1. 질의내용 요약

(사실관계)

○ 당사는 쇼핑센타를 운영하고 있는 과·면세 겸업자로서 신규 쇼핑센타 출점을 위해 건물을 신축 중 사업계획 변경 등으로 인하여 토지는 당사가 계속 보유하고 신축중인 건물에 대해서만 매각함

○ 건물 신축 중에는 건축비 등에 대해 공통매입세액으로 보아 안분계산하여 면세공급가액에 해당하는 부분은 매입세액 불공제 처리함

○ 신축 중인 건물은 2010년 1월에 매각하였으며, 매각시 직전 과세기간 과·면세 공급가액 비율로 안분하여 과세표준을 산정하였고, 과세부분은 세금계산서를 면세부분은 계산서를 각각 교부함

○매각일이 속하는 예정신고 기간에 당해 세금계산서와 계산서에 대해 신고·납부함

○ 당사는 예정신고 후 신축중인 건물을 매각한 경우 과세표준은 건물 매각가액 전체로 하여 세금계산서를 교부해야 한다는 것을 인지하고, 현재 공급시기가속하는 과세기간이 경과하지 않아 당초 발행한 계산서는 (-)계산서를 교부하고,동액만큼의 공급가액에 대해 세금계산서를 추가 발행할 예정임

(질의사항)

계산서 발행분에 대해 동일과세기간 중에 세금계산서 교부한 경우 매입세액 공제 가능 및 가산세 적용 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

□ 부가가치세법 제17조 [납부세액]

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는경우의 매입세액은 제외한다.

□ 부가가치세법 시행령 제60조 [매입세액의 범위]

② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간내에 발급받은 경우

□ 부가가치세법 제22조 [가산세]

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 적힌 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우

⑤ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1.제17조 제2항 제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로정하는 경우

□ 국세기본법제47조의 3 【과소신고가산세】

① 납세자( 「부가가치세법」 제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의 2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

□ 국세기본법 제47조의 4【초과환급신고가산세】

① 납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의 3을 적용한다

□ 국세기본법제47조의 5 【납부ㆍ환급불성실가산세】

① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

□ 서면3팀-2374, 2004.11.24

사업자가 부가가치세가 과세되는 재화를 공급하는 때에는 부가가치세법 제9조 제1항및 동법시행령 제21조에 규정하는 시기(공급시기)에 동법 제16조 제1항의 규정에의한 세금계산서를 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것으로, 당해 공급시기 이후에세금계산서를 교부한 때에는 동법 제22조 제2항 제1호에 규정하는 가산세를 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하는 것이며, 당해 세금계산서의 매입세액은공급받는 자의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임. 이 경우 공급받는 자가 재화의공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에교부받은 경우 당해 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있는 것이나, 동법 제22조 제4항 및 동법시행령 제70조의 3에 규정하는 가산세를 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하는 것임.

□ 부가-3082, 2008.09.16

사업자가 부가가치세가 과세되는 재화를 공급하면서 그 거래 시기에「부가가치세법」제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하지 아니한 경우에는 같은 법 제22조 제3항 제1호의 규정에 의한 세금계산서 미교부가산세가 적용되는 것이며, 과소신고, 초과환급신고, 무납부(미달납부) 등에 해당하는 경우에는 「국세기본법」 제47조의 3 내지 제47조의 5의 규정에 의한 가산세가 각각 적용되는 것임.