가. 청구법인은 1993.7.5.부터 OOOOO OOO OOO OOOOOO에서 의료기기 도매업을 영위하는 사업자로서, 2003년 제2기 과세기간에 OOOOOOO 주식회사(이하 “OOOOO”이라 한다)로부터 공급가액 200,000천원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여, 그 매입세액 20,000천원을 매출세액에서 공제하여 2003년 제2기 부가가치세를 신고하였다.

나. 2009년 11월 처분청은 청구법인에 대한 법인제세 통합조사 결과, 청구법인이 OOOOO으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 그 거래내용이 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하여, 2009.12.11. 청구법인에게 2003년 제2기 부가가치세 38,840,490원을 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여2010.1.6. 이의신청을 거쳐 2010.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2003년 OOOOOO OOOO(OOOO OOO OOO 소재, 이하 “OOOO”이라 한다)과 인공신장기 임대 및 소모품 공급계약을 체결하였으며, OOOO측은 인공신장실의 운영을 위해 인공신장실 인테리어 공사가 필요하므로 공사비를 청구법인이 먼저 지원해주면 공사비를 소모품단가에 포함시켜 보전해주는 방안을 제안하여, 2003.11.10. OOOO이 지정하는 주식회사 OOOO(현재 주식회사 OOOOOOO로 상호변경, 이하 “OOOO”이라 한다)의 OO은행 계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)로 공사대금 220,000천원(부가가치세 포함)을 송금하였으며,

공사대금 송금 후 거래명세서 및 세금계산서를 받지 못하여 OOOO과 OOOO측에 문의한 바, OOOO과 OOOO 사이에 문제가 있어 OOOOO에서 공사를 진행한다 하여 청구법인은 OOOOO과 다시 공사계약을 체결하였고, 인공신장실 인테리어 공사완료후 OOOOO으로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받은 것으로서, 청구법인이 당초 OOOO의 OO은행 계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)로 송금한 공사대금은 OOOO 측에서 회수하여 OOOOO으로 지급이 이루어진 것으로 파악하고 있으며, 처분청이 공사대금을 최초에 OOOO에 지급하였다는 사실만으로 OOOOO의 용역제공 사실을 부인하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 쟁점세금계산서는 실지 공사계약에 의하여 수취한 정상적 매입세금계산서라는 주장이나, OOOO 인공신장실 인테리어 공사계약 체결과 관련하여 공사용역을 제공한 사업자로부터 세금계산서 수취 및 그에 대한 대금지급이 이루어지지 아니하고 OOOO 대표에게 공사대금이 지급되었으므로, 청구법인이 OOOO 인공신장실 인테리어공사와 관련없는 OOOOO으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 사실에 대하여 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 주장할 뿐, 구체적이고 객관적인 증빙의 제출이 없는 점으로 볼 때, 쟁점세금계산서를 그 거래내용이 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제7조 (용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

제16조 (세금계산서) ①납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성년월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

제17조 (납부세액)① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제21조(결정 및 경정)① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 2009년 11월 처분청 조사공무원이 작성한 청구법인에 대한 ‘법인세 조사서’ 내용 중 쟁점세금계산서 관련 내용을 보면, OOOO 인공신장실 증축공사계약서상 수급사업자인 OOOOO으로부터 수취한 쟁점세금계산서에 대한 사실확인 결과, 실지 공사는 OOOO에서 공사하고 대금지급은 OOOO OO은행 계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)로 220,000천원(부가가치세 포함)을 입금한 사실이 확인되므로, OOOOO으로부터 수취한 쟁점세금계산서의 부가가치세 매입세액을 불공제하여 경정고지하고, OOOO에 매출누락 자료를 통보하는 것으로 되어 있다.

(2) 2003년 작성(날자미상)된 OOOO과 청구법인간의 ‘인공신장기 임대 및 소모품 공급계약서’를 보면, 청구법인은 인공신장기(기계)를 OOOO이 제공하는 장소에 설치하여 시험가동 후 OOOO에 인계하는 것으로 되어 있고, 계약기간은 기계의 설치 가동개시일로부터 5년간으로 하며 총 사용할 소모품 수량은 기계 1대당 3,000세트로 하는 것으로 되어 있으며, 계약기간중 별도 명기한 소모품은 반드시 청구법인으로부터 구입하여야 하는 것으로 되어 있다.

(3) 2003년 10월 작성된 청구법인과 OOOOO간의 공사계약서 내용을 보면, 청구법인이 ‘OOOO 인공신장실 증축 골조공사’의 발주자로 OOOOO이 수급자로 되어 있고, 2003.10.1.～2003.11.30.까지 공사기간으로 되어 있으며, 계약금액은 부가가치세를 포함하여 220,000천원으로 되어 있다.

(4) 청구법인이 OOOO에 공사대금을 지급한 내역을 보면, 2003.11.30. OOOO의 OO은행 계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)에 220,000천원이 입금된 것으로 나타나고, 2003.11.30. 220,000천원이 OOOOO OO은행 계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)에서 현금으로 인출되어 OOOO 대표 OOO의 OO은행 계좌(OOOOOOOOOOOOO)로 송금된 사실이 무통장입금표 등에 의하여 나타난다.

(5) 2009년 12월 OOOO 관할 OOO세무서 조사공무원이 작성한 ‘과세자료 처리보고서’를 보면, 처분청이 통보한 과세자료에 대한 검토결과 OOOO(OOO) 인공신장실 인테리어공사 대금으로 OOOO의 OO은행 계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)로 입금된 220,000천원은 입금 즉시 인출되어 OOOO(OOO)O OO은행 계좌(OOOOOOOOOOOOO)로 송금되는 등 OOOO의 소명서 및 증빙자료와 제3자 OOO의 확인서, OOOO의 입장 등을 종합적으로 검토한 바, OOOO이 OOOO 인공신장실 인테리어공사의 실지시공자로 볼 수 없다고 판단되는 것으로 되어 있다.

(6) 2009.12.18. 작성된 OOOO 대표 OOO의 사유서 및 2009.12.28. 작성된 OOO의 확인서를 보면, OOOO OOOO 중학교 선후배사이로서 OOO은 OOOO 업무에 관여한 것으로 되어 있고, OOO이 평소 알고 지내던 OOOO OOO의 부탁으로 OOOO의 계좌를 알려주어 청구법인이 OOOO 계좌로 송금한 자금을 OOO가 인출하여 간 것으로 되어 있으며, OOOO 대표 OOO은 청구법인, OOOO, OOOOO 등에 대하여 전혀 아는 바가 없다는 내용으로 되어 있다.

(7) 국세통합전산망에 의하여 확인된 OOOOO의 법인사업자기본사항 조회내용을 보면, OOOOO은 2001.9.21. 개업하여 OOOOO OOO OOO OOOOOO에서 건설/토공사업을 영위한 것으로 되어 있고, 2005.12.31. 폐업된 것으로 되어 있다.

(8) 위의 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인은 의료기기 도매업을 영위하는 사업자로서 2003년 OOOO과 ‘인공신장기 임대 및 소모품 공급계약서’를 체결하여 인공신장기의 가동일부터 5년간 소모품을 독점 공급하기로 한 사실이 있으며, OOOO이 인공신장실 운영을 위한 인테리어 공사와 관련하여 공사비를 청구법인이 선지급하면 소모품 단가에 포함시켜 보전해 주기로 하였다고 청구법인이 주장하고 있는 점, 청구법인이 OOOOO OO은행 계좌로 송금한 220,000천원이 같은 날 현금으로 인출되어 OOOO 대표 OOOO OO은행 계좌로 송금된 일련의 자금거래에 있어 OOOO 대표 OOO의 사유서 및 OOO의 확인서 내용에 비추어, OOOO이 OOOO의 인공신장실 인테리어공사를 실지 시공하였는지 불분명할 뿐만 아니라 청구법인과 공사계약을 체결한 OOOOOO OOOO의 인공신장실 인테리어공사를 실지 시공하였는지도 확인되지 아니하는 바,

청구법인이 OOOO의 OO은행 계좌로 송금된 자금이 같은 날 OOOO 측에 송금된 것은 OOOO의 인공신장실 인테리어공사와 관련하여 OOOO 측에 공사비 상당액을 대여한 것으로 판단되고, 청구법인이 대여한 공사비 상당액은 청구법인이 OOOO에 공급할 소모품 단가에 포함하여 회수할 것으로 보이는 측면에서, OOOO 인공신장실 인테리어공사의 발주자는 청구법인이 아니라 OOOO이 되어야 할 것으로 판단되므로, 청구법인이 OOOOO과 공사계약을 체결하고 쟁점세금계산서를 수취한 것은 청구법인이 OOOOO으로부터 실제 공사용역을 제공받고 정상거래에 따라 수취한 것으로 보기는어려운 것으로판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 그 거래내용이 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.