처분청은 청구인이 외국에 있는 현지 법인인 코리아 에어리스 앤드 파이낸스(주)(Korean Air Lease and Finance Co., Limited)로부터 2003.6.22.과 2003.7.16. B737-900 항공기(HL7718, HL7717, 이하 “이 사건 항공기들”이라 한다)를 임차하고, 임차가격 105,201,343,186원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세액을 지방세법 제284조제1항의 규정에 따라 면제신청하고, 면제된 취득세액을 과세표준으로 농어촌특별세법 제5조제1항제1호의 세율을 적용하여 산출한 농어촌특별세 420,805,360원을 2003.7.22과 2003.8.18. 신고납부 하자 이를 수납하여 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 항공기를 외국의 시설대여업자로부터 임차기간 종료후 반납하는 조건으로 단순 임차계약을 체결하고, 항공운송사업에 직접사용하기 위하여 수입한 것으로 지방세법 제105조제8항에서 규정한 외국인 소유의 시설대여물건을 국내의 대여시설 이용자에게 대여하기 위하여 수입한 것이 아니므로 이 사건 항공기의 임차를 취득으로 보아 신고납부한 농어촌특별세 420,805,360원을 부과취소 되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 외국인 소유의 시설대여물건을 직접 대여하여 사용하는 경우 취득세 부과처분이 적법한지 여부에 있다하겠으나, 먼저 이 사건 심사청구가 적법하게 제기되었는지에 대하여 살펴본다.

농어촌특별세법시행령 제6조제2항에서 농어촌특별세를 국세기본법 제45조 및 제46조의 규정에 의하여 수정신고 및 추가 자진납부를 하는 경우 수정신고의 기한·납부방법·가산세 경감 등은 당해 본세의 예에 의한다고 규정하고 있으며, 지방세법 제72조제1항에서 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제73조제1항에서 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 불복의 사유를 구비하여 도세에 있어서는 도지사에게, 시·군세에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 하여야 한다고 규정하고 있으며, 농어촌특별세법시행령 제9조에서 지방세를 본세로 하는 농어촌특별세에 대한 이의신청 및 심사청구에 관하여는 지방세법의 예에 의한다고 규정하고 있는 바, 청구인이 2005.8.31. 과세표준 및 세액 경정 청구에 대해 처분청으로부터 거부 회신을 받았다고 하더라도 경정청구권이 인정되지 않는 경우에는 과세관청이 납세자 등의 경정 청구에 대하여 거부한 회신을 가리켜 심사청구의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다할 것(같은 취지의 대법원 판결 98두9608, 1999.7.23.)이므로 청구인이 이 사건 항공기들에 대해 이의신청을 하고자 하였다면 농어촌특별세를 신고납부한 2003.7.22.과 2003.8.18.로부터 90일 이내에 제기하였어야 함에도 약 2년3개월여가 경과한 2005.11.7. 일괄 이의신청하였으므로 이 사건 심사청구는 본안 심의대상에 해당되지 아니한다할 것이다.

따라서 청구인의 심사청구는 본안 심의를 거치지 아니하고 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 4. 24.

행 정 자 치 부 장 관