가. B 주식회사(이하 ‘B’라고 한다)는 태양광 발전사업을 목적으로 설립된 회사로서, 2015. 5. 11. C 주식회사로부터 위 산업단지 안에 있는 충북 진천군 D 공장용지 83,386.4㎡를 매수하여 2017. 6. 30. 그 지상에 태양광 셀모듈을 제조하기 위한 공장(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)을 신축한 다음, 2017. 8. 23. 피고로부터 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15. 법률 제16865호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세특례법’이라 한다) 제78조 제4항 제2호 가목에 따라 이 사건 공장에 관한 취득세 등을 감면받았다.

나. B는 2018. 11. 1. E 주식회사에 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)됨과 동시에 합병 후 존속회사의 상호가 F 주식회사(이하 ‘F’이라 한다)로 변경됨으로써 F에게 이 사건 공장의 소유권이 승계되었다.

다. 피고는 이 사건 합병을 통해 이 사건 공장의 소유권이 신축 후 2년 안에 B로부터 F에게 이전된 것을 들어 지방세특례법 제78조 제5항 제2호 소정의 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 또는 증여한 경우’에 해당한다는 이유로, 2019. 9. 10. F에 대하여 B가 감면받았던 취득세 5,365,257,540원을 추징하면서, 이를 기초로 산정된 지방교육세 258,358,010원, 농어촌특별세 323,580,520원을 부과(이하 위 추징 및 부과 처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 라.

F은 이 사건 처분에 불복하여 2019. 12. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 청구일로부터 60일이 훨씬 지난 이 사건 변론종결일 현재까지 결정이 내려지지 않고 있고, 원고는 2020. 1. 6. F을 흡수합병하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 이를 포함한다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의...

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