등 고의로 거래질서를 문란하게 하는 행위와는 무관하여 가공(위장)세금계산서 가산세 대상에 해당하지 않고, 쟁점세금계산서는 단순히 필요적 기재사항 일부가 사실과 다른 경우에 해당하여 「부가가치세법」 제60조 제2항 제5호에 따른 1% 가산세 적용대상이다.

(다) 청구법인이 부가가치세를 전부 납부한 이상 납부불성실 가산세까지 부과한 처분은 너무 가혹하여 취소되어야 한다.

1) 청구법인은 포괄승계한 자기 소유의 사업용계좌(OOO기존 지점계좌로서 정부기관은 해당 계좌로만 거래의 공급대가를 지급함) 자금으로 부가가치세를 스스로 납부하였다. 그 결과 국가의 세수에 일실이 발생하지도 아니하여 본세 납부의 누락을 방지할 목적의 납부불성실 가산세 적용의 필요가 없게 되었다.

2) 선결정례(조심 2016중68, 2016.5.31.)에서 화물알선운송업을 영위하는 법인이 자기 소유의 화물차량에 대하여 위장명의자(을) 거래처와 소사장제 운송도급계약을 체결하고, 그 거래처로부터 차량을 임차·사용하는 것으로 하여 화물차량에 대해 위장명의자(을) 명의로 부가가치세를 신고·납부한 경우에도 그렇게 납부한 부가가치세를 차감한 부가세액을 기준으로 하여 관련 납부불성실가산세를 계산하고 세액을 경정하도록 한 바 있다.

(2) 청구법인이 포괄승계한 OOO 지점의 사업자등록번호로 수취한 쟁점매입세금계산서상 매입세액은 공제되어야 한다.

(가) 청구법인이 포괄승계한 OOO 지점의 사업자등록번호는 청구법인의 등록번호로 볼 수 있으므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다.

쟁점매입세금계산서는 OOO 지점의 등록번호가 기재되어 있으나, 이는 청구법인이 군납 사업을 영위하지 아니하는 타인(OOO) 명의를 불가피하게 빌린 것에 불과하므로 그 타인의 등록번호는 곧 실제 사업자인 청구법인의 등록번호로 기능한 것으로 보아야 하고, 관련 매입세액은 공제되어야 한다(대법원 2019.8.30. 선고 2016두62726 판결).

(나) 청구법인의 거래사실이 쉽게 확인되므로 매입세액공제가 인정되어야 한다.

1) 세금계산서에 필요적 기재사항 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우라도 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액공제가 가능하다( 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호 단서 및 같은 법 시행령 제75조 제2호).

2) 법원에서도 주유소를 임차하여 운영하는 자가 유류를 공급받고 교부받은 세금계산서의 ‘공급받는 자’ 란에 그 운영자가 아닌 임대인의 등록번호와 명칭이 기재되어 있었지만 다른 기재사항에 의하여 해당 운영자의 거래사실을 쉽게 확인할 수 있는 경우에는 매입세액을 공제하는 것으로 판시하였다(대법원 2003.5.16. 선고 2001두8964 판결).

3) 쟁점매입세금계산서의 경우 ‘공급받는 자’ 란에 청구법인이 아닌 OOO 지점의 사업자등록번호와 명칭이 기재되었지만, 주소지, 연락처 등 다른 기재사항에 의하여 청구법인의 거래사실을 쉽게 확인할 수 있으므로 관련 매입세액은 청구법인의 매출세액에서 공제되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 사정은 가산세가 면제되어야 할 정당한 사유에 해당하지 아니한다.

(가) 청구법인은 사업의 법률상 주체변경을 인지한 상태에서 재화를 실제 공급한 청구법인이 아닌 종전 사업장의 명의로 세금계산서등을 발급하고 부가가치세 신고의무를 해태하였으므로 세금계산서 및 계산서 미발급가산세의 부과는 적법하다.

1) 청구법인의 임직원의 진술서를 통해 임직원 등이 당시 재화의 공급에 대한 법률상 주체 및 세금계산서 발급의무가 청구법인으로 변경되었다는 것을 충분히 인지하고 있었음이 확인되고, 청구법인이 지속적으로 계약자 변경을 요청하였다는 사실에서도 사업의 실질적인 주체가 변경되어 세금계산서 발급도 청구법인의 명의로 해야 함을 인지하고 있었음이 확인된다.

또한 2015·2016사업연도 법인세 신고시 관련 손익을 청구법인의 손익으로 신고한 것(조정후수입금액명세서상 “기존 OOO 사업”으로 하여 청구인 귀속 수입금액 신고)은 실질적인 손익 귀속자가 청구법인이라는 것을 인지하고 있었다는 반증이다.

2) 재화의 실질적인 공급자로 세금계산서 발급의무가 있는 청구법인은 수정세금계산서를 발급하거나, 종이세금계산서 발급하는 등 하자를 치유할 충분한 시간이 있었음에도 이를 이행하지 아니하였고, 사업의 법률상·계약상 주체변경을 인지한 상태에서 재화를 실제 공급한 청구법인이 아닌 종전사업장 명의로 세금계산서와 계산서를 발급하고 부가가치세 신고에 대한 의무를 해태하였으므로 「부가가치세법」 제60조 제2항 및 「법인세법」 제75조 제5항에 따른 세금계산서 및 계산서 미발급가산세를 과세한 처분은 적법하다.

3) 청구법인은 직접 쟁점세금계산서를 발급하였으므로 미발급가산세 부과대상이 아니라고 주장하나, 「부가가치세법」 제32조 제2항 및 같은 법 시행령 제68조 제5항에서는 법인사업자가 작성자의 신원 및 계산서의 변경여부 등을 확인할 수 있는 공인인증시스템을 거쳐 정보통신망으로 발급하는 것을 정상적인 전자세금계산서의 발급으로 인정하고 있는바, 해당 요건을 충족하지 못한 것은 「부가가치세법」에 따른 전자세금계산서 발급이 아니다. 청구법인은 OOO의 공인인증서를 이용하여 OOO의 전자세금계산서를 발급한 것이므로 당초 청구법인 명의의 전자세금계산서는 발급조차 이루어지지 않은 것으로 보아 세금계산서 미발급가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

(나) 청구법인은 관련 법령 개정에 따른 후속조치를 신속히 이행하지 아니하여 계약자 지위 변경의 지연을 가져온바, 이는 가산세 면제의 정당한 사유에 해당하지 않는다.

1) OOO는 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」(이하 “국가계약법령”이라 한다)이 개정됨으로 인해 더이상 OOO가 OOO과 수의계약을 체결하는 것이 불가능해지자 2015.12.1. 청구법인을 설립한 것인데, 위 법령 제26조가 2010.7.21. 공포되고, 공포 후 3개월이 지나 시행이 되었으며, 기존의 계약관계에 따른 계약당사자의 불이익을 최소화하고자 부칙을 통해 2015년까지 경과규정을 두었다.

2) OOO는 2016.1.1.부터는 더 이상 수의계약의 당사자가 되지 못한다는 사실을 개정 시행령이 공포된 2010.7.21.부터 인지할 수 있었고, 본 사안과 같이 청구법인을 설립하는 등의 후속조치를 취할 수 있는 기한의 여유가 OOO 존재하였음에도 불구하고, 2016.1.1.을 불과 4개월여 앞둔 2015.9.1.에 이르러 비로소 청구법인을 설립하기로 의결하였으며, 불과 1개월을 앞둔 2015.12.1. 비로소 청구법인을 설립하고 포괄적인 사업양수도계약을 체결하였다.

청구법인은 2016년 이후에도 OOO가 지점 3곳의 OOO 군납사업을 계속 영위하기 위하여 수개월간 회계법인의 자문과 내부검토를 통해 설립된 법인으로, 가장 선행되어야 할 OOO의 계약당사자 변경 요청을 간과하였고, 2016.3.2. 국방부로부터 계약이행 승인통보를 받은 이후부터 2016.7.21.경까지도 세금계산서 및 계산서를 미발급하였다.

3) 따라서 국가계약법령을 개정하면서 5년 5개월의 유예규정을 둔 것은 OOO와 같은 당초 계약자들의 신뢰를 보호하고 본 사안과 같은 불이익을 최소화하고자 하는 것임에도 불구하고, 청구법인은 시행령 개정에 따른 후속조치를 신속히 이행하지 아니하여 계약자 지위변경의 지연을 가져온 바, 이는 가산세 면제의 정당한 사유에 해당하지 않는다.

(다) 무납부에 대한 귀책이 청구법인에게 있어 납부불성실 가산세 처분은 정당하다.

1) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다.

2) 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부불성실 가산세를 납부할 세액에 가산하는 것이고, 납세의무자란 세법에 의하여 국세를 납부할 의무가 있는 자, 즉 조세 채권·채무관계에서 조세채무를 부담하는 자를 의미하는 것이다.

3) 이 건의 납세의무자는 법률상·계약상의 재화의 실제 공급 주체인 청구법인이고, 설령 세금계산서 발급 및 수취가 종전사업장 명의로 이루어졌다 하더라도, 앞서 언급한 바와 같이 재화의 실제 공급자인 청구법인으로 수정세금계산서 발급 등을 통해 최소한 부가가치세 신고·납부의무는 청구법인 명의로 정상적으로 이행할 수 있었음에도 불구하고, 사업의 법률상 주체가 청구법인으로 변경되었음을 인지한 상태에서 부가가치세 신고·납부에 대한 의무를 해태하였으므로 무납부에 대한 귀책이 청구법인에 있어 이 건 납부불성실가산세 처분은 정당하다.

(2) 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 쟁점매입세금계산서상 매입세액은 공제 대상이 될 수 없다.

(가) 청구법인이 설립된 이후 OOO 지점 3곳의 군수품 납부 사업자의 지위는 청구법인에게 포괄양도되었고, 청구법인은 법률상·계약상 납품사업자로 현재까지 사업을 계속 영위하고 있으며, 종전사업장은 사업자의 모든 권리와 의무를 잃고 소멸되었으므로 군납사업자에 해당하지 않는다.

(나) 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호에서 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 공제하지 않는 매입세액으로 규정하고 있는바, OOO의 종전 사업장의 사업자등록번호를 기재하여 수취한 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당함이 명백하여 매입세액공제 대상이 될 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 정부기관이 계약당사자 변경을 지체하여 포괄승계한 종전 사업장의 명의로 세금계산서등을 발급하였으므로 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

② 종전 사업장의 사업자등록번호로 수취한 세금계산서상 매입세액이 공제되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지1＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 쟁점세금계산서등의 수수내역은 다음과 같다.

(가) 청구법인이 2015년 제2기부터 2016년 제2기까지 OOO 외 OOO 업체에게 재화를 공급하거나, OOO 업체로부터 재화·용역을 공급받으면서 종전사업장인 OOO 지점의 명의로 세금계산서 및 계산서를 수수한 내역은 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 쟁점세금계산서등 세부 수수내역

(나) 청구법인이 발급한 쟁점세금계산서상 공급하는 자는 OOO 지점의 사업자등록번호, 상호, 대표자 성명, 주소 등이 기재되어 있다.

(다) 한편 청구법인의 부가가치세 신고내역을 보면, 청구법인 명의로 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고한 내역이 나타나는데, 이에 대해 청구법인은 설립 이후 청구법인이 새롭게 체결한 거래 혹은 계약자가 변경된 내역에 대해 ＜표5＞와 같이 청구법인의 명의로 세금계산서등을 발급하였다고 소명하였다.

＜표5＞ 청구법인 세금계산서등 수수내역

(2) 처분청이 이 건 부가가치세 및 법인세 과세한 내역은 ＜표6＞ 및 ＜표7＞과 같다.

＜표6＞ 청구법인 부가가치세 과세내역

＜표7＞ 청구법인의 법인세 과세내역

(3) 처분청은 이 건 처분과 관련하여 사업양수도 계약서 및 청구법인의 법인세 신고서, 임직원의 진술서 등을 제출하였다.

(가) 제출된 OOO 운영팀장 OOO의 진술서 및 OOO지점 영업팀 과장 OOO의 진술서의 주요내용은 OOO과 같다.

(나) 청구법인의 법인세 신고서식(별지 제17서식) 조정후수입금액명세서에는 청구법인의 부가가치세와 수입금액의 차액에 대해 ‘OOO’으로 인한 차이라고 기재되어 있다.

＜표8＞ 2016사업연도 조정후수입금액명세서

(4) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 국가계약법령상 2016년 이후 특별법인과의 수의계약이 폐지되고, 경쟁입찰로 변경됨에 따라 OOO가 2016년부터 군납사업이 사실상 불가능해짐에 따라 사업환경 변화에 대응하기 위해 2015.9.30. 이사회에서 OOO의 지점인 OOO 사업장을 청구법인으로 전환할 것을 의결하였고, 2015.12.1. OOO 사업에 관한 일체의 권리의무를 양도하는 포괄적인 사업양수도계약을 체결하여 청구법인을 설립하였다며 이사회결의서, 사업양수도계약서를 제출하였다.

(나) 청구법인은 포괄양수로 2015년 OOO에서 계약을 체결한 계약을 승계하였는데, 청구법인 설립 후 지속적으로 정부기관에 계약 당사자 변경을 요청하였으나, OOO이 ＜표9＞과 같이 OOO 계약의 변경을 허용하였고, 이후 청구법인의 명의로 세금계산서가 발급가능하였다며 관련 자료를 제출하였다.

＜표9＞ 계약당사자 변경일자

다만 OOO지점에서 공급하는 피복류와 관련하여 OOO에서 계약자를 변경하지 아니하여 당초 계약만료일인 2016년 7월까지 OOO 명의로 세금계산서를 발급하였다고 소명하였다.

＜표10＞ 계약당사자 변경 관련 진행사항

(다) 청구법인은 ‘OOO’ 이용하여 세금계산서를 작성하고 대금을 청구하고 있으며, 그 방법은 ① 물품계약 체결시 사용된 공인인증서로 로그인을 한 후, 계약체결 공인인증서에 등록된 계약 중(기존 OOO의 공인인증서로 로그인해야 계약자가 변경되지 않은 원천 등록된 계약 리스트 조회가 가능했음) ② 대금청구 대상계약을 선택하여 ③ 계약 체결시 등록된 사업자등록번호로 세금계산서가 발급되는 방식이라며 OOO이 배포한 ‘전자세금계산서 작성 및 대금청구 사용자지침서(2012.6.12.)’를 제출하였다.

해당 지침서에는 위 시스템상에서 세금계산서(수정세금계산서 포함)를 작성하는 절차 및 대금청구하는 절차를 설명하고 있고, 전자세금계산서를 작성하여 제출하면 국세청으로 전송된다고 기재되어 있다.

(라) 청구법인은 당초OOO가 사용중이던 계좌를 승계받아 계좌변경 승인전까지 계속하여 이를 사용할 수밖에 없었고, 거래대금을 해당 계좌로 수령하였으며, 쟁점세금계산서등과 관련한 부가가치세 또한 해당계좌로 납부하였다고 주장하였다.

(마) 청구법인은 2020.7.28. OOO에 ‘2015∼2016년, 계약상대방이 아닌 공급자가 발급한 세금계산서의 적정성 여부를 검토하는 내부검토절차’에 대해 질의하여 답변받은 OOO의 내용을 제출하였다.

(바) OOO지방검찰청의 불기소결정서에 의하면, 조사청이 청구법인을 「조세범처벌법」 위반 혐의로 고소한 사건(2019형제64060호)에 대해 OOO지방검찰청은 2019.10.30. 혐의없음(증거불충분)으로 불기소통지한 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

1) 청구법인은 재화를 공급하고 실제 공급자인 청구법인이 아닌 OOO 지점의 명의로 세금계산서를 교부하였는바, 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호 가목의 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에 해당하거나, 같은 조 제3항 제3호 재화를 공급하고 실제로 재화를 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급하는 경우에 해당하여 위 법 규정에서 정한 가산세 대상에 해당한다 할 것이다.

2) 그러나 가산세 부과의 제한이 되는 정당한 사유란 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다 할 것(대법원 2001.9.14. 선고 99두3324 판결)인바,

청구법인은 2015.12.1. OOO 지점의 사업을 포괄양수하여 설립되었는데,OOO 명의로 2015년에 체결된 기존 수의계약에 따른 납품거래는 정부기관의 승인을 거쳐야 당초 계약된 계약기간 동안 계속 납품을 할 수 있었고, 이에 따라 신설법인인 청구법인은 설립 이후 지속적으로 정부기관에 계약승계를 요청하였던 점, 청구법인은 정부기관과의 계약 건은 OOO을 이용하여 세금계산서발급 및 대금청구를 하였고(수정세금계산서 또한 동일함), 계약서상 계약자와 세금계산서 공급자가 일치하여야 정상적인 세금계산서 발급과 대금청구가 가능하였던 것으로 보이는 바, 청구법인으로서는 정부기관이 기존 계약의 계약자를 변경하기 전에는 사실상 청구법인의 명의로 세금계산서를 발급하거나 대금을 청구하기 어려웠던 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점세금계산서등에 대한 부가가치세를 모두 신고·납부하였고, OOO로부터 승계한 계약 건 이외에 청구법인이 새로 체결한 계약 건에 대한 세금계산서등은 청구법인의 명의로 발급하여 부가가치세를 신고한 것으로 나타나는 점, 처분청은 청구법인이 법인세 신고서식(별지 17서식)에서 부가가치세와의 수입금액 차액에 대해 ‘기존 OOO 사업’으로 기재하여 신고함으로써 손익귀속자가 청구법인이라는 것을 인지하고 있었다는 점을 과세근거의 하나로 삼고 있으나, 해당 기재사항은 오히려 위와 같은 부득이한 사정이 반영된 것으로 보이는 점 등에 비추어 정부기관이 계약자를 변경하기 전까지 청구법인이 청구법인 명의로 세금계산서등을 발급하여 부가가치세 신고·납부의무 이행을 기대하거나 그 의무해태를 탓하기 어려워 보이므로 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 판단된다.

3) 한편 쟁점세금계산서등에는 정부기관 이외의 거래상대방에게 발급하거나 수취한 건이 포함되어 있으나, 해당 건의 경우에는 OOO 지점 명의로 세금계산서등을 발급하거나 수취할 수밖에 없었던 정당한 사유가 제시되지 아니하였고, 달리 가산세를 감면할 사유가 있다고 보기 어렵다.

4) 따라서 이 건 부가가치세 및 법인세 과세처분은 청구법인이 OOO 지점의 명의로 정부기관에 쟁점세금계산서등을 발급하여 부가가치세 및 법인세를 신고·납부한 것에 대한 가산세를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

1) 청구법인은 청구법인이 OOO 지점 명의를 불가피하게 빌린 것에 불과하고, 청구법인의 사업장을 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하여 부가가치세를 신고·납부하였으므로 OOO의 사업자등록번호가 곧 청구법인의 사업자등록번호로 기능하는 것으로 보아야 하는바, 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다고 주장한다.

2) 그러나 청구법인은 사업자등록을 마친 후 실제로 재화와 용역을 공급받았음에도 특별한 사정없이 종전 사업장인 OOO 지점을 공급받는 자로 하여 쟁점매입세금계산서를 수취하였으므로 쟁점매입세금계산서는 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호 및 제32조 제1항 소정의 필요적 기재사항 중 하나인 ‘공급받는 자의 등록번호’를 사실과 다르게 기재한 세금계산서에 해당하고, 그와 같이 사실과 다르게 기재한 것이 「부가가치세법 시행령」 제75조 제2호의 착오에 의한 것에 해당하지 아니하여 나머지 기재사항에 의해 거래사실이 확인된다 하더라도 매입세액공제대상이 된다고 보기 어려운 점, 포괄양도후 소멸하는 종전사업장의 사업자등록번호가 청구법인의 사업자등록번호로 기능하였다고 보기 어려우므로 청구법인이 예로 든 대법원 판례(대법원 2019.8.30. 선고 2016두62726 판결)를 이 건에 적용하기도 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 관련 법령

(1) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것)

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

제32조【세금계산서 등】 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조【가산세】② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 2퍼센트를 곱한 금액. 다만, 제32조 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 할 의무가 있는 자가 전자세금계산서를 발급하지 아니하고 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기에 전자세금계산서 외의 세금계산서를 발급한 경우에는 그 공급가액의 1퍼센트를 곱한 금액으로 한다.

가. 세금계산서를 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급하지 아니한 경우

5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우

(2) 부가가치세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27838호로 개정되기 전의 것)

제70조【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

가. 세무조사의 통지를 받은 경우

나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

6. 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 법 제51조 제1항에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우

제108조【가산세】③ 법 제32조에 따라 발급한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 사실과 다르게 적혔으나 해당 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제60조 제2항 제5호에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.

(3) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것)

제76조【가산세】⑤ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

⑨ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하되, 제5항 또는 「부가가치세법」 제60조 제2항ㆍ제3항ㆍ제5항부터 제7항까지의 규정에 따라 가산세가 부과되는 부분은 제외한다.

1. 제121조 제1항 또는 제2항에 따라 발급한 계산서등에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우[제2호가 적용되는 분(分)은 제외한다]: 공급가액의 100분의 1

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 공급가액의 100분의 2. 다만, 가목의 경우 제121조 제1항 후단에 따른 전자계산서를 발급하지 아니하였으나 전자계산서 외의 계산서를 발급한 경우는 100분의 1로 한다.

가. 재화 또는 용역을 공급한 자가 제121조제1항 또는 제2항에 따른 계산서등(이하 이 호에서 "계산서등"이라 한다)을 발급하지 아니한 경우

라. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 법인이 아닌 법인의 명의로 계산서등을 발급한 경우

마. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 계산서등을 발급받은 경우

(4) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것)

제47조의3【과소신고·초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

제47조의4【납부불성실·환급불성실가산세】① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 「인지세법」 제8조제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

③ 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항의 가산세를 적용하지 아니한다.

1. 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법에 따른 납부기한까지 어느 사업장에 대한 부가가치세를 다른 사업장에 대한 부가가치세에 더하여 신고납부한 경우

제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(5) 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령(2010.7.21. 대통령령 제22282호로 개정되기 전의 것)

제26조【수의계약에 의할 수 있는 경우】① 법 제7조 단서에 따라 수의계약에 의할 수 있는 경우는 다음 각 호와 같다.

8. 기타 계약의 목적ㆍ성질등에 비추어 불가피한 사유가 있는 경우로서 다음 각 목의 경우

다. 특별법으로 설립된 법인이 당해 법률에서 정한 사업을 영위함으로써 직접 생산하는 물품의 제조ㆍ구매 또는 용역계약을 하거나 이들에게 직접 물건을 매각 또는 임대하는 경우

(6) 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령(2010.7.21. 대통령령 제22282호로 개정된 것)

8. 삭제

＜부칙＞

제1조(시행일) 이 영은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

제7조(특별법으로 설립된 법인에 대한 수의계약 제도 폐지에 따른 경과조치) ① 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원은 제26조의 개정규정에도 불구하고 종전의 제26조 제1항 제6호 라목에 따른 새마을공장 또는 같은 항 제8호 다목에 따라 수의계약을 체결할 수 있는 법인(이하 이 조에서 "새마을공장 또는 법인"이라 한다)과 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 범위에서 수의계약을 체결할 수 있다.

1. 2011년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 : 해당 중앙관서의 장이 2008년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 해당 새마을공장 또는 법인과 체결한 수의계약금액의 연평균금액

2. 2014년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지 : 새마을공장 또는 법인이 2008년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원과 체결한 수의계약금액 합산액의 80퍼센트에 해당하는 금액을 연평균으로 환산한 금액

3. 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 : 새마을 공장 또는 법인이 2008년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원과 체결한 수의계약금액 합산액의 50퍼센트에 해당하는 금액을 연평균으로 환산한 금액