1. 사실관계 및 질의내용

O 사실관계

- 00병원은 0000설치법에 근거하여 고등교육법에 따른 의학, 간호학 및 약학 등에 관한 교육·연구와 진료를 통하여 의학발전을 도모하고 국민보건 향상에 기여함을 목적으로 설립된 비영리 특수법인으로서 정부출연금 및 기부금, 수익사업을 재원으로 운영되고 있음

- 금번에 000병원은 출연받은 재산으로 내국법인(A)사의 주식등을 설립·취득하는데 사용하고자 함

· 해당 내국법인(A)는 정보통신기술(ICT)기반의 건강관리서비스 시스템 및 000병원의 병원정보시스템(HUS)과 연계하여 생체정보 · 생애적 관점관리 등 국민건강증진 향상에 이바지할 사업을 영위할 예정으로 000병원이 출자하여 설립할 예정임

· 정보통신업을 영위하고 있는 B법인도 함께 출자할 예정이며, 000병원이 당해 내국법인 발행주식의 50.5%를 취득할 예정임

· 현재 000병원은 내국법인(A)의 설립 및 주식취득과 관련하여 주무관청에 승인절차를 진행하고 있음

- 현행 상증법상 비영리법인이 내국법인의 발행주식 5%(성실공익법인의 경우 10%)를 초과하여 취득하는 경우 초과취득에 대해서 증여세가 과세되나 다만, 법에서 정하는 예외적인 사항( 상증법 제48조 제2항 제2호 단서)에 따라 당해 공익법인이

1) 상증법 제49조 제1항 각호 외의 부분 단서에 해당하는 경우로서

2) 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등이

3) 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서

4) 대통령령으로 정하는 경우와 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우는 제외한다

에 해당할 경우 초과취득한 주식에 대한 증여세를 면제하고 있음

O 질의내용

- 본 건과 관련하여 000병원이 내국법인(A)의 설립 및 주식을 취득함에 있어

1. 상기의 거래와 같이 000병원이 내국법인(A)의 지분을 취득하는 거래를 할 경우 000병원이 상증법 제49조 제1항 단서조항에 따른 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인으로서, 000병원이 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하며, 000병원이 000병원의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인(A)의 주식등을 취득하는 경우에 해당하는지 여부와

2. 따라서, 000병원의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 주무부장관이 인정하는 경우라면 당해 초과취득분에 대해서 증여세가 면제되는지 여부를 질의함

2. 질의 내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

O상속세 및 증여세법제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등)

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등이 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우는 제외한다.

가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우

5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

6. 그 밖에 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업을 대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우

O상속세 및 증여세법 시행령제13조 (공익법인 출연재산에 대한 출연방법등)

①법 제16조제1항의 규정에 의하여 상속세과세가액에 산입하지 아니하는 재산은 법 제67조의 규정에 의한 상속세과세표준 신고기한(이하 "상속세과세표준 신고기한"이라 한다)까지 그 출연을 이행하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 끝나는 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지 그 출연을 이행하여야 한다.<개정 2008.2.22, 2012.2.2>

1. 재산의 출연에 있어서 법령상 또는 행정상의 사유로 출연재산의 소유권의 이전이 지연되는 경우

2. 상속받은 재산을 출연하여 공익법인등을 설립하는 경우로서 법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립허가등이 지연되는 경우

②법 제16조제1항의 규정을 적용함에 있어서 상속인이 공익법인등에 상속재산을 출연하는 경우에는 다음 각호의 요건을 갖춘 경우로 한다.<개정 1998.12.31, 2002.12.30>

1. 상속인의 의사(상속인이 2인이상인 경우에는 상속인들의 합의에 의한 의사로 한다)에 따라 상속받은 재산을 제1항의 규정에 의한 기한까지 출연할 것

2. 상속인이 제1호의 규정에 의하여 출연된 공익법인등의 이사현원(5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되지 아니하여야 하며, 이사의 선임 등 공익법인등의 사업운영에 관한 중요사항을 결정할 권한을 가지지 아니할 것

③ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.<신설 2008.2.22, 2010.2.18, 2012.2.2>

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등

④ 제3항제1호를 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 관하여는 제38조제6항을 준용한다.<신설 2008.2.22>

⑤ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)은 주식 또는 출자지분(이하 "주식등"이라 하며, 이 조, 제37조, 제38조, 제40조, 제42조, 제43조의3 및 제80조에서는 의결권 있는 주식 또는 출자지분으로 한정한다)의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.<신설 2008.2.22, 2012.2.2>

1. 법 제50조제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인등

2. 법 제50조의2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등

3. 법 제50조의3에 따라 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등

4. 제3항에 해당하는 공익법인등

⑥ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제9조에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등"이란 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제9조에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)에 속하는 법인과 같은 법 시행령 제3조제1호에 따른 동일인관련자의 관계에 있지 아니한 공익법인등을 말한다.<개정 2002.12.30, 2005.8.5, 2008.2.22, 2010.2.18>

⑦ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 내국법인을 말한다.

1. 출연자(출연자가 사망한 경우에는 그 상속인을 말한다. 이하 이 조, 제37조제2항ㆍ제4항 및 제38조제10항에서 같다) 또는 그의 특수관계인(해당 공익법인등은 제외한다)이 주주 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다)이거나 임원의 현원(5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다. 이하 이 항에서 같다)중 5분의 1을 초과하는 내국법인으로서 출연자 및 그의 특수관계인이 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 내국법인

2. 출연자 또는 그의 특수관계인(해당 공익법인등은 제외한다)이 주주등이거나 임원의 현원 중 5분의 1을 초과하는 내국법인에 대하여 출연자, 그의 특수관계인 및 공익법인등출자법인{해당 공익법인등이 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등인 경우에는 100분의 10)를 초과하여 주식등을 보유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 이 호에서 같다}이 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 경우에는 해당 공익법인등출자법인(출연자 및 그의 특수관계인이 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 경우로 한정한다)

⑧ 법 제16조제2항 각호외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"라 함은 주무부장관이 공익법인등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우를 말한다.<신설 2000.12.29, 2002.12.30, 2008.2.22>

⑨ 삭제<2012.2.2>

⑩ 법 제16조제2항제2호에서 출연자 및 그의 특수관계인이 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등에는 출연 당시 상속인의 특수관계인이 재산을 출연한 다른 공익법인등이 보유하고 있는 주식등을 포함한다.<개정 2012.2.2>

⑪ 삭제<2012.2.2>

⑫ 삭제<2012.2.2>

⑬ 법 제16조제3항에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 상속인 및 그의 특수관계인에게 귀속되는 재산의 가액 또는 이익에 대하여 상속개시일 현재 법 제4장의 규정에 따라 평가한 가액을 말한다.