가. 피고가 1999.5.11. 원고에게 한 부가가치세 1996년 2기분 31,107,364원의 부과처분 중 31,107,320원을 초과하는 부분을, 1997년 1기분 33,914,550원의 부과처분 중 33,614,304원을 초과하는 부분을, 1997년 2기분 20,971,740원의 부과처분 중 20,965,150원을 초과하는 부분을, 1998년 1기분 2,917,060원의 부과처분 중 2,908,543원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 원고의 부담으로 한다.

피고가 1999.5.11. 원고에게 한 부가가치세 1996년 2기분 31,107,364원, 1997년 1기분 33,914,550원, 1997년 2기분 20,971,740원, 1998년 1기분 2,917,060원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소하고, 피고가 1999.5.11. 원고에게 한 부가가치세 1996년 2기분 30,785,064원, 1997년 1기분 33,914,550원, 1997년 2기분 20,971,740원, 1998년1기분, 2,917,060원의 각 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 1996.7.1.부터 ○○ ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○○○약국이라는 상호로 의약품 소매업을 경영하는 사업자들(다음부터 '원고등' 이라 한다) 중 한명이다.

나. 피고는 ○○지방국세청이 1998.8.28. ~ 199.1.11. 위 약국에 대한 특별세무조사를 실시하고 보내온 자료에 따라 1996.7.1. ~ 1998.6.30. 원고 명의의 금융계좌에 입금된 1,321,186,085원 중 약국수입과 관련이 없다고 인정되는 예금이자 등 37,658,060원을 제외한 1,283,528,025원(별지2. 참조)을 공급대가로 보아 이에 대한 공급가액 1,166,843,659원(부가가치세 10%를 제외한 금액)을 공급대가로 보아 이에 대한 공급가액 1,166,843,659원(부가가치세 10%를 제외한 금액)에서 이미 원고가 자진 신고한 매출과표 347,928,000원과의 차액 818,915,659원(293,430,587원 + 308,314,148원 + 190,652,192원 + 26,518,730원)을 신고누락 수입금액으로 보아 1999.5.11. 원고에게 부가가치세 1996년 2기분 32,277,360원, 1997년 1기분 33,914,550원, 1997년 2기분 20,971,740원, 1998년 1기분 2,917,060원을 각 부과하였다(본세인 부가가치세에 가산세를 가산한 금액임).

다. 당시 약국의 수입은 원고 명의로 된 ○○은행 ○○동지점 계좌, ○○은행 ○○○○지점 계좌, ○○은행 ○○○지점 계좌, ○○ ○○○지점 계좌에 입금되었는데, 피고는 원고등에게 위 금융계좌의 입출금내역을 통지하고 입금액 중 약국판매수입에 해당하지 않는 금액이 있는지에 관하여 소명자료를 제출하도록 하였다.

라. 이에 대해 원고등은 위 금융계좌에 약국판매수입이 포함되었으나 그 외에도 증권거래, 개인간 금정소비대차, 부동산 임대료 수입, 문중자금, 기타 가계생활자금 등으로 입금된 것이 있다는 주장만을 할 뿐 구체적인 소명을 하지 아니하였다.

마. 이에 피고는 직접 입출금내역을 분석하여 과세기간 총입금액 가운데 결산이자, 입금되었다가 당일 또는 2-3일 후에 출금된 단순 금전거래 등 약국판매수입으로 볼 수 없는 입금액을 선별하는 위 금융계좌에 입금된 1996년 2기분 ~ 1998년 1기분 총입금액, 수입제외금액 및 수입금액(공급대가)을 별지2 적출내역 기재와 같이 인정하였다.

바. 한편 원고는 이에 대하여 1999.12.15. 행정심판을 청구하여 1996년 2기분 11,700,000원을 수입금액에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하라는 결정을 받았고, 피고는 위 결정에 따라 청구취지 기재와 같은 세액으로 감액경정결정(이하 위와 같이 감액 경정결정 된 세액의 부과·고지를 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

증거다툼 없는 사실, 을 제4 내지 9호증의 각 1,2,

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 신고된 부가가치세 과세표준과 납부세액을 경정하려면 부가가치세법상의 규정에 따라서 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있을 때에 경정할 수 있는 것인데, 원고가 과세표준 등의 결정에 필요한 장부들을 비치·기장하고 있었음에도 원고 명이의 금융계좌 입금액만을 근거로 확정신고에 오류 또는 탈루가 있다고 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 또한 과세표준 등은 세금계산서, 장부, 기타의 증빙을 근거로 실질조사에 의하여 경정하여야 하고 위 장부들이 없거나 미미한 경우 등 특별한 사정이 있는 경우에는 추계경정으로 할 수 있는 것인데, 위 특별세무조사에서 매입처에 대한 조사를 벌여서 매입누락 사실을 전혀 밝혀내지 못한 것은 원고가 보유하고 있는 장부에 어떠한 오류도 없다는 것을 반증하고 있는 것이라고 할 것인데도, 피고가 그러한 장부들을 합리적 이유 없이 모두 배척하고 금융계좌 입금액만으로 실질조사경정을 한 것은, 위 금융계좌에 약국수입뿐만 아니라 증권거래, 개인 간 금전소비대차, 부동산 임대료 수입, 문중자금, 기타 가계생활자금 등도 포함되어 있는 사정에 비추어 볼 때, 부가가치세법에서 정하고 있는 적법한 실질조사 방법에 해당하지 아니한다.

(3) 다음으로 금융계좌 입금액을 근거로 실질조사를 한다고 하여도 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있는 것이므로, 금융계좌에 입금된 금액 중 약국수입에 해당하는 금액을 피고가 입증하여야 하는 것이고, 금융계좌에 입금된 금액 중 약국수입에 해당하는 금액을 피고가 입증하여야 하는 것이고, 이미 많은 시간이 경과하여 거래 내역을 일일이 기억할 수 없게 된 원고에게 약국수입에 해당하지 않은 금액을 밝히라고 하는 것은 입증책임분배의 원칙에 반하는 것이다.

(4) 마지막으로 위 주장들이 모두 이유 없다고 하더라고 위 금융계좌에는 약국수입에 해당하지 않은 금액이 다수 포함되어 있으므로, 그 금액을 총수입금액에서 공제한 후 세액을 결정하여야 한다.

나. 관계법령

별지1 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 먼저 원고의 첫 번째 주장에 관하여 살펴보면, 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류나 탈루가 있음이 인정될 때에는 그 자료에 의해서도 이를 경정할 수 있는 것이고, 원고와 같은 개인사업자가 운영하는 약국의 경우 대부분의 약품이 최종소비자에게 현금으로 판매되고 있지만 부가가치세법상 최종소비자에게 세금계산서 제출의무가 없기 때문에 판매에 따른 실제 수입액의 노출이 잘 안되고 있는 현실에 착안하여 볼 때 원고등이 거래하고 있는 금융기관의 계좌에 입금된 금액과 자진 신고한 매출액에 상당한 차이를 보이고 있다면, 위 계좌의 입금액을 근거로 하여 원고등의 확정신고 내용에 오류 또는 탈루가 있다고 본 것은 정당하므로, 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관하여 살펴보면, 부가가치세법 제21조 제2항에서 규정하고 있는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하는 실질조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한은 없다고 할 것이므로, 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입금액을 결정한 것은 객관성이 있는 방법으로서 적법한 실지조사 방법에 속한다(대법원 2003.12.12. 선고 2002두12786 판결, 대법원 1998.3.24. 선고 97누9895 판결 등 참조).

위에서 인정한 바와 같이 약국수입이 위 금융계좌에 입금되었고, 원고등이 약국수입 이외에 수입이 있고 그 수입이 위 금융계좌에 입금되었다는 등의 특별한 사정이 보이지 않는 이 사건에서, 원고의 금융계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 약국의 총수입액을 결정한 것은 객관성이 있는 방법으로서 적법한 실지조사 방법에 속한다고 할 것이므로, 위 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 세 번째 주장에 관하여 살펴보면, 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다고 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 못되는 사정을 입증하지 못하는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 1997.10.24. 선고 97누2429 판결 참조)

앞서 본 바와 같이 원고 등에게 약국수입 이외에 특별한 수입이 없었다면 피고는 판매수입이 위 금융계좌에 입금된 사실과 그 입금액을 밝힌 것으로 일응 과세요건사실에 관한 입증책임을 다하였다고 할 것이므로, 위 금융계좌에 입금된 금액이 실제로 약국 수입이 아니라는 점을 원고에게 입증하도록 하였다고 하여 입증책임분배 원칙에 반하는 것은 아니라고 할 것이다. 따라서 위 주장 역시 이유 없다.

(4) 원고의 마지막 주장에 관하여 살펴본다.

(가) 인정되는 부분

다음 사실을 을 제7,8,9호증의 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있으므로, 아래 각 금액은 약품 등의 판매로 인한 수입, 즉 이 사건 공급대가에 해당한다고 할 수 없다.

1) ○○은행 ○○○지점 예금계좌(계좌번호)의 1997.5.27. 입금된 3,000,000원은 입금이 취소된 금액이다.

2) 이자계산

가) 1996년 2기분에 ○○○○○○○○○ ○○○지점 예금계좌의 총 입금금액 179,472원에는 총이자 436원이 두 번 계산되었다.

나) 1997년 1기분 ○○○○은행 ○○○○지점 예금계좌 의 총입금액 10,607,953원에는 소득세 2,460원이 포함되어 있다.

다) 1997년 2기분에 ○○○○○○○○○ ○○○지점 예금계좌의 총 입금액 22,388,755원에는 총이자 56,611원, 소득·법인세 8,470원, 주민세 830원 합계 65,911원이 포함되어 있다.

라) 1997년에 발생된 연간이자 64,115원, 원천징수액 10,530원, 소득세 9,590원, 주민세 940원 합계 85,175원을 1998년 1기분 매출액에 계상하였다.

3) 따라서 위 금액은 매출액에서 제외되어야 하므로 이를 부가가치세 과세기간별로 합산하면 1996년 1기분은 436원, 1997년 1기분은 3,002,460원, 1997년 2기분은 65,911원, 1998년 1기분은 85,175원(별지3-1 내지 4 목록의 각 '감소액' 중 '공급대가'란 기재 각 해당금액), 합계 3,153,982원이다.

(나) 인정되지 아니하는 부분

원고는 위 금융기관 예금계좌의 입금액 중 다음과 같은 금액이 약품 등의 판매대금과 관련 없는 금액으로서 이 사건 공급대가에서 추가로 공제되어야 한다고 주장한다.

갑 제5,6호증, 을 제6호증의 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 송경애가 원고의 ○○○○은행 ○○○○지점 예금계좌 (계좌번호)에 입금한 1996.8.30. 1,400,000원, 같은 해 10.8. 700,000원은 이 사건 처분을 하면서 그 공급대가에서 이미 제외한 사실을 인정할 수 있고, 별지4 원고 주장 공급대가 공제내역에 관하여는 갑 제10호증, 을 제4,5,6,7,9호증의 각 2의 각 기재만으로는 위 주장을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 위 주장은 이유 없다.

(5) 소결론

따라서 약품 등의 판매로 인한 수입으로 인정할 수 없는 위 (4)(가)의 3)항 기재 각 금액을 이 사건 공급대가에서 제외하여 그 과세표준을 정한 후 각 세액을 계산하면 별지 3-1 내지 4목록의 각 '재계산'란 기재와 같고, 결국 이 사건 처분의 각 세액인 청구 취지 기재 각 금액에서 위 계산에 따른 세액 감소분인 같은 목록의 각 '감소액' 중 '⑥최종 납부해야 할 세액'란 기재 각 해당금액을 빼면, 그 세액은 1996년 2기분 31,107,320원(31,107,364원 - 44원), 1997년 1기분 33,614,304원(33,914,550원 - 300,246원), 1997년 2기분 20,965,150원(20,971,740원 - 6,590원), 1998년 1기분 2,908,543원(2,917,060원 - 8,517원)이 되므로, 이 사건 처분은 위 각 금액범위 내에서 적법하고, 이를 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리 하여 그 범위 내에서 부당하므로 제1심 판결 중 부가가치세 1996년 2기분, 1997년 1기분, 2기분, 1998년 1기분의 부과처분에 대해서는 원고의 일부 항소를, 부가가치세 1996년 2기분에 대해서는 피고의 항소를 받아 들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.