청구인은 OOO도 OO시 OOO OOO OOOO O OOOO번지에서 OO모텔 (대지 2,241㎡, 지상 5층 건물 1,562.64㎡로 이하 “쟁점여관”이라 한다)을 1995.12.1.부터 일반사업자로 등록하여 운영하던 O 2002.8.22. (등기접수일) 허OO (이하 “양수인”이라 한다)에게 OOOOO원에 양도하였다.

처분청은 일반과세자로 영위하던 쟁점여관을 포괄적으로 양도·양수함에 있어 양수인이 간이과세자로 등록하였다 하여 사업의 양도가 아닌 재화의 공급에 해당한다고 보아 양도가액 OOOOO원을 토지와 건물가액으로 안분계산하여 건물가액에 상당하는 OOO,OOO,OOO원을 폐업시 잔존재화로서 자기에게 공급한 것으로 보아 2002.10.17. 청구인에게 2002년 제2기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2002.11.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 일반과세자로 사업을 하면서 성실히 납세의무를 이행해 왔으며, 금번 양수인과 맺은 사업의 포괄적 양도·양수계약에 의하여 쟁점여관에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시킨 후 폐업신고서에 사업의 포괄적 양도·양수계약서를 첨부하여 부가가치세 신고서와 함께 처분청에 제출하였고 2002.7.1.부터 2002.8.22. 폐업할 때까지의 부가가치세를 납부하였기 때문에 양수인이 간이과세자로 등록을 잘못 하리라고는 생각하지도 못하였으며, 이러한 사실을 확인한 즉시 당초의 간이과세자 사업자등록을 취소하고 일반사업자등록을 하여 착오로 인한 실수를 교정하고 양수인이 현재까지 같은 장소에서 여관업을 계속하고 있음에도 사업의 포괄적 양도임을 부인하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

양수인이 간이과세자의 사업자등록을 일반과세자의 사업자등록으로 교정한 것은 부가가치세가 부과될 것임을 예상할 수 있는 상태에서 이루어진 일인 만큼 이를 인정시 부가가치세법시행령 제17조 제2항 단서규정은 그 존재이유가 상실되므로 동 규정에 의하여 사업의 양도를 부인하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점여관이 과세유형이 다른 사업자간에 양도·양수된 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

부가가치세법 제6조 【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

④ 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 경우에 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

부가가치세법시행령 제17조【담보제공·사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( 법인세법 제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 O 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것

다. 사실 및 판단

(1) 여관업의 포괄적 양도·양수로서 사업의 동질성이 상실됨이 없이 경영주체만이 변경되었다는 데에는 다툼이 없는 이 건의 경우, 청구인은 양수인의 사업자등록신청 절차상 단순착오로 인해 당초 간이과세자로 잘못 등록된 사항을 동일한 과세기간 내에 일반과세자로 사업자등록증을 수정·발급받은 이상, “일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우 로 보아서는 아니된다는 주장인데 반하여, 처분청은 양수인이 당초 간이과세자로 등록하였다가 사후에 일반과세자로 등록을 수정하였다고 하여 이를 당초부터 일반과세자로 사업자등록한 것으로 볼 수는 없다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.

(2) 우선 관련법령 규정을 보면 사업을 양도하는 것으로서 사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것은 부가가치세의 과세대상이 되는 재화의 공급으로 보지 아니하는 것인 바, 이 때 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우는 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것이라 할지라도 재화의 공급으로 보는 것임을 알 수 있다.

(3) 다음 이 건 사실관계를 살펴보면, 쟁점여관에 관하여 청구인은 2002.8.10. 양수인(허OO)과 사업양도·양수계약서를 작성하고 2002.8.22. 이를 양수인에게 양도(소유권이전등기)한 후 2002.9.13. 처분청에 2002.8.22.을 폐업일로 하는 폐업신청서에 동 사업양도양수계약서를 첨부하여 신고기간 2002년 제2기(7월1일～8월31일)에 대한 일반과세자 부가가치세 확정신고서와 함께 이를 처분청에 제출하면서 폐업할 때까지 납세의무가 발생한 부가가치세 230,462원(쟁점여관 매각대금이 과세표준에서 제외된 납부세액)을 납부한 사실이 확인된다. 양수인은 2002.8.20. 개업일을 2002.8.30.로 하여 간이과세자로 사업자등록을 하였다가 2002.9.26. 당초 사업자등록증상의 개업일인 2002.8.30.을 폐업일로 하는 폐업신고에 의하여 간이과세자 사업자등록증을 반납함과 동시에 개업일을 2002.8.30.로 하여 일반과세자로 사업자등록을 하여 사업자등록증을 다시 발급받은 사실이 처분청의 조사서 및 그 부속서류의 각 기재내용에 의하여 확인되는 바, 사실이 이러하다면, 이 건 양수인은 비록 절차상 폐업신고의 형식을 취하기는 하였지만 그 실질에 있어서는 청구인과 체결한 사업양도·양수계약에 따라 사업자등록을 간이과세자에서 일반과세자로 정정하였으므로 이는 사업을 개시한 날인 2002.8.30.부터 일반과세자로 동일한 내용의 사업을 계속 영위한 것으로 인정된다 할 것이다(국심 2002O591, 2002.8.8. 같은 뜻).

(4) 그렇다면, 이 건 청구인이 일반과세자로 영위하던 여관업을 포괄적으로 양도·양수한 경우로서 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우에 해당하지 아니하고, 따라서 처분청이 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도한 경우라 하여 쟁점여관의 양도를 재화의 공급으로 보고 이 건 부가가치세를 과세한 것은 부가가치세법 제6조 제6항에서 사업의 양도에 대하여 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정한 취지가 사업의 양도인 경우 일반적으로 그 거래금액과 그에 대한 부가가치세액이 크며, 그 양수자는 거의 예외없이 매입세액으로서 공제받을 것이 예상되는 거래에 대하여 매출세액을 징수하도록 하는 것은 국고에 아무런 도움이 되지 아니하면서 사업의 양수자에게 불필요한 자금부담을 주게 되어 이를 지양하도록 하여야 할 조세정책상의 배려에 있다는 점에 비추어 볼 때(대법87누86, 1983.6.28. 같은 뜻), 실질과세의 원칙 및 세법적용의 제원칙에 부합하지 아니하는 부당한 처분으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.